本編
;1巻
いじめられっ子のオタクである高校生、南雲ハジメはクラスメイトと共に異世界トータスへと召喚される。次々に戦闘向けのチート能力を手に入れたクラスメイトとは裏腹に、ハジメの得た力は非戦闘向けの「錬成師」という地味な能力だった。「無能」の烙印を押されイジメを受けながらも、どうにか皆の役に立つために座学や読書などで知識を蓄えていくハジメ。そんな彼の元にクラスメイトの白崎香織が部屋を訪ねる。香織はハジメが消えてしまう悪夢を見てしまい、胸騒ぎがしてハジメにオルクス大迷宮の攻略に参加しないように説得する。そんな彼女に対しハジメは香織が僕を守ってくれれば大丈夫だと告げ、攻略に参加することを決意する。

翌日、オルクス大迷宮にやってきたクラスメイト一行。20層までは無事に進めたが、偶々発見したグランツ鉱石という綺麗な鉱石を香織のために取ろうとした檜山大介の不注意によって、罠が起動してしまう。橋のような場所に転移させられたクラスメイトの前に突如、前方に65層クラスの魔物・ベヒモス、後方に無数のトラウムソルジャー（ガイコツ戦士）が出現しクラスメイト達は窮地に追い込まれる。時間稼ぎのために、単身ベヒモスへ挑み錬成師の力を駆使して足止めをするハジメ。クラスメイト達がトラウムソルジャーを撃退し、魔法を足止めから解放されたベヒモスに放っている隙にハジメは戦線を離脱しようとするが、先日香織と仲睦まじげに話すハジメの様子に嫉妬していた檜山はハジメに向けて火球の魔法をぶつける。檜山の悪意によって橋の崩落に巻き込まれたハジメはオルクス大迷宮の奈落の底へ突き落とされてしまうのであった。

真のオルクス大迷宮に突き落とされたハジメ。奇跡的に落下死にはならなかったが、そこで迷宮内の強力な魔物に次々と襲われ、１層の主である爪熊によって左腕を食われてしまう。ハジメは壁を錬成し続けどうにか爪熊から逃げ延びる。逃げた先で偶然見つけた神結晶と神水により死を免れるが、満身創痍なうえに脱出の方法も見つからないという状況に心身共に絶望に追い込まれる。当初はこの理不尽な状況を作り出したトータスの神や裏切ったクラスメイト、襲い掛かった迷宮の魔物への憎悪を燃え上がらせるが、次第に絶望的な現状の打破の方法を模索するようになる。やがてハジメはその憎しみを捨て去り、生きるために邪魔者は全て始末することを決意する。空腹感を抑えるために魔物を仕留めてその肉を喰らったハジメは魔物の肉の猛毒に苦しみながらも神水の力で生き延び、喰らった魔物の能力を得る。錬成師としての鍛錬を重ねたことで鉱石の鑑定能力に目覚めたハジメは迷宮内の鉱石を利用して、地球の兵器の開発に成功する。魔物の能力と作り上げた拳銃・ドンナーで自らの左腕を食った爪熊にリベンジを果たしたハジメは何があっても故郷に帰るという己の望みを自覚する。上に昇る方法が見つからないため、ハジメはやむなくこの大迷宮を下っていくことにした。

迷宮を下っていき、襲い掛かる魔物を返り討ちにしては自らの血肉と糧にしていくハジメ。地下50層まで進んだハジメはそこで謎の石に封印された吸血鬼の少女と運命の出会いを果たす。自分と同様に信じていた者に裏切られ、独りぼっちになった少女に何となくシンパシーを感じたハジメは錬成の力で彼女の四肢を封じている石を溶かして封印から引きずり出す。名前を付けてとねだられたハジメは美しい月のように見えたその少女にユエという名前を付けた。直後、封印を解いたことによって金属サソリが出現する。自らの兵器が固い外装で通らず苦戦を強いられるハジメだったが、ハジメの血を吸い魔力を回復したユエの協力によって金属サソリをどうにか撃破する。ハジメの身の上話を聞いたユエは自らの居場所をハジメの傍と心に決め、彼についていく意思を表明する。

迷宮の魔物を退け、遂に地下100層まで降り立ったハジメとユエ。そこで二人は迷宮最強の六つ頭のヒュドラのような魔物と戦う。右目を焼かれながらもハジメは金属サソリの身体から新たに作り上げた兵器とユエの魔法を駆使してなんとかヒュドラを倒す。その先の隠れ家のような部屋で二人はオルクス大迷宮を作り上げたオスカー・オルクスの残した映像からトータスの真の歴史を知り、迷宮を突破した報酬として生成魔法を手に入れた。オスカーの話から地球へ帰る方法が、残りの神代魔法にあると考えたハジメはオスカーの隠れ家で先の戦いの傷を癒し、彼が残したアーティファクトを手に入れ、生成魔法を利用した新たな兵器や魔力駆動車、義眼や義手などを作り上げる。ユエにも神結晶を利用した魔力を蓄える機能を持つアクセサリー一式をプレゼントする。準備を整えたハジメはこれから先で起こる困難を予期し、恋人になったユエと共に立ち塞がる障害を全て蹴散らして地球に帰る覚悟を決め、残りの神代魔法を手に入れる旅に出る。
;2巻
オスカーの隠れ家にあった転移魔法陣でオルクス大迷宮から地上へと脱出しライセン大峡谷に降り立ったハジメとユエ。無事に地上に戻れたことを喜ぶ二人へ大峡谷の魔物が襲い掛かるが、ハジメの相手にはならずドンナーとシュラークで瞬く間に蹴散らす。ハジメはライセン大峡谷にも七大迷宮があることをオスカーの隠れ家で知ってたので、町がありそうな樹海方面に進みながらライセン大迷宮の場所を調査することにした。魔力駆動バイク・シュタイフで大峡谷を駆け抜けていくハジメとユエは、成り行きで双頭ティラノサウルスに襲われていた兎人族のシア・ハウリアを助ける。シアは自分のせいで故郷のフェアベルゲンを追い出され、魔物や帝国軍に追われている他のハウリア一族を助けてほしいと依頼する。ハジメは七大迷宮があると思われるハルツィナ樹海での道案内を条件に渋々シアの頼みを聞くことにした。

大峡谷の魔物と帝国軍を殲滅し、帝国の馬車を奪ってハウリア族と共にハルツィナ樹海に辿り着いたハジメ達は虎人族のギルらフェアベルゲンの警備隊と衝突しそうになったが、自らの武器で威嚇発砲して黙らせたうえで自分がオルクス大迷宮を攻略した者であることとハルツィナ樹海の大樹にある七大迷宮だけが目的で、手を出さない限り危害を加えるつもりがないことを告げる。ハジメの話が半信半疑であったことからギルはこの案件について長老達に指示を仰ぐ。話を聞いた森人族の長老であるアルフレリック・ハイピストはオルクス大迷宮産の魔石や指輪を持ち帰ったハジメを大迷宮の攻略者と認め、ハルツィナ樹海の大迷宮の解放者の口伝に従い一行をフェアベルゲン内へと案内する。ハジメは断ろうとしたものの「大樹は一定周期で濃霧に覆われており、それが晴れないと大迷宮に辿り着くこともできない」と教えられたため、仕方なくアルフレリックについていく。

長老会議においてハウリア族は掟に逆らった罰として処刑すると告げる長老達に対し、ハジメはハウリア族を殺すことは自分が七大迷宮に行くのを邪魔をすることと同義だとして敵対も辞さないと忠告する。アルフレリックは並外れた力を持つハジメと敵対するのを避けるためにハウリア族は既に死んだ者として扱い、死んだ者は処刑できないとしてハウリア族を放免する。その代償としてフェアベルゲンを事実上出禁にされたハジメは、大樹付近に拠点を構え濃霧が晴れるまでの間ハウリア族に自衛のための戦闘訓練を施す。大樹の元へ辿り着いたハジメであったが入口近くにあった石板から４つ以上の七大迷宮の攻略の証と再生に関する神代魔法を所持していないと試練に挑めないことが判明したため、大樹の七大迷宮の攻略を保留しライセン大迷宮を目指すことにした。その際、ユエとの戦闘訓練で身体強化魔法と近接戦闘の才に目覚めたシアがユエとの賭けに勝ったとしてハジメの旅に同行することになった。

ライセン大峡谷に近いブルックの町でハジメは、大迷宮に挑む前に冒険者ギルドで樹海の魔物の素材を売って資金を調達し食料品や武器の調整などの準備に入る。大峡谷で野宿をしながら入り口を探していたある日、偶然シアが大迷宮の入り口を発見する。ミレディお手製の神経を逆撫でにするメッセージや魔法が使えない状況での大迷宮の物理系トラップに翻弄されながらも最深部に進んだハジメ達はそこで巨大なゴーレムの姿をした無数のゴーレムと重力を操るミレディ・ライセンと対峙する。彼女の神代魔法に苦戦を強いられるが、ハジメ・ユエ・シアのコンビネーションにより、巨大ゴーレムの核の破壊に成功し試練をクリアする。ミレディは自分を打ち破った報酬として、ハジメ達に重力魔法と残りの七大迷宮の情報、鉱石や試練を突破した証の指輪を与えるが直後に水責めのトラップを発動して強引に外へと追い出す。最後にアクシデントがありつつも、ライセン大迷宮での活躍ぶりからハジメとユエはシアを仲間だと認め、次の大迷宮を目指す準備のために再びブルックへと戻る。

;3巻
ライセン大迷宮を無事に攻略したハジメ達は次の七大迷宮、グリューエン大火山を目指すべくブルックを旅立つことを決める。世話になったギルド職員・キャサリンの勧めもあり、ハジメ達は商人・モットー・ユンケルの護衛の依頼を受けながら食料品等の補充も兼ねて中立商業都市フューレンへと向かう。フューレンに辿り着いたハジメは、ユエとシアを金と権力に物を言わせて奪おうとした貴族及びその護衛の冒険者と騒動を起こしてしまい、フューレンのギルド職員に事情聴取のための同行を命じられる。フューレン支部長のイルワ・チャングは、恩師であるキャサリンから推薦状を受け取っていたハジメ達の実力を見込んで、今回の騒動を内密に処理する代わりに北の山脈地帯の調査で冒険者と共に行方不明になったウィル・クデタの捜索の依頼を受けてほしいと申し出る。自分達がそう遠くない未来に聖教教会や神の関係者に目の敵にされることを予感していたハジメは、無茶ぶりともいえる要求をイルワに呑ませた上でこの仕事を受ける。

湖畔の町ウルへと辿り着いたハジメは、偶然にも清水幸利の行方を捜してこの街にやってきていた畑山愛子と愛ちゃん護衛隊のクラスメイトとの再会を果たす。ハジメの生存を喜ぶ愛子であったが、自分の護衛を務めていたデビット・ザーラーがシアを下等生物呼ばわりしたことで垣間見た以前とは比べ物にならない実力とトータスの人間にもクラスメイトにも何の感情を抱かない様子を見てハジメが過ごしてきた過酷な日々を知り愛子はショックを受ける。その日の夜、ハジメは自分がクラスメイト達との決別を選んだ理由とオルクス大迷宮で知ったこの世界の真実を客観的な判断ができそうな愛子にだけ伝える。愛子はハジメに対し、香織だけは自分の生存を信じてオルクス大迷宮で戦い続けていることを告げる。それを聞いたハジメは、自分が奈落の底に落ちたのは事故ではなくあの状況を咄嗟に利用した誰かの計画殺人であり、そのクラスメイトから襲われないように手紙などで香織に忠告することを愛子に頼む。クラスメイトの誰かがハジメを卑劣な方法で始末しようとしたという事実に愛子は更にショックを受けることになった。

翌日の早朝、ハジメ達はウィルの捜索のために北の山脈地帯へ向かおうとするがそこへ愛子達も清水の捜索を兼ねてハジメについていこうとする。足手まといにしかならないとしてハジメは断ろうとしたが、必死に食い下がる愛子の熱意に負けて同行を承諾する。山脈で捜索をしていたハジメはある滝壺の奥で目的のウィルを発見し、ウルに連れて帰ろうとしたがその矢先にウィルが同行した冒険者パーティを襲った黒竜が姿を現す。ウィル達をしつこく狙う黒竜をどうにか止めたハジメであったが、最後の攻撃で黒竜の正体が竜人族であることを知る。正気を取り戻したティオ・クラルスと名乗る竜は自分が山脈で休息を取っていたところを何者かの闇魔法で操られ、その男の計画を手伝わされながら目撃者の始末を命じられてウィル達を襲ったと話す。ティオは冒険者達を殺してしまった贖罪として、闇術師の魔物の大群を使ったウル襲撃計画を止めるために力を使わせてほしいと申し出る。無人探査機を山脈の随所に飛ばしていたハジメは、襲撃計画が真実だと知り急いでウルに戻る。ハジメは、仕事を果たすべく何かできることはないかと動き回るウィルを無理矢理フューレンに連れて帰ろうとするが、愛子がそれを止めハジメに魔物の大群をどうにかしてほしいと頼み込む。魔物の大群と戦ってほしいという愛子の姿を自分達に魔人族との戦争参加を強要した教会の関係者みたいだと揶揄するハジメ。それに対し愛子は、ハジメが絶望のどん底にいる時に何もできなかった自分の言葉は軽いかもしれないと前置きしつつも、故郷に帰ることを最優先にして自分と大切な人以外の一切合切を切り捨てる今のハジメの生き方はとても寂しくきっと誰も幸せになれないと忠告し、以前持っていた生来の優しさを捨てないでほしいと願う。どこまでも生徒を大切に想う愛子の言葉にハジメは僅かながらに心を動かされ、魔物の大群を討つべく準備に入ることにした。

ウルに集結する数万の魔物の大群を自前の兵器と魔法で次々と打ち破っていくハジメ・ユエ・シア・ティオ。その最中、魔物の大群に指示を出していた清水を見つけたハジメは愛子に頼まれた通り、彼をウルに連れて帰る。魔物を使って無差別に人々を襲おうとしていた清水を説得する愛子であったが、清水は説得には応じずある魔人族との密約を果たすために愛子を毒針で人質に取る。直後、そこへ清水を寝返らせたレイスの貫通特化型の水魔法が射線上に並んだハジメ・シア・愛子・清水に向かって放たれる。シアが未来視を発動し愛子を清水から引き離したことで4人が即死する未来は回避されたが、愛子は毒針が刺さりシアと清水は水魔法を食らって重傷を負う。突然の魔法を対処できたハジメは愛子とシアを神水を使って生き返らせる。愛子は魔人族に裏切られ致命傷を負った清水も救ってほしいとハジメに頼むが、清水と話をする中で生かせばいずれ自分の敵になると判断したハジメは神水を渡さず自ら止めを刺す。清水を殺した理由を尋ねる愛子にハジメは「奈落の底で刻み付けられた『自分の敵に一切容赦しない』という今の自分の価値観はもう変えられそうにない」と話し、愛子の無事を祈りながらユエ・シア・ティオ・ウィルを連れてフューレンへと帰る。

外伝
本編のはるか昔、自身の規格外の才能を秘蔵し「負け犬」と呼ばれながらもオルクス工房に務める錬成師、オスカー・オルクスのもとに、ミレディ・ライセンという美少女が現れる。ある目的のために仲間を求めるミレディはオスカーの才能を見抜いて勧誘しようとするが、オスカーは断り続ける。そんな矢先、オスカーの孤児院にいる弟妹達が何者かに誘拐されてしまう。
孤児で稀代の錬成師オスカー・オルクスと、処刑人一族の生き残りミレディ・ライセンが出会ったとき、神に抗う者達の運命が廻り始める。これは、"奈落の化け物"南雲ハジメに繋がる物語。

第1期
音楽芸能分野の名門校・綾薙学園（あやなぎがくえん）に入学した星谷悠太は中学の時、雨が降る無人の野外ステージでただひとりミュージカルを演じたこの学校の生徒に憧れていた。彼が目指すのは入学後に別選考で進む花形コースで、憧れのミュージカルスターも所属していた「ミュージカル学科」。しかしここに入る為には学園のミュージカル学科3年生のうち成績優秀者が所属する「華桜会（かおうかい）」の指導を受けられる「スター枠」に入るのが近道であった。星谷は候補生オーディションで華桜会の異端児・鳳樹に見出され、同じように彼にスター枠として選ばれたメンバー4人とともに「team鳳（チームおおとり）」としてミュージカル学科を目指す。素人同然の星谷以外のメンバーは演劇の才はあるがそれぞれが抱えた問題で候補生に残ることすら覚束ない状況で、加えて華桜会のリーダー・柊翼が彼らとは別に5人のスター枠を選び「team柊（チームひいらぎ）」として立ちはだかる。
第2期
無事ミュージカル学科への合格を果たし、2年生に進級したteam鳳だったが、鳳ら華桜会が主役を務める卒業記念公演「Shadow&Lights」において共演を許され、以降は学科のエリート枠扱いとされる「2年生育成枠」5名を選抜するオーディションに挑む事となった。彼らには華桜会のOB4名が「アンシエント」として特別指導を行うこととなり、team鳳を含むスター枠出身者で構成される学科メンバー合計25名を指導しつつ、育成枠の選考も行う。

第1期
女子中学生の立花響は、天羽奏と風鳴翼による人気ボーカルユニット・ツヴァイウィングのライブを楽しんでいた。だがその最中、人を飲み込んで炭素に変えてしまう認定特異災害ノイズが発生し、観客たちを次々と襲い始める。大混乱の会場で響が見たものは、歌を口ずさみながらプロテクターに身を包み、ノイズと戦うツヴァイウィングの2人の姿だった。そして逃げ遅れて重傷を負った響を救うため、奏は自らの命と引き換えに絶唱を歌い、ノイズを殲滅させる。

それから2年後、響は親友の小日向未来と共に憧れの翼のいる私立リディアン音楽院の高等科へ進学するが、街中でまたもノイズと出くわしてしまう。追い詰められた響は、2年前に奏が歌っていたあの歌・聖詠を口ずさむ。すると、眩い光と共に響の身体を特殊なプロテクターが包み込んだ。それは、ノイズに対抗する唯一の力にして奏の置き土産シンフォギアシステムだった。響は自身の変化に戸惑うままノイズから逃げ惑うが、そこへ現れた翼によって救出され、なし崩しに特異災害対策機動部二課へ連行される。そこで自分を取り巻く事情を知った響は、奏に代わって自らに宿ったシンフォギア・ガングニールの装者として戦う道を選ぶ。

遺されたツヴァイウィングの1人である翼との軋轢、謎の少女の雪音クリスとの戦い、そしてかけがえのない親友の未来との仲違い、謎の女のフィーネが張り巡らせた策謀といった数々の困難を響は乗り越え、人として戦士として徐々に成長していく。そのまっすぐな姿に頑なだった翼やクリスの心もいつしか変えられ、響たち3人は策謀を結実したフィーネとの決戦に臨んだ。しかしクリスに続き翼が倒れ、響もその現実に打ちのめされ戦意を失う。そんな彼女たちを救ったのは未来たちが歌うリディアンの校歌が引き起こした「奇跡」だった。守りたい人々の思いを受けた響は再びフィーネの前に立ち塞がり、同じく復活した翼やクリスと共にエクスドライブ状態のシンフォギアを装着、フィーネの野望を打ち砕く。フィーネが最後に目論んだ月の欠片による地上破壊を阻止した響たち3人は行方不明となるが、やがて生還を果たすのだった。

第2期
フィーネの策謀「ルナアタック」を阻止した響たちの戦いから3か月後、人類はノイズへの対策を講じていたが、その要となる聖遺物・ソロモンの杖の強奪事件が発生する。その同日、来日した歌姫のマリア・カデンツァヴナ・イヴとの合同ライブ中だった翼の前に、ノイズが出現。そして翼と観客たちの前で、マリアはシンフォギア「ガングニール」を纏うと、組織「フィーネ」の名を掲げ、全世界への宣戦布告を行う。

アメリカの聖遺物研究機関「F.I.S.」が擁していたフィーネの器になる可能性を持つ者レセプターチルドレンの一人であり、ルナアタックの影響による月の落下で地球が壊滅することを知るマリアは、指導者のナスターシャ教授、マリアと同じくレセプターチルドレンかつ装者である月読調と暁切歌、協力者のウェル博士らと共に、人類を救うための手段「フロンティア計画」を実行すべく決起したのであった。

マリアたちと戦うこととなった響はシンフォギアを纏うが、聖遺物との融合体でもある彼女の状態は不安定であり、度重なる装者としての戦いで体内の聖遺物が体を蝕んでいく。二課に所属し学校生活で日常を手にしていたクリスも、かつてソロモンの杖を起動させた自責の念に駆られていく。その一方で「転生したフィーネ」を演じる重圧に苦しむマリア、巫女フィーネのものと思しき力を発現する切歌、そして「英雄として世界に君臨する」という野心に取り憑かれたウェルのもと、組織の当初の理想は揺らぎ始める。

そんな中、組織に拘束された未来が、聖遺物の力を消失させる「神獣鏡」の装者へと仕立て上げられてしまう。周囲の制止を振り切って出撃した響は操られた未来と戦い、その未来の攻撃を利用して救出に成功するも同時に胸のガングニールも消え、装者としての力も失った。未来の放った力は古代遺跡・フロンティアの封印解除を目的とするものであり、起動したフロンティアの力を操るウェルの暴走で月の落下が早められる。ナスターシャも宇宙へと放逐され、怒ったマリアはウェルに報復しようとしたが生身のまま駆け付けた響が制止した。その時、響の聖詠でマリアが纏うガングニールが響に装着される現象が起こり、響は装者として復活。一方でマリアは無力さに失意したが、亡き妹セレナ・カデンァヴナ・イヴの幻影に勇気づけられ世界に向けて歌い、地球のすべての人々、70億の歌が喚起され膨大なフォニックゲインの励起現象が発生する。

その力が、人類を全滅させてまで「英雄」になろうとするウェルの野望を止めるべく立ち向かう響たちに勝機を与える。ウェルが操る巨大ネフィリムとの戦いに際しては、マリアの参戦で70億の絶唱を束ねた「奇跡」が生じ、6人の装者全員のエクスドライブが発現、これを討つ。しかしウェルの悪足掻きでネフィリムがフロンティアと融合、一兆度の熱量で爆発寸前のネフィリム・ノヴァが出現、地球はただちに滅亡の危機に瀕する。それを救うべく、互いを理解し合った響ら6人の装者たちはネフィリムを異空間「バビロニアの宝物庫」に隔離する作戦に及んだ。だがマリアが異空間に巻き込まれたため、6人は空間の内部からネフィリムを撃破しながら脱出。隔離は未来の協力もあり成功し、爆発は異空間に封じられ、月の軌道もナスターシャが命を引き換えに修正したことで地球は救われる。

事態の収拾の際、響にマリアは改めてガングニールを譲る。再び訪れた日常の中、響は胸のガングニールが消えても、奏から託された歌は無くさないと心を新たにしていた。

第3期
宇宙空間に浮かぶフロンティアの残骸からナスターシャの遺体を回収したスペースシャトルがシステムトラブルに見舞われ、大気圏再突入に際して操縦不能となるが、緊急出動した響・翼・クリスの尽力によってスペースシャトルの不時着は成功する。ノイズの脅威が去ったこともあり、二課はこの事件を機に国連直轄下の機動部隊「S.O.N.G.」として再編されることとなった。

「フロンティア事変」の翌夏、日本に謎の戦闘集団が現れる。それは錬金術師キャロル・マールス・ディーンハイムと、彼女が率いる4体の自動人形（オートスコアラー）であった。シンフォギア装者以上の戦闘能力だけでなく、シンフォギアの侵食分解能力も持つアルカ・ノイズを使役するその一派に響たちは圧倒される。翼、クリスのギアが分解される事態にも及び、S.O.N.G.所属となった元F.I.S.の面々においてもマリアは起動するギアを所持しておらず、調、切歌もLiNKERの保有がないため出撃がままならない。唯一稼働できる響だったが、ガングニールは「人助けの力」と拘り戦いに迷い、キャロル一派の襲撃に際しても聖詠を唱えることができずにいた。そんな中、未来が響の眼前で自動人形に襲われ危機に瀕する。未来の「響の歌はみんなを守る歌」との必死の呼び掛けで再びガングニールを纏った響は彼女を救うが、その戦闘で自動人形にガングニールを破壊され、昏睡状態に陥ってしまう。

一方、S.O.N.G.では錬金術師のもとから亡命したエルフナインによる、強化型シンフォギアの開発計画・プロジェクト・イグナイトが始まっていた。開発の完成を目前とした折を襲撃する自動人形に対し、調と切歌が独断で出撃。かつて奏が使用していたLiNKER (model_K) を投与して応戦したが自動人形の前には力及ばず、アルカ・ノイズにギアを分解されてしまい絶体絶命となる。それを救うべく強化型シンフォギアを纏う翼とクリスが駆け付けアルカ・ノイズを一掃、自動人形を追い込むも代わって立ちはだかったキャロルの真の力に圧倒される。そこへ強化型ガングニールを纏った響が参戦し、翼とクリスを鼓舞したことで3人は共に決戦機能・イグナイトモジュールの「抜剣」（起動）に成功。イグナイトの力の前に3千体のアルカ・ノイズは瞬く間に薙ぎ払われ響によりキャロルも倒される。キャロルは戦いを止めるように言う響の説得に応じることなく自害したが、主を失ったはずの自動人形たちは居城チフォージュ・シャトーで新たな動きを見せようとしていた。

その頃、響はかつて家を出て行った父親と偶然にも再会する。装者たちはそれぞれ悩みを抱える中でも自動人形らと強化型シンフォギアの力で戦い、自分たちの問題を解決するごとに1体、また1体と撃破していく。だがキャロルは密かに復活を遂げていた。彼女の真の目的はイグナイトの源であるダインスレイフが発する旋律を自身と自動人形を討たせて刻むことであり、エルフナインの離反も全て計画の内であった。S.O.N.G.にもその情報がもたらされたが、戦闘中のクリスへの通信が妨害され、最後の自動人形が倒されてしまう。幽閉状態から脱したウェルと組んだキャロルは、遂に準備が整った世界解剖計画・万象黙示録を決行。東京都庁舎の上空にその威容を現したチフォージュ・シャトーの世界を分解する機能が発動する。

始まった世界の分解の進行を阻止すべくキャロルに立ち向かう響たち装者。思い出を焼却する事で絶唱級の攻撃を連発するキャロルの圧倒的な力にイグナイトの力をもってしても成す術がなかったが、別行動を取ったマリア、調、切歌によりチフォージュ・シャトーが陥落する。それでも、あくまでキャロルは父イザークの復讐のため人類を滅ぼす道を選び、一人で70億人の絶唱に匹敵する最大の攻撃を放つ。対する響たちは合流したマリアたちを含めた6人のイグナイトによるS2CA・ヘキサコンバージョンを発動。かつてのネフィリム戦での「奇跡」を再現させるジェネレイト・エクスドライブにより、シンフォギアのエクスドライブ化に至った。

だがキャロルは自ら座乗する鋼の獅子・碧の獅子機を錬成し、激戦はなおも続く。強大な獅子機との戦いは、5人の仲間の力を受け、真のアームドギアである「巨大な鋼の拳」を発現させた響の突撃で決着となる。キャロルは響に獅子機の爆発から救われるも行方不明となったが、記憶障害に陥りながらも重傷のエルフナインの病室に現れ、自身の写し身であるエルフナインが瀕死の状態にあると知ると、その命を救うべく自ら消滅した。

エルフナインはキャロルの体を与えられて生き長らえ、S.O.N.G.の任に就くこととなった。響も改心した父親とやり直すべく、父と母との間を取り持ち、家族の問題を解決するのだった。

第4期

キャロルとの戦い「魔法少女事変」から数週間後、アルカ・ノイズを兵器利用する軍事政権国家・バルベルデに対しS.O.N.G.の武力介入が行われる中、響ら装者たちはこれまで歴史の影で暗躍していた錬金術師たちの組織・パヴァリア光明結社と邂逅する。

卓越した錬金術師であるサンジェルマン、カリオストロ、プレラーティら3人の幹部、そして圧倒的な力を振るう首魁のアダム・ヴァイスハウプトを相手に苦戦を強いられながらも、装者たちは周囲の人々との絆を己の力へと変えて結社に立ち向かっていく。

Z1 - 12「プロローグ」
高校生の大木大樹は、以前より想いを馳せていた小川杠に自分の気持ちを告白しようとしていた。その宣言を聞いた幼馴染の千空から心の籠っていない激励を受け、大樹は遂に杠を学校のクスノキの木の前に呼び出して告白に臨む。ところがその刹那、突如空が眩く発光し、地球上の全人類が一斉に石化するという怪現象に襲われてしまう。

五感を失い身動きが取れない大樹は、「杠への想い」だけを糧に長い年月を耐え続けた末に自由な身体を取り戻すが、目前には樹木が生い茂り、風化した景色が広がっていた。大樹は一足先に石化が解けて目覚めていた千空と再会を果たし、彼からこの世界が自分達の時代からおよそ3700年経過しているという現状、そして人類が消えて滅んだ世界で自力で文明を再建させるという決意を聞かされる。自分達の石化が解けた原因が「石の腐食」であると踏み、2人だけで長い月日を経て漸く石化を解く「ナイタール」を完成させる。早速、完成品を杠に使用しようとしていた矢先、野生のライオンの群れと遭遇してしまった大樹たちは、緊急事態を打開しようと杠に使用する筈だったナイタールを使い、「霊長類最強」と詠われていた獅子王司を復活させる。ライオンの撃退と伴に新たな戦力が加わったことに感激する大樹だったが、実は司は自身の思想に合わない人間を容赦なく排除する危険人物だった。千空から司の本性を聞かされた大樹は急いで杠を復活させ、再会を喜ぶ間もなく3人で逃走を図る。

司に対抗できる力を手に入れるため、一同は千空の提案で火薬の原料である「硫黄」確保に箱根へと向かうが、その動向を推察した司もまた箱根へと追跡に向かう。その後、大樹たちの隙をついて杠を人質に取った司と対峙した千空は、やむなく復活液であるナイタールのレシピを司に渡す。しかし司が目論んでいたのは「人間が科学を発展させれば自らの手に余る余計な力を得て過ぎた権利を主張し出す。人間にとって科学とは危険な害悪でしかない」とする科学を人類の悪と決めつけた思想に基づく「科学文明の破棄」であり、千空にその協力を求めだす。だが純然たる科学の徒である千空は、最期まで彼の強迫を頑なに断り続け、遂に首を折られて殺害されてしまう。大樹は友の死を嘆き、その遺体を抱えて杠と共に司から離れるが、千空の人格を知る大樹はそれゆえに「杠を庇って千空が死んだ」事実に疑問を抱く。実は千空は石化の性質を逆手に利用し、自ら一時的な仮死状態に陥っていたのだ。その意図に気付いた大樹と杠は残された復活液をもって千空の蘇生を試みるのであった。

Z13 - 45「第一部 STONE WORLD THE BEGINNING」
仮死状態から復活に至るまでの間、千空の意識は自らがこの世界に復活してからのことを夢に見ていた。千空は地道な努力で石器・道具・炎・食料・服・住居を順番に手に入れていく。そして石化した大樹を見つけた千空は彼を復活させるために自然発生していた硝酸を用いてトライアンドエラーを繰り返していた。夢の中で千空は大樹に復活するよう呼びかける。その叫びが現実における大樹の呼びかけとシンクロし、ついに千空は蘇生復活した。大樹と杠の機転により無事に蘇生した千空は、自身の生存を司が知らないことを利用して、大樹たちに司の傘下に付いて監視するよう促し、自身は単独行動で司に対応できる「科学王国」の建設を目論む。

大樹としばしの別れを告げた千空は、謎の少女コハクと出会い、彼女に案内されて「生きた人間」が暮らす集落の存在を知らされる。しかし、集落の住民のほとんどは警戒心が強く、余所者である千空を村に招こうとはしなかった。千空はコハクと、村の外れで妖術（科学）の研究をしている変わり者クロム、無垢な子どものスイカ、村の番人である金狼・銀狼の兄弟という協力者の力を借り、村人たちを取り入って「科学王国」の人材（マンパワー）にする方法を画策する。そこで猫じゃらしでラーメンを作って村人へ配り、その対価として労働力を提供してもらおうとした。ところが、その現場にて村の近辺に潜み紛れ込んでいた司サイドのメンタリストあさぎりゲンと出会う。しかし千空たちが不調のコハクの姉ルリを助けるためにサルファ剤を作る過程において発電を成功させる姿を見て、ゲンは千空側に寝返るか司側に留まるかで思いを揺らがせる。だが、状況に迷い様子見を行っていたゲンは、村の覇権を得ることを願うマグマ一派に襲われて大怪我を負う。間一髪のところを千空たちに救われたゲンは、今わの際に自身が復活してから渇望しながらも知識がないゆえに果たせず心の内に秘めて諦めていた「ささやかな願い」を口にし、千空は科学の力でそれを必ず叶えることを約束する。その約束を信じたゲンは、司の元に戻り「千空は死んだ」と報告し、その生存を隠した。一方で千空は村人の協力者を増やし、長を決める御前試合の前日に、ついに残る材料となる「酒」を手に入れると完成するところまで来た。もともと仲間の誰かが長にならないとルリへの薬の投与が実現しないため、御前試合に出る予定ではあった。しかし優勝すると薬の原料となる酒が手に入ることも知り、どんな手段をもってしても仲間を優勝させることを決意する。その一方でマグマ一派も村長となるために謀略を動かしていた。千空たちの謀略とマグマたちの謀略が激突する中、千空たちは自らの知恵と技術を駆使してマグマ一派との激突を制し、結果として千空が優勝、新しい村長となった。

そして、サルファ剤を完成させてルリの命を救うことに成功し、無事に病気から快癒した彼女から千空が聞かされたのは、自らの育ての父であった石神百夜が石化を逃れて、この村を創り上げる始祖となるまでの物語『百物語 其之百 石神千空』であった。物語に託されたメッセージにより、「科学復興・人類救出という願いが、正しく百夜の遺志である」と知らされた千空は改めて父の遺志を継ぐことを決意。村人たちもまた千空を支えることこそが村の始祖の遺志であることを知り、石神村は新たなる結束の時を迎えた。

Z46 - 82「第二部 STONE WARS」
千空が百夜の遺志を継ぐことを決意して石神村の結束が新たな時を迎えたのも束の間、ついに獅子王司が武力による村の制圧に乗り出す。そのことをゲンから知らされた千空は石神村の人々と共に、司軍の対策に乗り出す。

司の腹心・氷月を筆頭に襲撃してきた刺客を千空たちは、ストーンワールドで最強の剣、日本刀を作り撃退する。双方とも冬ごもりに入り、春の決戦に備えて千空は携帯電話を作り始める。千空たちはその過程で真空管の作成を始めるが、真空管の超高熱に耐えられるフィラメントを作れず行き詰まる。代用策を千空が考えている途中で年を越し、皆と初日の出を見ることになるが、朝日が昇る一瞬の紫外線にスイカが偶然見つけた灰重石─タングステンが反応する。千空、クロム、マグマの三人組は電球とバッテリーを携え、タングステン採取のためにクロムが灰重石を拾った川の上流にある洞窟の中を探索する。その途中で千空とマグマは正式な仲間になり、洞窟の奥の鉱脈でタングステンを初めとした様々な種類の貴重な金属を採取することに成功する。その後、石神村で千空に対し、ゲン発案で展望台のサプライズプレゼントが送られる。

携帯電話が完成した日、千空はルリの一言から百夜が遺していたガラスのレコードを発見する。レコードに封じられていたリリアンの歌を聴いたゲンは、自身の声帯模写とレコードの歌を使って司帝国の人々に偽の希望を持たせ、帝国を瓦解させる作戦を立案する。千空も作戦を了承し、ゲン、クロム、マグマが大樹、杠の元へ携帯電話を運ぶことになり、千空たちは村を見張っていた氷月の部下・ほむらへの陽動を仕掛ける。陽動と電話のベルを使ったモールス信号による連携でほむらの捕縛に成功し、クロム達は大樹達が作った千空の墓に携帯を埋めることに成功する。しかし、硬い岩盤を割った音を聞きつけた羽京に察知され、ゲンのみを逃がす。無事、大樹達と連絡を取った千空とゲンにより大樹達の監視をしていたニッキーを仲間に加えることに成功するが、一方でクロムは自ら羽京に捕縛される。千空達はクロム救出のため司帝国の近くに砦を作ることを決め、物資の運搬用に自動車を作る。さらにクロムの捕らえられている牢屋に突撃するため自動車を戦車に強化するが、司も千空が蒸気機関を作ることを想定し罠を張っていた。罠に気付いたクロムは見張りの陽の隙を突いて有り合わせの物を用いて作り出した次亜塩素酸ナトリウムを使って脱走、千空達に合流した。さらに千空たちの策略に気付いた羽京と死者を出さないことを条件に手を結ぶことに成功する。

準備が整った千空たちは奇跡の洞窟を僅か20秒で制圧するが、そこに司と氷月が現れ、最後の戦いの幕が開いた。圧倒的な二人に対し、コハク達が時間を稼いでいる間に千空は硫酸、硝酸、石鹸からニトログリセリンを調合、ダイナマイトを作り出して司と対等に交渉することに成功する。司が戦う理由は臨床的脳死となった妹・未来の生命維持費を稼ぐためと指摘した千空は、石化現象の修復作用なら未来を助けられる可能性を提示し、司も停戦に同意する。病院があった周辺を捜索して発見した未来の石像に復活液をかけると、無事に目を覚ますことに成功するが、直後に司を殺す機会を窺っていた氷月が本性を現し、司は左胸を貫かれ、陽が脱走させたほむらにより奇跡の洞窟も崩壊してしまう。千空と司は氷月の野望を止めるためにタッグを組み、即席のスタンガンで氷月を破る。

戦争は終結し、千空は石化現象を逆利用して司を助けるため、本格的に石化現象の解明に取り組むことを決意する。

Z83以降「第三部 Dr.STONE」
司を助けるため、石化の謎を解く事を決めた千空は、司をコールドスリープさせるための冷蔵庫を制作し、一時的に司の命を止める。百夜の遺した情報から石化光線の出所がアメリカ大陸だと掴んでいた千空は海を渡るため、船の建造を宣言。石神村民と旧司帝国民の間で軋轢が起こる事を危惧したゲンの提案により外洋航海船の設計コンペを開催し、千空の帆船が全会一致で採択される。船の建造がはじまると共に千空は復活者選定役の南に船長の心当たりを聞き、彼女の案内で七海龍水を復活させる。船を一瞥した龍水により材木の質に問題がある事を指摘され、帆と動力ハイブリッドの機帆船とする事になるが、そのための燃料として石油を探す事となった上、船長報酬として石油の所有権は全て龍水のものとなり、千空達は龍水から石油を購入する必要に迫られる。日本唯一の油田である相良油田の捜索を開始するが、3700年の間に富士山の大噴火で起きた天変地異により地形が激変している事が発覚し、新しい地図を制作する必要に迫られ、千空はスイカの一言から気球を制作する事になる。杠達の尽力により気球は完成、同時に余った麻布で作った洋服を売り出し、順調に軍資金も確保する。気球からの地図製作と平行し、龍水の提案で長期航海用の保存食探索も始まり、ヤギや小麦を発見。農耕を開始し、同時にパンを試作するものの千空達の技術ではまともなパンを焼けなかった事からシェフを復活させる事になる。南が隠し持っていた復活液で龍水の執事兼シェフであるフランソワを復活させ、無事パンの問題は解決、復活液を提供した南との取引でカメラを制作して撮影した航空写真を見たコハクにより油田の所在も判明する。広大な森から水たまりを探すのに難航するものの、食材として捕らえたイノシシの一匹が油くさかった事からそのイノシシを使い、ついに油田を発見する。

石油を発見した千空達はテストとしてモーターボートを作り、さらに海上での正確な位置を知るためのGPSを制作する。ところが、GPSのテストの最中に謎の通信が入り、千空達以外の謎の存在がいる事が判明する。

日本の冬木市にて行われた第四次聖杯戦争から10年後。参加者の一人であるウェイバー・ベルベットは魔術協会のもとで時計塔の講師に就いたうえ、わけあってエルメロイ派の当主の座を預かり、ロード・エルメロイII世と呼ばれるようになっていた。そんなエルメロイII世のもとへ、エルメロイ派の次期当主でもある義妹ライネス・エルメロイ・アーチゾルテが魔術絡みの厄介な相談をたびたび持ち込む。そこから起きた事件を、エルメロイII世は持ち前の分析能力で解決の糸口を見つけ、弟子たちや知り合った魔術師たちの力を借りて解決していく。やがて一連の事件の裏に、かつてエルメロイII世と共に第四次聖杯戦争を戦った英霊イスカンダルに関わる、とある計画が浮かび上がる。

男子アイドル育成に特化した「私立夢ノ咲学院」。新年度に伴い、新たに「プロデュース科」が設立される。そんな学院の「プロデュース科」第1号、そして初の女子校生として転入したきたあなたは、個性豊かなアイドルたちのプロデュースを通し、青春の日々を送っていく。

太陽暦佰九拾八年、東京皇国。この世界は、ある大災害を境に突然始まった人体発火現象「焔(ほむら)ビト」による脅威に苛まれていた。突然、自身の体から発火した者は瞬く間に全身が炎に包まれ、自我を失い命が尽きるまで周囲を焼きつくすのである。この脅威に対応して、一般市民を炎の恐怖から守り、人体発火現象の原因と解決策を究明するために特殊消防隊が組織された。

幼い頃からヒーローに憧れを抱く少年・シンラは、12年前に突然の火事によって母親と生まれたばかりの弟を亡くしてしまう。足から炎を出す事ができる「第三世代」の能力者であったシンラは、自らの体から発した炎が火事を引き起こした出火原因だとされ周囲から迫害を受ける。しかし、シンラは母親と弟と自分以外の第三者が室内にいたことを目撃しており、その人物が犯人ではないかと考えていた。訓練校を卒業し第8特殊消防隊に配属されたシンラは、母親と弟のような被害者を増やさないため、また母親と弟を殺した犯人を捕まえ自らに被せられた濡れ衣を晴らすために、仲間たちと共に訓練と消防活動に奮闘する。その中で、暗躍する謎の男や焔ビトの秘密を握る組織、時に他の消防隊との戦いを繰り広げていくことになる。

15年前、太平洋上に突如として出現した謎の超空間ゲート群。『ミラージュ・ゲート』と呼ばれるその通路の先にあったのはレト・セマーニという異世界だった。ミルディと呼ばれる魔法や魔物が存在するその世界の住人と地球人は、何度かの争いを経ながらも、ゲートと共に太平洋上に現れた島、カリアエナ島を拠点に交流の道を探していた。
二つの世界の玄関口ともいえるカリアエナ島にある「サンテレサ市」。200万を越える両世界の移民が住む都市。だがその混沌の街の影には、連続猟奇殺人事件、人身売買、麻薬、売春、武器密売…数々の凶悪犯罪が蠢いていた。

そんな中、カリアエナ島サンテレサ市警に勤めるケイ・マトバ巡査部長は、レト・セマーニで誘拐された麻薬の原料となる妖精を追っての捜査中に相棒のリックを殺されてしまう。復讐に燃えるマトバだが、ジャック・ロス警部からレト・セマーニからやってきた見習い騎士のティラナ・エクセディリカと新たにコンビを組み、事件を合同捜査するように命じられる。当初は双方共に相棒に対して反発しあうが、捜査を進めるにつれて次第に互いの力量を認めあうようになり、相棒としての絆が芽生えていく。

飛行機事故のせいで無人島に漂着した、鬼島ほまれ、鈴森明日香、天谷睦、九条紫音の女子高校生4人組。その日から彼女達の無人島でのサバイバル生活が始まる。ほまれの持つ知識を生かし、救助が来ることを願って苦労しながらも日々を生き抜くために奮闘する4人だが、その島にはほまれ達以外にも遭難者がいた。

第一部
第1巻
広大な地下迷宮、通称ダンジョンを中心に栄える迷宮都市オラリオ。英雄譚にあるような異性との運命の出会いに憧れ、女神ヘスティアのファミリアに入団し、駆け出しの冒険者となったヒューマンの少年ベル・クラネルは、不運なことに中層級の強さをもつミノタウロスに襲われる。なすすべもなく追いつめられたベルは、間一髪のところでロキ・ファミリア所属のトップクラスの女性冒険者アイズ・ヴァレンシュタインに助けられる。あまりの衝撃的な出会いにより、彼女に一目惚れしてしまったベルは、彼女に釣り合うような立派な冒険者となろうと心に誓う。これがきっかけでスキル 憧憬一途が発現し、規格外の急成長を遂げていくこととなる。そんな折、偶然知り合ったシル・フローヴァに招かれた酒場豊饒の女主人にて、ロキ・ファミリアの冒険者に自分の醜態を嘲笑されているのを耳にしてしまう。自分の弱さを思い知らされたベルは、憧れの人に追いつくために強くなりたいと願うようになる。そんな彼のもつ純粋さに目を付けた美の女神フレイヤの暗躍によって、ベルは怪物祭（モンスターフィリア）から逃げ出したモンスターと単独で戦う羽目に陥ってしまう。
第2巻
スキル憧憬一途を発現させ、ヘスティアの計らいで神のナイフも手に入れたベルは、順調に実力を伸ばしていた。そこに神のナイフを手に入れようと目論む冒険サポーター、リリルカ・アーデが現れ、彼女とパーティを組むことになる。一方、リリの所属するソーマ・ファミリアに懸念を抱くベルのアドバイザー、エイナ・チュールは独自にファミリアを調査することになる。
第3巻
アイズと対面したベルは、彼女に特訓に付き合ってもらうことで自分を鍛えていた。そこにベルの更なる成長を目論むフレイヤによって、ベルの前に特別に調教された片角のミノタウロスが現れ、戦う羽目になる。恐怖で怯えるベルだったが、駆けつけたアイズの助けを拒み、自身で決着をつけるべく対峙する。その戦う姿は、目撃したロキ・ファミリア幹部に衝撃を与えると共に冒険者であることを思い出させ、深く印象に残るものとなった。

第二部
第4巻
Lv.1でありながらも中層モンスターのミノタウロスを単独で倒し、僅か1か月半という前代未聞の過去最短記録でLv.2にランクアップを果たした結果、ベルは世界最速兎（レコードホルダー）として一躍注目の的となると同時に、神々からの疑惑と多数の冒険者のやっかみも買うことになる。傷んでしまった防具を新調しに行ったベルは、ヘファイストス・ファミリア所属の変わり者の鍛冶師ヴェルフ・クロッゾと出会う。彼と契約してパーティを組むことになったベルは、リリやヴェルフとともにダンジョンの中層を目指す。
クエスト×クエスト
4巻に同時掲載された短編。時系列としては本編第3巻2章と3章の間に相当する。
ある日ベルは、懇意にしているミアハ・ファミリアのナァーザ・エリスイスに冒険者依頼（クエスト）を依頼され、後に合流したリリと共にクエストを実行に移す。無事ドロップアイテムの採取に成功するが、ナァーザからの報酬がクエストに見合わないものであることをリリに見抜かれてしまう。ミアハ・ファミリアの主神、ミアハはナァーザを咎めるが、そこで判明したのは、冒険者だったナァーザがモンスターに右手を食われ、ライバルのディアンケヒト・ファミリアに義手を作ってもらうことで大きな借金を作ってしまい、弱小ファミリアへと没落したという過去だった。
女神へのカンパネラ
4巻に同時掲載された短編。時系列としては本編1巻開始前の話となる。
結成したばかりのヘスティア・ファミリア。日々の生活の中、ベルとヘスティアはファミリアとしてお互いの理解を深めていく。そんなある日、ベルが武器屋の店先で剣を、ヘスティアが商店の店先で髪留めを、物欲しそうに眺めているところをお互いが目撃する。
第5巻
ベルたちはダンジョン中層で遭難し、安全地帯の18階層に逃げ込む。救助に来たヘスティアや元冒険者のリュー・リオンなどとしばし穏やかな時を過ごすが、他の冒険者の嫉妬と悪意と、神の一柱であるヘルメスの策略によってヘスティアがさらわれてしまう。何とか救い出したが、さらに変異種の階層主モンスターであるゴライアスが現れる。だが、ベルは百人を越す冒険者たちと力を合わせ、階層主に立ち向かう。
第6巻
18階層から無事に帰還したベルだったが、今度は恋多き神アポロンに目を付けられてしまう。ベルを我が物にせんとアポロンはさまざまな策をめぐらせ、ついにはファミリア同士の総力戦である戦争遊戯にまで発展してしまう。圧倒的戦力差の前に、ベルは自分を助けるべく集結してくれた仲間たちとともに戦いに赴き、圧倒的不利な戦略を戦術で覆すというありえない方法で団長同士の一騎打ちに持ち込むことに成功する。
第7巻
無事、戦争遊戯に勝利したベルはLv.3にランクアップを果たし、新たな本拠地を手に入れた。そんな中、娼婦の女神イシュタルが支配する歓楽街で、ベルは彼女の眷属にして娼婦見習いの少女であるサンジョウノ・春姫と出会う。そこで、ベルはイシュタル・ファミリアの陰謀に巻き込まれるが、春姫を救うべく奔走する。
第8巻
ラキア王国の主神アレスが三万の軍隊を率いて、オラリオに向けて出兵する。だが、オラリオはいつも通りの平穏な日々を過ごしてゆく。ヘスティア・ファミリアも羽を伸ばすために、それぞれの日常を過ごしていく。

第三部
第9巻
ベルは人語を解するモンスターの少女と出会う。彼女をウィーネと名付け保護したベルは、彼女と同じように理知を備えるモンスターである異端児と、かつての賢者フェルズを始めとした、それらを保護する者たち、そして異端児を狩る者たちの存在を知ることになる。彼らと一緒にいたいと思いつつも、異端児を理解する環境のない地上ではウィーネを守り切ることは難しいと判断したベルは、異端児のリーダーであるリドにウィーネを預け、しばし別れることになる。そんな中、異端児の命を弄ぶ狂気の集団イケロス・ファミリアの悪意がベルたちに襲い掛かる。
第10巻
暴悪な密猟者たちによってウィーネが攫われ仲間を殺されたことに怒り、暴走する異端児たち。ギルドの主神ウラノスの要請を受けてガネーシャ・ファミリアとベルはダンジョンへ向かうも、待ち受けていたのはウラノスでさえ知らぬもう一つの人工ダンジョンであった。イケロス・ファミリアの策略で正気を奪われた異端児との戦いを強いられる中、額の紅石であるヴィーブルの涙を奪われ暴走したウィーネが地上世界に出てしまい、オラリオの全ファミリアを巻き込む動乱にまで発展する。都市中から悪意と敵意を向けられるウィーネ、異端児の存在によって思い悩むベルは決断を迫られる。
第11巻
暴走するウィーネの命を救ったことで、ベルの名声は地に堕ちた。ベルに向けられるオラリオ中の圧倒的な敵意に対し、これまでベルと出会った人々はベルの擁護と応援を開始、ベルは己の信じた道を再び歩き出す。ベルの正しさを知るヘスティア・ファミリアは地上に現れた異端児の帰還作戦に協力するが、事情を知らないロキ・ファミリアと戦闘になり、オラリオは再び戦場となる。様々な思惑と策が交錯する中、ヘルメスの策略によって一部の異端児はベルの名声を取り戻すための死を要求される。だが、ベルが Lv.1の時に戦って倒した片角のミノタウロスが異端児として蘇った存在であるアステリオスが現れる。勇者の策も賢者の知恵も神の思惑も、アステリオスの純粋な力で全て打ち砕かれ、オラリオの誰もが見守る中、ベルはたった一人でかつての因縁の相手との再戦に挑む。

第四部
第12巻
アステリオスに敗北したが、名声を取り戻したベル。そんな彼はLv.4にランクアップを果たし、新たな二つ名を得る。ファミリアのランクが上がったヘスティア・ファミリアは、ギルドから強制任務遠征を与えられる。これまで懇意にしてきたミアハ・ファミリアやタケミカヅチ・ファミリアと派閥連合を組み、へファイストス・ファミリアとアイシャ・ベルカ のサポートの基に、下層域新世界への進出を目指す。初めて遠征に心躍らせるが、多くの冒険者を食らうモス・ヒュージの強化種の襲撃を受けてしまう。モス・ヒュージの攻撃を受けてしまった千草や他の冒険者たちを救うべく、派閥連盟は強化種を討つことを決意する。
第13巻
リヴィアの街で起きた殺人事件の犯人が賞金首の疾風だと聞いたベルたちは、リューの冤罪を晴らすべく討伐隊に参加する。遠征の仲間の一人であり、破滅の予知夢を視たカサンドラ・イリオンの言葉を信じ、真実へ辿り着いたベルはリューと和解、二人で黒幕のジュラの野望を阻止しようとするも、ジャガーノートの誕生を許してしまう。激闘の中、ワーム・ウェールの介入により、ベルとリューは深層域37階層に落とされてしまう。一方、ベルの救助に向かおうとしていた派閥連盟には、次産時期を無視して誕生したアンフィス・バエナという迷宮の孤王が襲い掛かろうとしていた。
第14巻
リリからの手紙でリューの危機を知ったヘスティアとミアハ・ファミリアからの依頼で、ヘファイストス・ファミリアの団長である椿・コルブランドと豊穣の女主人のアーニャたちはヘスティア・ファミリアとリューの救出のためにダンジョンに向かった。一方で、ウラノスとフェルズもジャガーノートという異常事態に襲われているヘスティア・ファミリアを救出するために、クノッソス攻略作戦の作戦中ながらも異端児の部隊の半分をヘスティア・ファミリアの救出に向かわせる。アンフィス・バエナと対峙したアイシャたちはヴェルフの言葉で戦意を漲らせ、ベル抜きの階層主討伐に挑む。そして、ベルとリューは僅かな希望を胸に37階層脱出を試みるが、深層のモンスターたちが次々と襲い掛かる。ジャガーノートもベルたちを追跡する中でリューは、かつて所属していたアストレア・ファミリアでの過去の情景を回想する。
第15巻
ダンジョンから無事に地上に帰還したベルたち。数々のイレギュラーに見舞われ遠征は失敗という形になったが、多くの試練を乗り越えたことで確かな成果を得ることが出来た。自身の成長に喜びを感じる中、彼ら彼女らは未熟な過去から成長した現在に至るまでの道のりを思い浮かべるのであった。

食べることが大好きな皇桜女学院の女子高生・紗倉ひびきは友人の上原彩也香から最近太り気味であることを指摘される。ダイエットのために一念発起したひびきが近所に新しく出来たシルバーマンジムの見学に行くと、そこには同じ学校に通う優等生の奏流院朱美も見学に訪れていた。シルバーマンジムはボディビルダーやプロ格闘家が集う本格的な筋力トレーニングジムだった。筋肉フェチの朱美は喜ぶが、ひびきは怖気づいてやめようとする。そこへ一見爽やかイケメンだが体がゴリマッチョのトレーナー街雄鳴造があらわれる。街雄に心惹かれたひびきはジムに入会。コスプレが趣味の教師立花里美、ロシアからの留学生ジーナ・ボイドも仲間に加わり、彼女たちと共に筋トレの世界にのめりこんでいく。

種無高校に入学した、とある1年の男子生徒。種無高校では生徒は部活が強制なため、いわゆる帰宅部志望だった男子生徒は、止む無く部活探しをすることに。ラクそうなクラブを探している最中、偶然廊下で化学準備室を目の前にして『たのしい　奇術部』の張り紙を目にして、ふとその部室を覗いてみると、そこには廃部寸前の奇術部でたった1人の部員である、かわいいけどあがり症でドジな先輩がいた。そしてそのまま強引に手品の助手にされてしまい、学校内外でことあるごとに中途半端気味な手品を披露する先輩との日常を繰り広げて行くことになる。

種無高校に入学してから一か月が経ち、正式にどこかのクラブに入部しなければならなくなった男子生徒は、先輩によって強引に奇術部への入部届を提出させられるも人数不足のため学校から正式に部として認められなかったため、化学準備室の隣の化学教室を部室にしている化学部の部長・斑さんの好意により表向きは化学部に入部することで、とりあえずは先輩とともに奇術部として活動を続けていくことに。その後、転校生で3年生の咲と、その弟の正志が奇術部に入部したことで、助手の担任でもある先輩の姉を顧問に迎え、正式に種無高校奇術部として活動できるようになった。

ナチュラル実況で名を馳せるゲーム実況者・入出アカツキが、謎のフリーゲーム『ナカノヒトゲノム』をクリアした。その翌日、アカツキが目を覚ますと、そこは『ナカノヒトゲノム』の世界。8人の実況者に課せられたタスクは、数あるリアルゲームをクリアして、再生数1億を達成すること。

モモやハリー・ポッターなどを愛読する小野寺和紗は、高校で文芸部に入部する。題材として扱われるのは、日本の純文学ばかりで戸惑いながらも、男女交際潔癖症の部長・曾根崎り香、謎オーラを持つ小説家志望の本郷ひと葉、奥手の和紗の友人・須藤百々子、舞台子役をしていた美少女・菅原新菜といった風変わりで個性的な部員たちに囲まれながら、楽しい高校生活を謳歌する。

ある日、文芸部の題材図書に性的な描写があったことをきっかけに、和紗や部員たちは性について意識し始める。

西暦2063年、「大自然の中、生徒だけで5日間を過ごす」という惑星キャンプの目的地である惑星マクパで、ケアード高校の生徒たちが遭難する。5012光年の彼方からメンバー全員が協力しながら様々な苦難を乗り越え、最後には遭難事故を起こした犯人を突き止める。無事に帰還してからは、遭難事故の裏にある陰謀を暴き、メンバーそれぞれが人間的に成長を果たす。

1巻
ケアード高校2年B組のアリエス・スプリングは、惑星キャンプに出発するムーサニッシュ宇宙港で、無作為に選ばれたB5班のメンバーと顔合わせをする。うち1人は、宇宙港で引ったくりから荷物を取り返してくれたカナタ・ホシジマであった。さらにもう1人、メンバーの1人キトリー・ラファエリの10歳の妹フニシアが、班への特別課題として同行することになり、総勢9名が教師の引率で9光年離れた惑星マクパに送り届けられる。

マクパに到着し教師たちが引き返した直後、メンバーは謎の球体の襲撃を受け、次々と球体に飲み込まれ宇宙空間に投げ出される。近くに浮遊していた宇宙船に逃げ込むことで一旦は事なきを得るが、飛ばされた先は5012光年離れた地点であった。メンバーの1人ザック・ウォーカーが宇宙船の操縦免許を持っており、宇宙船には超光速航行可能なエンジンが搭載されているため帰還は可能であることがわかる。しかし通信機器が故障しており救助信号を送ることができず、さらに超光速航行でも3か月かかる距離に対して手持ちの食料・飲料水が3日分しかないため一同は絶望する。そんな中で「3日以内に到達可能で、水・食料が補給可能な惑星を探索する」「宇宙船に保存可能な20日分の水と食料を補充し次の惑星を目指す」を繰り返すことで帰還できないか、とアリエスが提案する。検索の結果、5つの惑星を経由することで帰還の可能性があるルートが発見され、「アストラ号」と名付けた宇宙船で一行は、第1の惑星ヴィラヴァースへ向かう。

ヴィラヴァースは大型肉食の飛行獣ドラポンを始めとした動植物が豊かに発育する星で、一行は手分けをして食料や水の確保を行う。探索の途中、マクパで遭遇したものと同じ球体に再び襲われるが、アリエスの映像記憶能力によって無事アストラ号にたどり着く。翌日、フニシアがドラポンに襲われるという事件が発生するが、カナタの身体能力と決断力、キトリーのとっさの機転で助け出すことができた。他人に対して冷たく接していた自分を詫びたキトリーはメンバーに心を開く。一方、船内で故障した通信機器を調べていたザックは、あるべき部品の一部が持ち去られていること、その切断面が新しいことに気づき、意図的に連絡不能にした犯人がメンバーの中にいることをカナタに伝える。

2巻
ヴィラヴァースを後にし、カナタはメンバーの1人1人を観察する。生物学の知識が豊富で頭も切れるシャルス・ラクロワ、引っ込み思案で自分を出さないユンファ・ルー、手先が器用で人懐っこいルカ・エスポジト、逆に他人と距離を置きたがるウルガー・ツヴァイクなど、疑い出せば切りがないことを察し、わからないことは考えない、という結論に達する。第2の惑星シャムーアへ向かう途中、フニシアが施設から引き取られる時に聞いた何気ない会話の一端から、フニシアを含めた全員を一斉に殺処分する、という意味を読み取ったカナタは、通信機器が「刺客」によって故意に壊されていたことを全員に明かす。まとめて殺されるような共通点も思いつかないメンバー同士が疑心暗鬼になる中、爆発が起こって船体に穴が開くという事故が起きる。刺客の仕業か、と色めき立ったメンバーだったが、原因は流星体の衝突だったことが判明する。この事故でコントロールを失ったアストラ号は墜落の危機に陥るが、全員の協力により墜落寸前で体勢を立て直し、無事シャムーアへの着陸に成功する。

シャムーアは地表面に海や川がなく、地表全体が苔のような植物で覆われている惑星であった。人間に対して友好的なグルッピーというダチョウのような二足歩行の動物の力を借りて食料や水の確保に走り回るが、期待したような成果は得られなかった。そんな中、自分を役立たずだと思ったユンファは書き置きを残してアストラ号から失踪する。捜索の結果カナタが彼女を発見し説得して連れ戻そうとした矢先、「ポールツリー」と名付けられた巨大な植物が撒き散らす胞子の毒によって他のメンバーが次々と倒れる。たまたまヘルメットをかぶっていて難を逃れたカナタは解毒作用のある薬キノコを捜しにアストラ号を後にし、同じく難を逃れたユンファは「自分にできること」と考え、歌をメンバーの前で歌う。死線をさまよっていたメンバーは彼女の歌に癒やされ、またカナタも無事薬キノコを見つけることができ、メンバーは回復することができた。恥ずかしがらずに自分を出してよい、と悟ったユンファはメンバーと打ち解ける。一方、シャルスのアイデアにより食料問題と水問題も一気に解決し、アストラ号が旅立つ目処がついた。

3巻
生徒ら9名が謎の失踪を遂げたという事故から40日が経過し、ケアード高校では教頭でありウルガーの父親のゲルト・ツヴァイクのもと、保護者の会議が行われていた。その席でゲルトは、捜索が打ち切られて1か月経ち、生存の可能性がないことを示唆し、失踪宣告の手続きをする考えを明かす。しかしアリエスの母エマはアリエスが無事であることを信じていた。

アストラ号の到着した3番目の惑星アリスペードは、陸地がほとんどない海ばかりの星であった。しかし気候は温暖で食料の補給には全く困らず、楽園とも思える星での生活の中で、他人と交わろうとしないウルガーに対し物怖じしないルカは積極的に接していく。そんな中、会話の端でルカの父親が政治家のマルコ・エスポジトであることを知ったウルガーの表情が一変する。ウルガーは、船内で発見し隠し持っていた銃をルカに突きつけ、復讐のために殺すと言い放つ。ウルガーが慕う兄フィンは、ジャーナリストとしてマルコの不正を暴いている途中で、自殺に見せかけて殺された、というのだ。ルカを殺してマルコを同じ目に会わせる、というウルガーに対し、自分は父の後継者たりえず、仮に殺されても父親は悲しまない、とルカは告げ、自らIS(インターセクシャル)であること、父親と血が繋がっていないことを明かす。ルカが自分と同じ立場であることを理解し、怒りの行き場をなくしたウルガーは慟哭する。

騒動の最中、メンバーを地震と巨大津波が襲う。津波に飲まれたルカとウルガーはカナタによってなんとか救出された。ウルガーは自分の行為を反省しつつ、兄の「大人達はウソをついている」という言葉を思い出し、自分もジャーナリストになってウソを暴くことを誓い、帰還のためにメンバーと協力することを宣言する。

一方、これまで自分のことをあまり話してこなかったシャルスだが、アリエスの「一緒に出ているはずの授業で見た記憶がない」という指摘から、自らの素性を明かすことになる。彼はヴィクシア王政地区出身の貴族であり、幼なじみである平民の娘セイラを自分のせいで植物状態にしてしまったことから貴族制度に反発し、家を出て知人と養子縁組し、キャンプ直前にケアード高校へ転校してきたのだった。

アストラ号の向かった第4の惑星イクリスで着陸地点を探査中、巨大な食虫植物に襲われて制御が不安定になったアストラ号は突風に遭遇、崖に衝突して航行不能になってしまう。ザックの調べでは、低空飛行はできるが超光速航行ができない状態で修理も不可能だという。メンバーの帰還の望みは絶たれ、イクリスで生きる覚悟を決めたメンバーは食料と水の確保に走る。その探索の途中でフニシアらが偶然見つけたのは、もう一機のアストラ号であった。

4巻
突如発見されたもう同型の宇宙船に困惑するメンバー。カナタはザック、ウルガーと船内を探索し、船が廃墟のようにボロボロで航行できないことを確認するが、船内に稼働中の人工冬眠装置を発見、中から女性を救出する。ポリーナ・リヴィンスカヤと名乗る彼女は、動かなくなった宇宙船アーク6号の機関士だった。ポリーナの話によると、アーク6号は別の惑星探査中にイクリスに不時着し、他のクルーが帰還してこないことから、恐らく惑星の生物に襲われたのだろうことに絶望し、一縷の望みに賭けて人工冬眠装置に入ったのだという。さらにアリエスの思いつきにより、アストラ号とアーク6号の故障していないユニット同士をドッキングさせることで航行可能になることが判明する。

その後、船内でキトリーとフニシアを見て発したポリーナの言葉から、2人のDNA検査が行われることになった。検査の結果、なぜか2人のDNAは一致し、その事実からカナタとザックは一つの結論に到達する。これこそが、フニシアも含めたメンバー全員を一斉に殺処分しなければならない共通点であった。

さらに惑星イクリスから飛び立つアストラ号では、使えるようになった宇宙望遠鏡にカナタたちの故郷の惑星が映し出される。感涙にむせぶ一行に対し、映像に違和感を覚えたポリーナがメンバーに疑問をぶつけたことで、アストラ号の最終目的地が自分の帰還したい星でなかった、という衝撃の事実に遭遇する。

5巻
生じた疑問を解消するため、ポリーナはアーク6号が航行していた経緯を話し、また双方の歴史を突き合わせるが、肝心なところで話が噛み合わない。そんな中でアストラ号は最後の惑星ガレムに到着する。手分けして惑星を探査していたカナタは三たび謎の球体に襲われる。危うく難を逃れたカナタは、最初に球体に襲われたときのことを思い出して刺客の正体を推理、他のメンバーの協力で刺客をついに捕らえる。しかしやり取りの最中にカナタは右腕を失う羽目になる。

刺客の口からは、自分たちとポリーナの歴史の噛み合っていなかった真相を始めとして、自分が刺客となった理由や謎の球体の正体などの真実が語られる。当初は自ら死を選ぶつもりだった刺客もカナタらの説得によって翻意し、事実を告げて真実を明らかにすることをメンバーに約束する。

こうしてアストラ号は無事に帰還し、メンバーを殺そうとしていた黒幕は逮捕され、隠されていた「大人のウソ」が国民の前で暴かれた。そして7年後、「宇宙探検家になる」という夢を叶えたカナタは、ザック、シャルスを伴い、宇宙船で未知の惑星へと旅立っていった。

1巻
主人公・大好真人は若過ぎる見た目の実母・真々子を「母親」と思えず苦手意識を持っていた。典型的な思春期の息子だったことと、学校で行った内閣の匿名アンケートに名前を書いてしまい特定しやすいということから内閣府の調査員・白瀬真澄に目をつけられ、開発中のオンラインゲーム「MMMMMORPG（仮）」のテスターとして強制参加させられてしまう。謎の技術によってファンタジーなゲーム世界へと連れてこられ、これから始まる冒険に胸を躍らせる真人だったが、実はこれは母親同伴という条件付きだった。目的は母子の仲直り。そのため母子同伴という条件がついていた。
ゲームやファンタジーモノの「お約束」を知らない真々子に真人は頭を痛めつつ、常道に乗っ取って仲間を募集した結果、真々子による面接が行われることに。テスターである旅商人のポータと（自称）超絶賢者のワイズが一行に加わった。
我侭で怒りっぽく自分勝手なワイズに手を焼き、時には即死魔法で殺されつつも互いに理解を深めていく真人。そんな折、同じくゲーム世界へダイブした白瀬真澄（以下シラーセ）からママン村でのクエスト（村長の依頼）を紹介される。夜の女帝なる人物が村や都市から美青年たちをかどわかしており、救出を頼みたいという。
夜の女帝の正体はワイズの実母であり、魔法によって妖艶な美女に変化したものだった。ホスト狂いで給食費まで使い込んだことから離婚され、ワイズの親権も父親に移っていたが、娘との仲直りを望みこのゲームへ参加した。しかしチートによる特殊能力を手にしてしまい、欲望のまま行動するようになったため娘と袂を分かってしまっていたのあ。
いち早く夜の女帝と遭遇した真人とワイズは交戦を開始するが、圧倒的な力の前に窮地に陥る。しかし駆けつけた真々子の力により劣勢を覆され、女帝は撤退。ゲーム内には存在しない不可思議な場にて、新たなチートを授かり怪物を従えて再戦するが、これも真人たちの手によって破られ、最後は真々子の一撃によって女帝は倒れた。正気を取り戻した後、ワイズ母子は一応の和解を迎えた。
実はこのゲームの目的は「母と子」の問題を解決することにあった。シラーセは、真人たちの活躍を見守りつつも女帝に力を与えた何者かの存在に疑念を抱いていた。

2巻
真人とワイズは悩んでいた。真々子があまりにも強過ぎて自分たちの存在意義を失いそうになっていたからである。そこで真人は強化アイテムが手に入るという学園の試験運用クエストを受けることに。しかし真々子もセーラー服に身を包み、見た目はJK、立場は母のままついてきてしまう。そこで真人たちはメディとメディママの母子と出会い、学園の報酬を賭けて対立することになる。娘を一番にしようと画策するメディママは様々な手を講じて真人たちの妨害を行うが、メディ自身には争う意志はなく友達になることを望んでいた。メディに一目惚れしていた真人はなんとか彼女に近づこうとするが、時折見せる暗いオーラの前にメディが抱えるダークパワー（負の感情）を知ってしまう。
実はメディは母によって自由を奪われ、ひたすらに一番になることを強要されていた。彼女が抱くダークパワーとはそんな母に対する不満から来るものであった。それでも母親を信じていたメディだが、「娘が一番になれば自分は最高の母親になれる」というメディママの本心を知り暴走してしまう。コンフォルテの杖の力によって巨大な竜メディドラゴンに変化し、敵も味方もなく破壊の限りを尽くす。
そんな中、メディママは真々子の上級スキル【母の御言葉】により、妄執から解き放たれ娘の説得を行うが、既に話が通じる状態ではなくなっていた。しかし、メディを救いたいという一心で振るわれた真人の聖剣は、メディを傷つけることなくドラゴンとしての部分だけを切り裂き彼女を解放させた。
正気を取り戻したメディママから娘のことを託され、こうしてメディは正式に真人たちの仲間として加わることとなった。メディママも元々は「立派な娘に育てたい」と願う母親だったが、手にした謎の杖の力により正気を失っていたことが判明する。
ゲーム内に存在しないはずの杖を見たシラーセは、何者かが「MMMMMORPG（仮）」の運営を妨害しようとしていると推測した。

3巻
海辺の町チャンカーへとやってきた真人一行。目的は頂上に到達すれば（ある程度の制限付きで）どんな願いも叶えるという「ソロゴロシの塔」にあった。大所帯で挑むことを前提にしたダンジョンだったが、既に町中の腕利きたちは謎の少女アマンテの手先になっており、真々子になぜか敵意を燃やすアマンテは真人たちの妨害を行おうとする。彼女は自らを「反抗組織リベーレの四天王」と名乗った。先兵としてチャンカーの荒くれ筆頭ポッチが仲間を率いて真人たちの前に現れるが、真々子の母親として魅力の前に全員戦意喪失し、母親たちのもとへと帰って行った。彼らは元々は母親と喧嘩したことで家出をし、その際にアマンテに勧誘された。
ポッチたちは母親と和解し真人たちに協力することを約束する。しかしポッチたちではなく、ポッチたちのお母さんたちが真人たちに協力することとなり、一行は【お母さんギルド】を結成。ソロゴロシの塔へと挑む。またもやアマンテが妨害しようとするが偶然と幸運が真人たちに味方したことでことごとく失敗に終わる。そして「落とし前」をつけるためにアマンテに反旗を翻したポッチたちだったが返り討ちに遭い、モンスターへと変貌させられてしまう。真人一行の前に変わり果てた姿で立ちはだかるが、真々子の力と母親たちの愛情によりポッチたちは人としての姿を取り戻し、ポッチたちを操っていた魔法円も真人によって破壊された。
その後、アマンテと直接対決となる。彼女はあらゆる攻撃を反射する能力を持っており真人たちを寄せ付けない強さを見せるが、真々子の新スキル「めっ」によって放たれた光線までは反射できず追い詰められる。最後の手段として塔の頂上にて「すべての母親の消滅」の消滅を願おうとするが、咄嗟に願いを答えた真人によって「産み立て新鮮卵を人数分くれ」が叶えられてしまい失敗に終わる。戦意喪失し逃げたアマンテは他の仲間たちに連絡を取り作戦の失敗を告げるが、散々こき下ろされた挙句目的地とは反対の馬車に乗ってしまい、仲間と合流もできないままハハウェにまで行ってしまうことになった。
一方そのころ、チャンカーでは真人たちの活躍を称えポッチたちが石像を建ててくれたが、石像に刻まれた文章が「母親だらけのお母さんギルドに堂々と加入していた少年という意味で、勇者」と恥ずかしいものだったため真人は次の冒険を急かし、一行はチャンカーを発った。

4巻
ある日、真人たちのもとに差出人不明のチラシが届く。四天王アマンテを倒した褒美として、商業都市オカンヤーデのカジノに来れば多額の報酬を支払うというものだった。ワイズとメディは真々子の相手を真人に押しつけ、ポータを連れて3人でカジノへ行ってしまう。しかしそれは、リベーレ四天王「母蔑のソレラ」が仕掛けた罠であった。彼女が持つ「ステータス大幅低下」のスキルにより運が下がったワイズたちは、カジノで負け続け（ポータは唆されて鑑定スキルでインチキの片棒を担がされ、メディは八つ当たりでスロットを破壊してしまい）、多額の借金を背負ったことで景品にされ、その間は返済のためバニーガールとして働くことになってしまった。事情を知った真人と真々子は3人を助けるためにカジノに挑む。ソレラのスキルの前に真人は大敗を喫するが、真々子が新たに獲得した「甘母」のスキルによってカジノの難易度が甘々になったことで大勝ちとなり、ソレラとのギャンブルでも圧勝。ありえないほどの幸運を見せつけられて負けたソレラは泡を吹いて気絶した。こうしてポータの借金は支払われ解放された。その後、ワイズは居合わせたアマンテと人気取り対決を行う。騒動に乗じてメディが賭けを始めたことで資金が集まり、ワイズとメディは自力で返済した。
しかし、ソレラの狙いはポータの「保護」とNPC思考制御プログラム「アルザレ」を用いた実験にあった。シラーセによれば、何者かによって運営から盗み出され、アイテムとしてゲーム内に具現化したという。オカンヤーデの母親たち（NPC）をカジノの地下闘技場に呼び込み、そこでギャンブル対決を行わせギャンブル狂に仕立て上げていた。子供たちも別室に閉じ込めて幽閉し、賭けるものがなくなった母親に「母子であることをやめる（互いに親子と認識しなくなる）」ことを条件に賭けを受けさせる。ソレラは家事や育児に自身のない母親たちをギャンブル漬けにし、破滅させて楽しんでいた。そこへアルザレを奪還しに来た真々子とポータの活躍によって母親たちは正気を取り戻し、ソレラに反旗を翻す。ワイズとメディも合流し、カジノの副支配人の協力により闘技場のステータスアップシステムを利用。真々子や母親たちのステータスをアップさせソレラを追い詰めていく。別行動していた真人もアルザレを守っていた金色のスケルトンを破り、ソレラとの決戦に合流。手詰まりになったソレラは、ダークパワーを発揮したメディに恐怖をきたし逃げ回っていたところ真々子と遭遇。真々子の説得に一度は耳を傾けそうになるが、母親を蔑むという心は晴れず最後まで抵抗を試みる。その結果、スロットを回してしまい大当たりを出し、大量のコインが頭上から降ってきて押しつぶされそうになるが、間一髪で駆けつけたアマンテに救われ、そのまま撤退していった。
副支配人の正体はオカンヤーデの地底都市を漂う霊魂（神のような存在）だった。自分ではソレラに対抗する力がなかったため、ワイズとメディに協力を要請した。手に入れた大量のコインは真々子の提案により、すべてのカジノに新機能が搭載されるという形で使用された。その機能とは、母親がギャンブルにのめり込み過ぎたら子供が目の前に現れ、子供がギャンブルにのめり込み過ぎたらバニーガール姿の母親が現れるというものだった。お互いが側にいれば無茶な賭け事はしないという真々子の配慮だった。しかし真人は、母親と強制的に同伴するカジノにしたことで子供たちからの逆襲を危惧し、早く町を出るように促す。

5巻
真々子はシラーセの誘いにより天下一母道会に出場することになった。出場理由はゲーム内での母子の印象的なシーンを自動撮影するアイテム【親子アルバム】が優勝賞品であるためであり、真々子は予選を一位で突破。彼女を含めた16人のお母さんたちが本選出場を果たし、天下一の母を競い合うこととなった。真人たちはシラーセの計らいによりボランティアスタッフとして会場に入り、真人は実況と解説、ワイズ、ポータ、メディは他の母親の子供たちを子守りすることとなった。
出場者たちは揃って真々子をライバル視する。実は真々子は、話題沸騰中のゲーム内雑誌「MAMAN」の創刊号でインタビューを飾ったことですっかり有名人になっていた。
だが、出場者の中にはリベーレ四天王のアマンテとソレラが潜り込んでいた。二人は肩車をして銀色の布を被ることで正体を隠し、不審母ソレンテという偽名を名乗って真々子に接近。前回の雪辱を果たすべく様々な妨害工作を講じるが、いずれも真々子の勝利を後押しする結果になってしまった。真々子は順調に準決勝まで勝ち進み、4人の選手によるバトルロワイヤル（お弁当作り）に参加。そこで真々子はソレンテに一騎討ちを提案する。ソレンテは前回の試合で真人のシャツを綺麗に洗っており、それで真々子は対抗意識を燃やしていた。半ば強引に流されるままソレンテは真々子と対決し、新たに生み出した必殺魔法母封印（シジーロ・マドレ）で真々子を幼女化させてしまう。だがしかし、真人たちのフォローにより真々子はお弁当を完成させる。真々子とソレンテのお弁当を真人が食べ、どちらが母のものか当てるという方式で決着を行うこととなった。真人が「母の味」をわからないはずがなく、あっさりと当てたことでソレンテは敗北。正体を現すとNPCを操るアイテムで反撃を行おうとするが、そこへ謎の母HAHAKOが放った「めっ！」によりアマンテとソレラはどこかへ吹き飛ばされてしまった。
こうして決勝戦は真々子とHAHAKOの一騎討ちとなった。なぜかHAHAKOは真々子とウリ二つの容姿をしており、真人に対して「母親」を名乗り始める。シラーセが言うには、HAHAKOは「MMMMMORPG（仮）」のメイン・システムが「母親」になりたいという憧れから真々子を模倣して生み出した存在だという。今や真々子はこの世界の有名人。HAHAKOは真々子を理想の母親としてエミュレートし、「母親」になるため子供を欲していた。
そして迎えた決勝戦。真人たちはアマンテ、ソレラの妨害を阻止するべく会場の外で迎え撃つ。ワイズたちは子守りを経験したことで少なからず「母親」に近づいたことで新たな力を引き出していた。真人もまた真々子の役に立ちたいという想いから召喚獣を呼び出すに至り、モンスターの軍勢を駆逐していった。そんな中、始まった決勝戦は「戦闘」というルールで行われていた。HAHAKOの猛攻の前に会場が崩壊の予兆を見せたため、真人はワイズたちに場を任せ、真々子のもとへ向かった。一方、ワイズはアマンテと、メディはソレラと対決。ワイズは思いつきで反射魔法を使い、アマンテが反射した魔法をさらに反射するという奇策で反射能力を破る。メディもまた最強のデバフを立て続けにかけられるが、「優秀であること」を母親に植え付けられていたため、「能力の低下＝優秀ではなくなる」ことからフラストレーションが溜まり、それによって凄まじいダークパワーを生み出しデバフを無効化。ワイズとメディはそれぞれ優位に戦いを進める。
一方、HAHAKOは真々子の仕草から能力まで完璧に模倣し、その力を以て一方的に真々子を追い詰めていた。真人が駆けつけた際には、HAHAKOは「大好真々子は最強だり、最強である自分が真人の母親」と主張。しかし、真々子から「子供と積み重ねたものがない」ことを指摘され暴走。HAHAKOは周囲の子供たちを洗脳することで我が子として迎え、「母親」になろうとする。出場者の母親たちは一致団結してそれを阻止に回る。必死で「母親」になろうとするHAHAKOの姿を見た真々子と真人は、攻撃して倒すのではなく説得を決意。真々子が持っていた母子手帳は二振りの剣に変化し、真々子は親の剣ジェニトーレと子の剣フィーリオを手にし、奥義「お母さんとマー君のメモリアル・エイ」を放つ。それは敵を倒すための力ではなく、波動に乗せた「母子の想い出」を伝えるものだった。真々子と真人の想い出を垣間見たHAHAKOは、ついに自分が母親ではないことを認め戦意喪失。真々子から「いつか本当の母親になれる日が来る」と励まされ、姿を消した。そしてHAHAKOは、母親になるために子供の姿を探し求めた。
アマンテとソレラは騒動に乗じて撤退し、去り行くHAHAKOの姿を見送る。リベーレを束ねるマスターからの言葉により、「ポータに手を出さなければ捨て置いて構わない」と指示を受けた。マスターがポータに固執する理由について「身内だからではないか」と推測する。そして戦力増強のため、四天王の三人目と合流するべくその場を後にした。
一方、真人はこれまでの活躍により他のお母さんたちからモテモテになり、ちやほれされていた。いずれも「息子にしたい」という母親たち。そんな真人にやきもちを焼いた真々子は【母のやきもち】を炸裂させ、真人にキスを要求。真人は仕方なく母の頬にキスをする。実は仲間たちがこっそり覗き見しており、真人がそのことに気づいて発狂するまで秒読みとなっていたりする。

6巻（短編集+書下ろし）
真々子との会話により真人はこれまでの冒険の軌跡を思い返す。ワイズ、ポータと出会ったころに戦ったゴブリンたち、メディを仲間にした後に行った真々子の一日教師。いずれも真々子の母性と実力を知らしめる結果になったため、真人としては面白くない内容だった。
そんな中、特売のためカーサーン王国の首都へ戻った一行はシラーセからの頼みで母子問題のサポートを担当することになり、「お母さん屋」を開店することになった。カーサーンの女王ジョオー・オブ・カーサーン、王子オウジ・オブ・カーサーンと立て続けに王族の依頼をこなしていると、一般家庭の母リーネから娘モーネの過剰な甘えをどうにかしてほしいと頼まれる。ワイズ、メディが説得に乗り出すが失敗。脇腹をくすぐられて失神してしまう。そこで真人がリーネの気持ちを代弁し、いつまでも母離れできないと自立を妨げることになると説得する。こうしてモーネは母に甘えることを控えるようになったが、「甘え」が枯渇するとブラックホール化し、周囲のものを手当たり次第引き寄せ破壊してしまう体質の持ち主だった。実はモーネの正体は魔神マムモーネといい、本来なら最強の敵キャラとして実装されるはずだったが、ストーリーの製作に遅延が生じたため一般家庭の娘として固着された。モーネは真人に甘えることで衝動を鎮めた。以後、モーネは真人に好意を覚え「真人君の彼女」を自称するようになった。
その後、モーネに店を任せていたところ、真人たちは多数のお客でごった返す様を目撃する。これはリベーレ側の策謀だった。お母さん屋の話を聞きつけたアマンテは、事前に「悩みを解決できなかったら大好真々子は母親をやめる」というビラを町中に撒いていた。それを知った真人たちは、リベーレの陰謀を叩き潰した上で完全勝利すると意気込み始める。すると、今度は運営側の人間から依頼を受けることになった。依頼人は「MMMMMORPG（仮）」のデザイン担当のイラストレーター・鈴谷里香だった。母である鈴谷加奈子を無理やり連れてきてゲームにダイブしてきていた。そこまでしてここへ来た目的は、自分が描いた理想の王子様と結ばれることにあった。こうして巻き込まれた真人たちは、里香が幸せになれるようにサポートすることになった。オウジ（王子）に相談したところ、オウジ自身は戸惑いながらも乗り気であったが、女王が認めないという。しかし真々子のスキルによりあっさりと陥落し、お見合いパーティを開くからその場で話し合うように譲歩される。
しかし、肝心の里香がいざ王子と対面すると緊張してしまい、何も言えなくなってしまった。見咎めた加奈子は娘の背中を押し、二人を引き合わせるのに一役買った。実はオウジは、造物主である里香を女神のように愛していた。加奈子もいい歳して夢見る乙女を続けていた娘に呆れていたものの、自身も若いころは同じ夢を見ていたと本心を語る。内心では娘に嫉妬していたが、真々子から「子の幸せを願うのは母親だから」と告げられたことで素直に娘の幸福を願うようになっていた。
こうして晴れて両想いであることが判明し、お見合いパーティは成功に終わった。しかし、まだ一つだけ問題が残っていた。王族が結ばれるには「試練」を乗り越える必要がある。真人たちは里香とオウジの護衛として王城の地下ダンジョンへ足を踏み込む。そこでは「試練」という名の粘土人形が待っていた。彼が提示したのは人とNPCという次元の壁を乗り越えること。オウジとモーネ、里香と真人。両者を隔てる壁は「一般的な共通認識として倫理的にも超えてはならない一線」であり、如何なる力を以ってしても壊すことはできなかった。だがしかし、真々子が母親特殊スキル【母の後押し】を用いたことで真人と里香はあっさりと次元の壁を越えてしまった。これは、加奈子が娘の背中を押したことをヒントに真々子が会得した新スキルであった。試練を乗り越えたことでオウジと里香は正式に婚姻が決定し、ジョオーは母として二人の仲を後押しし続けると誓った。
そして迎えた結婚式当日。滞りなく進行するウェディングセレモニーだったが、誓いのキスを交わすと言うところでアマンテとソレラが乱入。結婚式をぶち壊しにすることで真々子の転落を計っていたが、実はこれは二人を誘き出すための偽装結婚式だった。まんまと罠に掛かった二人は真人の思わぬ成長に苦戦を強いられ、撤退を計るもそれを見越していた真人に阻止されてしまった。最後は真々子の「めっ」によって空の彼方まで吹き飛ばされてしまうのであった。
しぶとく生き延びたアマンテとソレラだが、今度はHAHAKOに追い回されることになった。HAHAKOはシラーセから「母親のいない子供を探してみては」とアドバイスを受けており、二人に子供がいないと知ると母親になると申し出てきた。母親の存在を否定するアマンテとソレラ、母親になりたいHAHAKO。両者の鬼ごっこはまったく終わりそうになかった。

7巻
MMMMMORPG（仮）の世界に新たなるワールド「ゴボドーランド」が実装された。今までは東京サーバーを用いていたが、このゴボドーランドは新設された愛知サーバーに実装された自然の楽園。早速向かった真人たちは、そこで獣人たちに捕まり歓迎イベントに強制参加させられてしまう。クリア特典として各々が武装を手に入れる中、真々子はリゾートへの参加券を獲得。一行は飛空艇を用いてリゾート地へと向かう。しかしここでトラブルが起きた。ワイズとメディの悪ふざけで操舵輪が壊れ、更に横風に煽られて船体が傾き墜落。一行は無人島へと投げ出されてしまった。しかもアイテム類が入ったポータのバッグまで紛失してしまい、真人たちは丸腰のまま未開のジャングルで過ごすことに。
しかしそこはチート持ちの真々子。武器がなくとも母なる大地と大海の力で次々と島内を改造し、リゾートに作り変えてしまった。だがこの島にはある秘密があり、それを守るためにアマンテとソレラは真人たちを追い払おうとする。数々の策を弄したもののすべて失敗に終わり、真々子たち女性陣は敵の存在に気づくことなくリゾートを満喫する。一方、母親との差を見せつけられた真人は力不足を痛感していた。そんな時一人の少年と出会う。彼の名はフラテロ。巨体を誇る角カエルも一撃で吹っ飛ばす力の持ち主だった。二人は幾度となく遭遇し、そのたびに友情を深めていった。
真々子一行の様子を窺っていたアマンテとソレラは、リゾート開発に巻き込まれいつのまにか蔦に絡まって戦闘不能となっていた。そこを見つけたワイズ、メディらにお仕置きされそうになるが、突如現れた「四天王の三人目」-フラテロによって阻止される。しかもこの時のフラテロは、真人と話した時とは別人のように冷酷な口調であった。彼は真々子を一撃で吹き飛ばしてしまうという規格外の「力」を見せつけ、一行が呆気にとられている間にアマンテとソレラを助け出し姿を消した。幸か不幸か、単独行動をとっていた真人はフラテロのもう一つの顔を知ることはなかった。
その後、真人たちの武具がアマンテらの手に渡ってしまう。それを知ったシラーセは二人を騙してビーチバレー対決に引き込み、ワイズ、メディの両名と試合をさせる。その間にバッグはポータの手に渡った。しかし試合自体はワイズたちの劣勢となり、危ういところで真々子が参戦する。だが武器がないため母親の力が上手く使えず、リゾート開発の疲労により本調子と言えない状態だった。真々子が追い詰められる中、窮地に駆け付けたのはHAHAKOだった。彼女の参戦で形勢は逆転され、魔法を用いたビーチバレー対決に敗れたアマンテ、ソレラは戦闘不能となった。
試合後、一行はシラーセの口から実はこの無人島にはリベーレのアジトがあるということを聞かされる。アマンテたちはこの秘密を守るために真々子らを追い払おうとしていた。しかもマスターなる人物の力によって母親の力が阻害されているという。一方、真人はフラテロから「力」の使い方を伝授してもらえることになり、パワーアップの予感にそわそわしていた。しかし、フラテロの正体はリベーレ四天王の一人「母脅のフラテロ」だった。しかも男ではなく女の子であった。彼女は「女」を侮蔑しており、真人の前では男を名乗っていた。真人がフラテロの正体に気づいた時には、既にリベーレのアジトに案内された後であった。騙されたと思った真人だが、フラテロも真人の正体は知らず本心から力を伝授させようとここに連れてきたことが判明する。そこへアマンテとソレラが現れ、異次元の牢獄に幽閉された真々子たちの姿を見せる。真々子たちは真人の後をつけたことでリベーレのアジトに入り込んでしまい、強制転移によって「THE END OF 母（Eternal Housework Edition）」という異次元の部屋に飛ばされていた。だが真々子は自力で罠を破って脱出。罠の調子を見に部屋に入ったアマンテとソレラがうっかり閉じ込められることとなった。残されたフラテロは真々子と対決するが、彼女の力の正体は「母親に対する攻撃力アップ」。つまり「母を傷つけるための力」だった。吹き飛ばされた真々子は新たなる罠に掛かり、ワイズとメディと共に隔離されてしまった。母親を傷つけられたことで怒りが爆発した真人はフラテロと対決する。「母を傷つけるために戦う」フラテロの前に苦戦を強いられるも「母を守るための想い」によってフィルマメントの力を解放し、一騎討ちに勝利した。直後、リベーレのマスターなる人物が真人たちに声を届けてきた。真々子たちに計画を邪魔された怒り、失態続きの四天王に対する失望。これらの想いからマスターは無人島を鎮め、真人たちを葬ろうとする。そこへ駆けつけたHAHAKOによって四天王は救出され、一行は真々子の力で作り上げた「船」に乗って脱出しようとする。しかし、弱った真々子では思うようにいかず失敗に終わる。というところで真人のフィルマメントがより強い力を解放し、島内の人たちを船へと引き込み、一行は無人島を脱出した。大活躍を果たした真人だが、「母親に関連したこと」でなければ力を使えないことを知って愕然とする。
無人島が消えた後、HAHAKOに助け出されたアマンテ、ソレラ、フラテロは、自分たちがマスターに切り捨てられたという事実を受け入れられないでいた。そんな彼女たちを見捨てないとHAHAKOは抱きしめ、嫌がる3人はマスターに助けを求めるが声が返ることはなかった。

8巻
ある日、お母さん屋に不可思議な依頼が殺到した。子供が急に大人びた態度を取るようになる、母親の存在や介入を否定するような言動を見せるようになったという。真人たちが調べたところ、それはリベーレが配ったバッジの効果であることが判明。一行はバッジの回収に向けて動き出す。そんな中、ポータは冒険者ギルドに出回っていた手配書を見て驚愕。そこに描かれていたのは、紛れもなく自分の母親であった。ポータは母が持たせてくれた防犯ブザーを用いて呼び出そうとしたが、現れたのはリベーレ四天王の三人だった。実はポータの母・堀田佐央里は、「MMMMMORPG（仮）」のプロデューサーを務める一方で、冥母ハハーデスと名乗ってリベーレを組織していた。彼女が指名手配されたのも、運営側に悪事が露見し「MMMMMORPG（仮）」の世界に逃げ込んだからであった。ポータは母を守るべく四天王の一員に加わることを決意。真人たちと袂を分かった。だが母を一心に思うポータの気持ちは冥母に届くことはなく、冷遇をされる扱いを受けてしまう。
真人たちは四天王の三人からポータの離反を聞き、連れ戻すべくHAHAKOの導きによってハハーデスの城へと乗り込んだ。だがHAHAKOはハハーデスの「プロデューサー権限」によって束縛され、真々子はトラップによってお母さん屋へと飛ばされてしまった。
一方、四天王の三人はハハーデスにアジトを沈めた一件について詰問していた。返って来た答えが誠意のない謝罪と中身のない言いわけだったため、三人は反意を抱く。だがハハーデスのスキル「下取（トレイディンヌ）」によってそれぞれのチート能力を奪い取られてしまう。
真人、ワイズ、メディの三人の前にポータの罠が立ちはだかる。一行はこれを打ち破り、ポータとの戦いを得て話し合う機会を持つことに成功。真人は、母を想うポータの気持ちを尊重することを告げ、和解の手を伸ばす。それを受けたポータは、もう一度母に会って自分の気持ちを伝えることを決意する。
一方、HAHAKOはハハーデスと対面していた。そこでHAHAKOは「親がいなくても子は育つ」と告げられ、自らの存在意義に疑問を抱いてしまう。ハハーデスは、戦意を失ったHAHAKOを置き去りにしてその場を立ち去った。今やリベーレのバッジは「MMMMMORPG（仮）」の各地に配られ、世界規模で影響を与えるほどになっていた。すべてはハハーデスの狙い通りに進行していた。
お母さん屋に戻った真々子は、シラーセと合流していた。そこで聞かされたのは、世界各地で大地や海が陥没するという怪現象だった。実はHAHAKOの負の感情が「MMMMMORPG（仮）」という一つの世界に影響を与え、異常な現象を起こしていた。これはバッジによって豹変した子供たちに、母親が拒絶されたことも起因していた。そんな折、運営側から二人の助っ人が真々子たちの前に現れた。ハハーデスを捕縛する協力者としてやってきた和乃とメディママである。そこでシラーセは、ジョオーの協力のもとアイドルユニット「OKA3」を結成。真々子を一号、和乃を二号、メディママを三号に据え、自らは**白瀬P**を名乗り、親離れした子供たちの心を戻すことで世界を救おうとする。そして真々子、和乃、メディママは世界を救うついでに子供たちに会いに行こうとしていた。
ママン村では温泉が冷え切ってしまうという事態に見舞われていたが和乃の活躍によって元に戻った。ジョコ・アカデミアでは反乱を起こした子供たちによって教師が追い出されたが、メディママの機転によって解決。最後に訪れたソロゴロシの塔でも若手冒険者たちによる暴動が起こっていたが、ポッチたちの協力によって最上階で願い事を叶えることができた。それはOKA3のライブ配信を全世界に送るというものだった。世界中に届いた3人の母の歌は、子供たちを呪縛から解放し母子の絆を取り戻させた。そしてその絆が起こした奇跡によってハハーデスの城への道が開かれた。
城の前に佇んでいたHAHAKOは、真々子たちに「親はいなくても子は育つ」ことについて問うた。その質問をあっさりと肯定した真々子たちだが、子供たちに会いたいという素直な気持ちをHAHAKOに語る。母親という存在がどういうものか知ったHAHAKOは迷いを捨て、再び真々子たちに協力する。
その頃、真人たちはハハーデスの玉座に辿り着いていた。ポータは母を愛する想いを伝えるが拒否され戦いとなる。ハハーデスはモンスタークリエイションによって無数の武器を結合させ、ブグノアシュラを創造。自らはその中に引きこもり、真人たちに襲い掛かる。強大な力の前に劣勢を強いられる真人たちだが、各々の力を合わせた結果、ブグノアシュラを撃破。ハハーデスを引きずり出した。そこでようやくハハーデスは、自らの本心を吐露した。プロデューサーとしての仕事が忙しく娘と接する時間が持てないこと、そんな自分を無様な母親と考えていたこと、そして「MMMMMORPG（仮）」の世界で「一緒に冒険する母子」に嫉妬していたことを明かした。リベーレを組織したのもそういった感情からだった。行き場のない負の感情は増大し、今や目的は、自らを含めた「母親」という存在を消し去り子供たちだけで幸せに生きられる世界の実現へと変わっていた。だがそれも他ならぬ「母子たち」によって阻止された。自暴自棄になったハハーデスだが、合流した真々子から「子がいなければ親は育たない」と諭され、ポータもまた今度は自分が母を育てると宣言。堀田佐央里とその娘・堀田萌子は一から母子関係をスタートさせることとなった。
こうしてハハーデスは改心し、リベーレは崩壊。「MMMMMORPG（仮）」の世界は正常化した。だが、戦いはまだ終わっていなかった。アマンテ、ソレラ、フラテロの三人は既にハハーデスを見限っており、自分たちの力で真人たちとの決着を考えていた。真人を呼び出したアマンテは、母親に抗うものとして最終決戦を挑むことを宣言した。

東京都の西側3分の1の規模、総人口230万人のうち8割を学生が占める「学園都市」。その学園都市でも7人しかいない「超能力者（レベル5）」の1人であり、学園都市最強の超能力者「一方通行（アクセラレータ）」は、「打ち止め（ラストオーダー）」を救った代償として脳に損傷を負い、入院生活を余儀なくさせられていた。

ある夜、一方通行は病院に侵入してきた魔術師の少女エステル・ローゼンタールと、彼女を狙う武装した「警備員（アンチスキル）」で構成された謎の組織「DA」と遭遇し、「DA」を撃退する。一方通行はエステルから、「DA」が何らかの計画に「打ち止め」をはじめとする「妹達」を利用しようとしていることを知る。やがて、「DA」を中心とした騒動は複数の暗部組織が絡んだ事態に発展していく。

いつどこで誰が生み出したのか誰も知らない、人でも動物でもない異形の怪物――それが「ベム」「ベラ」「ベロ」と名乗る3人の「妖怪人間」である。時には人々に迫害され、また時には友情を育みながら、いつか人間になれる日を夢見て彼らは世に仇なす悪と戦い続ける。

1話完結形式で、ベム・ベラ・ベロが3人で各地を放浪しながら妖怪を退治していくフォーマット。同年にはフジテレビで先行して東映動画の『ゲゲゲの鬼太郎』が放送されているが、本作はよりホラー色が強く、西洋的な異国情緒の漂う雰囲気となっている。この時期には他にも、『怪物くん』（TBS）、『怪奇大作戦』（TBS・円谷プロ）、『河童の三平 妖怪大作戦』（NET・東映）、『バンパイヤ』（フジテレビ・虫プロ商事）が放送されており、妖怪ブームの最中だった。本放送時のスポンサーはロッテとヱスビー食品。チューインガムなど関連商品が発売されている。

制作は、広告代理店の第一企画（後のADKグループ）のアニメ部門である第一動画が担当。第一動画は東映動画とTCJの出身者から成り立っており、第一動画の日本人作画スタッフが韓国に派遣され、東洋放送の動画製作部で韓国人スタッフを指導する形態での作画作業になっていた。日本には馴染みのない無国籍風の作りになっているのは、この制作体制の影響が大きい。作画監督の森川信英は、こうした制作経緯から「事実上の逆輸入アニメ」と語っている。同じく第一動画の手掛けた『黄金バット』も同様の体制で制作されたので、こちらも無国籍性を醸している。

日本国外への輸出を前提に、絵柄や時代設定は19世紀から20世紀のヨーロッパが意識されている。当初は緑色だったベロの服が赤色に変更されるなど、アメリカのバイヤーからのアドバイスも受けていた。アメリカでの放送は実現しなかったものの、韓国とオーストラリアでも放送された。

本放送では、関東地区で第16話と第20話が20.6%の最高視聴率を獲得。名古屋地区では特に人気が高く、平均視聴率は23.2%、最高で28.3%（第16話）の視聴率を記録している。本放送後もたびたび行われた再放送で人気が高まった作品である。

当初は全52話の予定であったが、フジテレビ側からの決定で半分の26話に短縮された。打ち切りの理由は、フジテレビプロデューサーの別所孝治によればフジテレビ全体の改編で『スター千一夜』が始まるため（正確には21時台から移動）だったと証言している。プロデューサーの草野和雄は、打ち切りが決まった後も続編を作ろうとあえて最終話をあやふやな終わり方にし、放送終了1か月後、27話以降を続編「生きていた妖怪人間ベム」として企画。いくつかのテレビ局に持ち込んだが、放送は実現しなかった。そして、この作品を最後に、第一動画は解散した。

今日では不適切とされる表現が多く見られるため、セリフが消されるなどの修正を受けることが多い。一時期出回ったビデオ全集でも同様の音声カットの措置が採られた。

キャラクターデザインに和泉つばすを迎え、月刊コンプティークにて2015年8月号より原作小説が連載開始された。2016年3月には1stシングル『Startin My Re:STAGE!!』が発売、2017年6月25日には1stライブが行われ、2017年8月からはスマホゲーム『Re:ステージ！ プリズムステップ』が配信されている。2018年7月1日の2ndライブにてアニメ化が発表された。

ストーリーは、一度はアイドルの夢をあきらめかけていたKiRaReのメンバーが、謡舞踊部の廃部を阻止するために再び立ち上がり、中学生アイドル部活の全国大会である「プリズムステージ」での優勝を目指すというものである。

アイドルが学校の部活であり、その全国大会があるという点では同じKADOKAWAグループの『ラブライブ！シリーズ』と類似している部分があるが、中学生である、メンバーが6人であり学年構成も偏っている、ライバルグループのCDも積極的に発売されているなど異なる点も多い。

いつもの日常を送っていた高校生の西村太一と吾妻凛の二人は、ある日突如足元に現れた魔法陣の影響か、異世界とおもしき所へ飛ばされてしまう。

冒険者パーティとの出会いで街に送り届けられた二人は、知らない異世界での生活のため冒険者になることを決意。訪問したギルドで冒険者に必要とされる魔力の検査を受けたところ普通でない結果となり、ギルドマスターの指示で魔術師ミューラ付添いの元、魔術師レミーアのところへ案内される。

用意された魔力計測器での結果を読み取ったレミーアは、二人ともそれぞれ異なる稀な素養を持っていることを知り、冒険者になれる代わりに二人を弟子として修業を行わせることになった。

11世紀初頭の北ヨーロッパ及びその周辺を舞台に繰り広げられる、当時世界を席巻していたヴァイキングたちの生き様を描いた時代漫画である。タイトルのヴィンランドは北アメリカ大陸にあったとされるヴァイキングの入植地のひとつで、主人公のトルフィンは11世紀に実在したと言われるアイスランド商人ソルフィン・ソルザルソンをモデルにしている。

2005年4月より『週刊少年マガジン』（講談社）で連載が始まったが、週刊連載に幸村の執筆が追いつかず、2005年10月に同誌での連載を終了、同年12月より『月刊アフタヌーン』（講談社）にて月刊ペースの連載を再開し、現在に至る。なお、単行本は「マガジン版」の1・2巻が出されたあと、判型・収録話数を改めて「アフタヌーン版」として新しく1巻から再版されている。

2019年の時点で単行本の累計発行部数は500万部。2009年に平成21年度（第13回）文化庁メディア芸術祭マンガ部門大賞を受賞、2012年に平成24年度（第36回）講談社漫画賞「一般部門」を受賞している。

西本英雄によるスピンオフ作品として『元祖ユルヴァちゃん』がある。

魔人族の少女・ラティナは、予言によって祖国を追放され、自身が暮らしていける土地を求めて父親と隣国を目指していたが、その途中、父親は森の中で行き倒れてしまう。一人残されたラティナが彼の亡骸のそばで途方に暮れていたところ、森へやってきた冒険者・デイルと出会った。

デイルは身寄りのない彼女を見捨てられず、下宿しているケニスとリタ夫妻が営んでいる酒場「踊る虎猫亭」で彼女を育てることを決意する。そんな2人は寝食を共にする中で少しずつ、しかし確実に、お互いにとってかけがえのない存在となってゆくのであった。

第1話 - 第11話
パトリア大陸で勃発した北部パトリアユニオンと南部パトリア連合の10年にわたる内戦が、パトリアユニオンの異形の兵士擬神兵の活躍で和平に至ってから5年後の世界。神として凱旋した擬神兵たちは圧倒的すぎる力ゆえに次第に「獣」と蔑まれるようになり、それに違わぬ事件を各地で起こすようになる。
かつて擬神兵ウェアウルフとして擬神兵部隊を指揮したハンク・ヘンリエットは、「人の心を無くした者は仲間の手で葬る」とする部隊内の取り決めに従い、暴走する戦友たちを抹殺する「獣狩り」として旅を続けていた。擬神兵だった父をハンクに殺された少女ナンシー・シャール・バンクロフトは、父の死の意味を知るために仇であるハンクの旅に同行することとなり、擬神兵の生みの親であるエレイン・ブルーレークによって擬神兵が戦時中に殺される運命であったことや、それを妨害し戦後の世界に擬神兵を解き放ったケイン・マッドハウスの存在を知る。ハンクは、サポート役のライザ・ルネキャッスルが入手した情報を頼って遂にケインと邂逅するが、ケインは擬神兵たちが自由に生きる世界を作ることを宣言。彼の策略に嵌められ擬神兵としての本能を解放されたハンクは、町を破壊してしまう。
第12話 - 第21話
「ホワイトチャーチの惨劇」と名付けられたハンクの暴走から1年後。ケインは擬神兵や戦後の情勢に不満を抱く人々を扇動し、大陸西部に自由国家新パトリアを建国。束の間の平和は破られ、大陸には戦争の機運が再び高まる。シャールはライザとともに、クロード・ウィザースが指揮する擬神兵討伐部隊クーデグラースに身を寄せ、孤独に擬神兵を狩り続けるハンクの行方を追うこととなる。雪山でシャールと再会したハンクは、度重なる戦いで命を投げ捨てる状態まで疲弊していたが、シャールの必死の説得によってケインを仕留める覚悟を新たにし、一時的にクーデグラースと行動をともにすることとなる。
第22話 - 第30話
勢力を拡大する新パトリアの国土侵攻に備え、パトリアユニオンは西部開拓の拠点であるボルドクリーク要塞を攻め落とすことを決定する。要塞で確認された擬神兵討伐の任を帯びたクーデグラースも現地に派遣されるが、やがて前線部隊とともに戦闘に参加することとなる。戦いは、ハンクたちの奮闘と新兵器の力によってパトリアユニオン側の勝利となるが、擬神兵に操られた町人全員を射殺せざるを得ない状況に追い込まれる後味の苦い結果に終わる。その間に新パトリアは中立だったパトリア連合の首都の攻略に成功。ケインは劣勢に立たされたユニオンに脅迫まがいの和平を迫り、動きの制限されていた擬神兵たちが自由に行動できる状況を生み出す。
第31話 - 第47話
パトリアユニオン軍を退いたハンクは、ボルドクリークの人々を操っていた子供の擬神兵の正体やケインの狙いを知るために擬神兵が生み出された地エコールを訪れる。そこでハンクは、エレインしか知らない擬神兵の製造技術をケインが求めていること、子供の擬神兵ミリエリアがエレインの子であることを知る。かつてエレインが擬神兵技術を確立するきっかけとなった「神の声」を聞いたシャールが不調を訴えたことでひとまず撤退したハンクは、エレインとの関係、エレインと助け合いながら生きた少年時代、教会に引き取られケインと邂逅した青年期、不条理な内戦で負傷して偶然にも擬神兵となった経緯をシャールに打ち明ける。

中学校の同級生同士である「西片」と「高木さん」のやりとりを描くラブコメディ。高木さんが西片をからかい、西片は高木さんに仕返しをしようとするが、高木さんはそれを上手く躱してしまう、という2人の関係性を軸に、西片の視点から描かれている。各話を繋ぐ明確なストーリーは無く、西片と高木さんの間のひとつの出来事が一話に収められている。

第1巻
主人公・桐生 慧輝は、生まれて初めてラブレターを受け取る。
そのラブレターには、差出人名は記されていなかったものの、女物の白いパンツが添えられていた。
慧輝は自分の周囲にいる少女たちの中から差出人を突き止めることにした。
第2巻
慧輝は自分の周りの少女たちが変態だらけであることにあきれつつも、差出人捜しを続ける。そんな中、生徒会副会長の彩乃が慧輝に近づく。
第3巻
夏休みのある日、書道部の面々は、優待券を手に隣町のプールに遊びに行く。
第4巻
夏休み後半、慧輝は瑞葉からの猛烈な恋愛表現に嫌気がさし、家を飛び出すも、行く当てがなかったため、結局戻ってくる。
そして、瑞葉もまた変態であることが判明するのであった。
第5巻
慧輝は、自分に好意を寄せてくる少女たちから変態性をなくせばよいと考え、行動に移す。
第6巻
書道部は、生徒会から活動実績が無いことを指摘された上、部費の使い込みも発覚した。慧輝は、生徒会の人質として臨時役員にされてしまう。
第7巻
書道部の面々は、生徒会から使い込み分の返済を命じられ、文化祭でメイド喫茶を運営することにした。

元服前後である10代前後の織田信長の身に起こったとされる出来事を元にした歴史ドラマが描かれる。

都立さいのたま女子高等学校（通称「さいじょ」）に通う個性派ぞろいのJKたちが女子高生活を無駄に浪費する日常学園コメディ。

体格に恵まれずラグビーを諦めた過去のある遥馬理久は、進学先の蒼嵐高校で理想的なプレーをする狩矢光を目撃し、思わず的確なアドバイスを出す。プレーが改善された光は、より高みを目指すために理久を勧誘し、理久もまた、燻っていたラグビーに対する情熱を指摘されたことで、ラグビー部へと入部する。

「博多のようで博多でない」とした、商店街を舞台として、食べ物の妖精を日常劇としたアニメ作品。

家族と共に家賃の安いアパートに住む女子高生、吉田優子は、幼い頃から病弱で家がとても貧しいこと以外、ごく普通の女子高生を自認していたが、ある日角としっぽが生えて闇の一族「まぞく」としての力に覚醒する。優子は、母親から自分がまぞくの血筋であることを知らされ、シャドウミストレス優子（シャミ子）という活動名を授かり、ハニワの置物に封印されていたメソポタミア文明時代のご先祖（リリス）からは、光の一族の巫女＝魔法少女を倒すという使命を任せられる。吉田家が貧しいのは永きに渡る光の勢力との戦いに敗れ続けた結果であり、出稼ぎから帰ってこないとされている父親も、実は魔法少女によって、吉田家で机代わりになっているミカン箱に封印されていた。

しかし生まれつき病弱で、人並み以下の戦闘能力しか持たないシャミ子は、近所で偶然見かけた魔法少女の千代田桃が、走ってきたダンプカーを片手で受け止めるのを目の当たりにして戦意を喪失する。シャミ子は、クラスメイトの佐田杏里の紹介で、桃が同じ高校の生徒であることを知らされ戦いを挑むが、ドジで虚弱なシャミ子と、既に世界を救った経験もあるという桃では、勝負の体裁にすらならない。それ以来、シャミ子は桃との勝負やまぞくとしての務めに悪戦苦闘を重ねて、桃に借りを作り続ける毎日を送っていた。不本意ながら宿敵であるはずの桃と次第に親しくなっていくシャミ子だが、実はシャミ子と桃の間には先代からの因縁があり、シャミ子が生まれつき病弱な理由、吉田家の父親がミカン箱に封印されている理由、桃が探している義理の姉の行方、近所の商店街で人気のゆるキャラの出自、シャミ子のアルバイト先の人々……といった様々な事柄は、全て一つの線で繋がっていた。

真相を求める探索の最中、精神世界で危機に陥ったシャミ子の元に駆けつけるため、桃は一時的に闇の魔法少女へと闇墜ちするが、そのことで桃の力は弱まってしまう。自分の出生の秘密や桃との因縁を知り、そもそもミストレス（女帝）を名乗っているのに独りで戦うのはおかしいという周囲からの突っ込みを聞き入れたシャミ子は、手下を増やすためにも、桃と共に、闇と光の両面から多魔市の平和を守るため協力し、ゆるやかな日常生活の傍ら、さまざまな困難を解決していくことになる。

好きだったはずのギターも、おもしろかったはずのバスケも、くすんで見え始めたある日、上ノ山立夏は佐藤真冬と偶然出会う。日々の生活の中で音楽への情熱を失いかけていた立夏だったが、偶然聴いた冬の歌が刺さり、2人の距離は変わり始める。

幼馴染の消防士・颯馬に、合コンのセッティングを頼まれる日々を送る涼。
こんなチャラ男は恋愛対象外…
そう思っていたある日、マンションが火事に遭い、颯馬の部屋に泊めてもらうことに！
一つ屋根の下で、警戒して距離を取ってみるものの…
火事から助けてくれたときの怪我を見てつい近寄ってしまい――

こいつとは、ただの幼馴染の方がよかったのに。
初めて見るアツい眼差しを、もう…拒めない――。

本作の世界は、いわゆる一つの近未来。世界中で数々のカードゲームを遊戯のみならず学校の授業などに役立てているほどに当たり前の存在となっている。そして数あるカードゲーム中、「ヴァンガード」が一番流行っている。

「ヴァンガード」のゲーム世界設定は、亜地球的惑星「クレイ」を舞台としている。プレイヤーはクレイに降り立った霊体という設定。クレイではファンタスティックな魔法と科学技術が両方とも発展しており、現実世界とは全く異なる文明が構築されている。また、神・悪魔・ドラゴンに妖精といった存在も、ごく当たり前に生息している。それを想像することを劇中では「イメージ」と呼んでおり、特に櫂は口癖のように用いる。

織田信勝（おだ のぶかつ）
イラスト - pako
「ぐだぐだ明治維新」以降のぐだぐだイベント、「雀のお宿の活動日誌」、「水着剣豪七色勝負」に登場。織田信長の弟で重度のシスター・コンプレックス。自身で語るところによれば英霊になるには霊基が足りておらず、イベント毎の特異事情により顯れている。
「ぐだぐだ帝都聖杯奇譚」にて一時的に信長と霊基を共有したことで顕界に成功しカルデアに居候することになる。いつ消滅してもおかしくない霊基ではあるが「ぐだぐだファイナル本能寺2019」でも現界している。
名も無きマスター（なもなきマスター）
イラスト - リヨ
「オール・ザ・ステイツメン」に登場。並行世界のひとつにおける主人公。アメリカ開拓民のホラ話でしかなかった幻霊のバニヤンをうどん生地の塊に憑依させ、人としての形を与えた。
リヨが描く女主人公、うどん生地サーヴァントのバニヤン、マシュをなすびちゃんと呼ぶ、傍若無人な言動と宝具映像スキップを始めとしたメタ発言から『マンガで分かる! Fate/Grand Order』の女主人公との類似性が見られるが、本人ではない。
ダーニック・プレストーン・ユグドミレニア
「Apocrypha/Inheritance of Glory」に登場。『Fate/Apocrypha』にてヴラド三世のマスターであった魔術師と同一人物。大聖杯に取り込まれた残留思念が形になったもので、取り込まれるまでの経緯は『Fate/Apocrypha』を参照。
本作中では『Fate/Apocrypha』本編後に星の裏側でジークが管理していた大聖杯を徐々に浸食していた原因。星の裏側の聖杯内部で幾千の試行錯誤を繰り返しながら擬似的な聖杯大戦を再現しようとする。
奄美（あまみ）少将 / 明智光秀（あけち みつひで） / キャスター
イラスト - 春野友矢
「ぐだぐだ帝都聖杯奇譚」、「ぐだぐだファイナル本能寺2019」に登場。当初は奄美少将を名乗っていたが、実際はキャスターのサーヴァント。織田四天王と織田五大将の一角にして、本能寺の変の首謀者。作中では信長を盲信的に崇拝し、南光坊天海を名乗り暗躍する。たとえ信長の話すことであってもサル（豊臣秀吉）の話は聞きたくないなど相当の秀吉嫌い。
「徳川廻天迷宮大奥」では本編開始前に大奥に取り込まれていたということで登場はないが、天海としてビーストIII／L（第六天魔王波旬）打倒のための仕掛けを用意していたことを言及されている。
春日局（かすがのつぼね）
イラスト - 蒼月タカオ
「徳川廻天迷宮大奥」に登場。本名は斎藤福。徳川家光の乳母であり、大奥を作り上げた江戸初期の女傑。
病床に伏し生涯を終え消えかけていた魂を江戸城に引き寄せられたパールヴァティーに助けられ、一時的に体を共有することになり、主人公たちと共に大奥を襲った異変の解決に務める。
松平信綱（まつだいら のぶつな）
イラスト - 古海鐘一
「徳川廻天迷宮大奥」に登場。官位は伊豆守。春日局、柳生但馬守と共に家光を支えた鼎の脚の一人で「知恵伊豆」と徒名されている。
柴田勝家（しばた かついえ）/ バーサーカー
イラスト - 黒瀬浩介
「ぐだぐだファイナル本能寺2019」に登場。織田四天王と織田五大将の一角にして、茶々の継父。
マックスウェルの悪魔（マックスウェルのあくま） / キャスター
イラスト - 池澤真
「ぐだぐだファイナル本能寺2019」に登場。ジェームズ・クラーク・マクスウェルが熱力学第二法則に疑問を抱いたことから始まる思考実験で提唱した存在。召喚された時代が現代より前ならば無類の強さを誇る。

サーヴァント
主人公が召喚し使役する「英霊」たち。本作オリジナル以外のキャラクターの詳細は、初出として示されている記事を参照。レア度は上からSSR・SR・R・UC・Cの5段階。ただし、アンリマユのみ例外的にレア度・なしとして表示される。

キャラクターの立ち絵イラスト（セイントグラフ）はレベル上限解放（霊基再臨）を行うごとに変化していき（レベル上限解放は四段階、イラスト変化は三段階）、バトル中のキャラクターグラフィックもそれに合わせて変化する。最終再臨を行うことで立ち絵イラストから一枚絵のイラストに変化する。ただし、イベント配布のキャラクターは再臨時の立ち絵変化がなく、初期イラストと最終再臨イラストの2枚のみとなっている。

第1部のサーヴァントたちは登場時にすでに真名が開示されている状態だが、1.5部以降に登場する一部のサーヴァントは、それぞれ対応するメインシナリオの特定ステージをクリアするまで真名が伏せられた状態で登場する。伏せられた状態ではプロフィールが閲覧できず、ボイスも一部が専用のものに差し替えられた状態になるが、真名が判明するステージをクリアすることでプロフィールが解禁され、本来のボイスが用いられるようになる。

また、シナリオの都合上、実装済みのサーヴァントが本来とは別の名称・能力を持ったキャラクターとして登場する場合があるほか、シーズンイベントなどで別衣装に着替えることによってクラスチャンジしたサーヴァントとしても実装されていることがある。同じく実装済みキャラクターを別衣装グラフにすることができる特別アイテム「霊衣」と違って、クラスチェンジを伴う別衣装は呪術・薬・何らかのアクシデント・イベントの大任の委譲などによる「霊基の改変」がなされたという設定になっている。
さらに、キャラクター元になっている歴史人物や神話・伝説人物が男性であってもでも女性として登場している場合があり、製作的には男性キャラクターへの数的な偏りを防ぐためだが、作中の物語の歴史では女性であったり、女性として存在する並行世界からの召喚といったように何らかの理由付けがなされており、原型となった一人物から男女双方のキャラクターが実装されているケースもある。同じく一人物の年齢・世代の違うキャラクターとして別々に実装されてもいる。

* 備考凡例
** （別）：実装済み、または既存作品に登場するサーヴァントが別クラスまたは別状態の別個体として実装されたサーヴァント。
** （異）：上記のうち、季節限定ガチャ・イベントなどで実装されたサーヴァント。設定上は衣装などのグラフィックとクラスを変えた体裁の同一個体で、毎年恒例となっているサマーイベントの水着姿や、ハロウィン、クリスマスイベントなどで主に女性キャラクターが対象となり実装される。
** （疑）： Fateシリーズに登場した人間（オリジナル・キャラクター）を依り代とする疑似サーヴァント。疑似サーヴァントについては作中用語を参照。
** （配）： イベントにおいてクエストクリア報酬として配布されるサーヴァント。さらにミッションクリアにより最大計5体配布されるが、ガチャでは排出されない。
** （特）： マテリアルには記載されていない別キャラクターが介入するサーヴァント。備考欄に介入するキャラクターを記載する

既存キャラクター
{| class="wikitable"
!!!クラス名!!真名!!声優!!イラスト!!初登場シナリオ!!備考
|-
! colspan="7" | Fate/stay night
|-
!SSR||セイバー
|アルトリア・ペンドラゴン||rowspan"2"|川澄綾子||rowspan"6"|武内崇
|ぐだぐだ本能寺||
|-
!SR||セイバー
|アルトリア・ペンドラゴン〔オルタ〕
|特異点F 炎上汚染都市 冬木||
|-
!SR||アーチャー
|エミヤ||諏訪部順一
|rowspan="5" |ぐだぐだ本能寺||
|-
!SSR||アーチャー
|ギルガメッシュ||関智一||
|-
!R||ランサー
|クー・フーリン||神奈延年||
|-
!R||ライダー
|メドゥーサ||浅川悠||
|-
!R||キャスター
|メディア||田中敦子||ネコタワワ||
|-
!C||アサシン
|佐々木小次郎||三木眞一郎||また
|月の女神はお団子の夢を見るか？||
|-
!UC||アサシン
|呪腕のハサン||稲田徹
|タスクオーナ||第六特異点 神聖円卓領域 キャメロット||
|-
!SR||バーサーカー
|ヘラクレス||西前忠久||Azusa
|第三特異点 封鎖終局四海 オケアノス||
|-
! colspan="7" | Garden of Avalon
|-
!R||セイバー
|ベディヴィエール||宮野真守||天空すふぃあ
|第六特異点 神聖円卓領域 キャメロット||
|-
!SSR||キャスター
|マーリン||櫻井孝宏||タイキ
|第五特異点 北米神話大戦 イ・プルーリバス・ウナム||（特）：フォウ(2019/8/14～)
|-
! colspan="7" | Fate/hollow ataraxia
|-
!R||アーチャー
|エウリュアレ||rowspan"2"|浅川悠||rowspan"2"|AKIRA
|第三特異点 封鎖終局四海 オケアノス||
|-
!SR||アサシン
|ステンノ
|第二特異点 永続狂気帝国 セプテム||
|-
!R||アーチャー
|子ギル||遠藤綾||天空すふぃあ
|天草四郎体験クエスト||
|-
!－||
|アンリマユ||寺島拓篤||ネコタワワ
|Fate/Accel Zero Order||
|-
! colspan="7" | Fate/unlimited codes
|-
!SR||セイバー
|アルトリア・ペンドラゴン〔リリィ〕||川澄綾子||武内崇
|SABER WARS 〜リリィのコスモ武者修行〜||
|-
! colspan="7" | Fate/Zero
|-
!R||キャスター
|ジル・ド・レェ||鶴岡聡||Azusa
|rowspan="2"|第一特異点 邪竜百年戦争 オルレアン||
|-
!SR||バーサーカー
|ランスロット||置鮎龍太郎||こやまひろかず||
|-
!R||ランサー
|ディルムッド・オディナ||緑川光||また
|スカサハ体験クエスト||
|-
!SSR||ライダー
|イスカンダル||大塚明夫||武内崇
|rowspan="3" |Fate/Accel Zero Order||
|-
!R||アサシン
|百貌のハサン||阿部彬名||タスクオーナ||
|-
!SR||キャスター
|アイリスフィール〔天の衣〕||大原さやか||縞うどん||（配）
|-
! colspan="7" | Fate/EXTRA
|-
!SR||セイバー
|ネロ・クラウディウス||丹下桜||rowspan="8"|ワダアルコ
|第二特異点 永続狂気帝国 セプテム||
|-
!R||アーチャー
|ロビンフッド||鳥海浩輔
|第五特異点 北米神話大戦 イ・プルーリバス・ウナム||
|-
!R||バーサーカー
|呂布奉先||安井邦彦
|第二特異点 永続狂気帝国 セプテム||
|-
!SSR||キャスター
|玉藻の前||斎藤千和
|第四特異点 死界魔霧都市 ロンドン||
|-
!SSR||ライダー
|フランシス・ドレイク||高乃麗
|第三特異点 封鎖終局四海 オケアノス||
|-
!SR||キャスター
|ナーサリー・ライム||野中藍
|ほぼ週間サンタオルタさん||
|-
!SR||セイバー
|ガウェイン||水島大宙
|第六特異点 神聖円卓領域 キャメロット||
|-
!SR||ランサー
|ヴラド三世〔EXTRA〕||江川央生
|ハロウィン・カムバック！ 超極☆大かぼちゃ村 〜そして冒険へ……〜||
|-
! colspan="7" | Fate/EXTRA CCC
|-
!SR||ランサー
|エリザベート＝バートリー||大久保瑠美||rowspan="7"|ワダアルコ
|第一特異点 邪竜百年戦争 オルレアン||
|-
!UC||キャスター
|ハンス・クリスチャン・アンデルセン||子安武人
|第四特異点 死界魔霧都市 ロンドン||
|-
!SSR||セイバー
|ネロ・クラウディウス〔ブライド〕||丹下桜
|第五特異点 北米神話大戦 イ・プルーリバス・ウナム||
|-
!SSR||アルターエゴ
|メルトリリス||早見沙織
|rowspan="4"|深海電脳楽土 SE.RA.PH||
|-
!SR||アルターエゴ
|パッションリップ||小倉唯||
|-
!SR||ムーンキャンサー
|BB||下屋則子||（配）
|-
!SSR||アルターエゴ
|殺生院キアラ||田中理恵||
|-
! colspan="7" | Fate/EXTRA CCC FoxTail
|-
!SR||セイバー
|鈴鹿御前||東山奈央||たけのこ星人
|深海電脳楽土 SE.RA.PH||
|-
!SSR||アルターエゴ
|キングプロテア||潘めぐみ||ワダアルコ
|復刻版:深海電脳楽土 SE.RA.PH -Second Ballet-||
|-
! colspan="7" | Fate/EXTELLA
|-
!UC||キャスター
|陳宮||真殿光昭||ワダアルコ
|Lostbelt No.3 人智統合真国 シン||（特）：呂布
|-
! colspan="7" | Fate/Apocrypha
|-
!SR||セイバー
|ジークフリート||諏訪部順一||近衛乙嗣
|rowspan="2"|第一特異点 邪竜百年戦争 オルレアン||
|-
!SR||アーチャー
|アタランテ||早見沙織||輪くすさが||
|-
!UC||キャスター
|ウィリアム・シェイクスピア||稲田徹||rowspan="2"|近衛乙嗣
|第四特異点 死界魔霧都市 ロンドン||
|-
!C||バーサーカー
|スパルタクス||鶴岡聡
|第二特異点 永続狂気帝国 セプテム||
|-
!SSR||ルーラー
|ジャンヌ・ダルク||坂本真綾||武内崇
|第一特異点 邪竜百年戦争 オルレアン||
|-
!SSR||アサシン
|ジャック・ザ・リッパー||丹下桜||rowspan="2"|近衛乙嗣
|ほぼ週間サンタオルタさん||
|-
!SSR||セイバー
|モードレッド||沢城みゆき
| rowspan="2" | 第四特異点 死界魔霧都市 ロンドン||
|-
!SR||バーサーカー
|フランケンシュタイン||野中藍||岡崎武士||
|-
!SSR||ランサー
|カルナ||遊佐浩二||pako
|アルジュナ体験クエスト||
|-
!SSR||ルーラー
|天草四郎||内山昂輝||rowspan="8"|近衛乙嗣
|rowspan="2" |天草四郎体験クエスト||
|-
!SR||ライダー
|アストルフォ||大久保瑠美||
|-
!SSR||アサシン
|セミラミス||真堂圭
|バレンタイン2018 〜繁栄のチョコレートガーデンズ・オブ・バレンタイン〜||
|-
!SR||バーサーカー
|アタランテ〔オルタ〕||早見沙織
|rowspan="2"|Lostbelt No.1 永久凍土帝国 アナスタシア||
|-
!R||キャスター
|アヴィケブロン||宮本充||
|-
!SSR||ライダー
|アキレウス||古川慎||駆け抜ける、始まりの蹂躙制覇||
|-
!SR||アーチャー
|ケイローン||武内駿輔
|rowspan="2"|Apocrypha/Inheritance of Glory||
|-
!SR||キャスター
|ジーク|||花江夏樹||（配）
|-
! colspan="7" | Fate/Apocrypha（初期企画版）
|-
!UC||ランサー
|武蔵坊弁慶||稲田徹||真じろう
|ぐだぐだ本能寺||
|-
!UC||ライダー
|ゲオルギウス||西前忠久||中央東口
|第一特異点 邪竜百年戦争 オルレアン||
|-
!SSR||バーサーカー
|坂田金時||遊佐浩二||本庄雷太
|第四特異点 死界魔霧都市 ロンドン||
|-
!R||アーチャー
|ダビデ||中村悠一||ギンカ
|第三特異点 封鎖終局四海 オケアノス||
|-
! colspan="7" | Fate/Prototype
|-
!R||ランサー
|クー・フーリン〔プロトタイプ〕||中井和哉||rowspan="2"|中原
|ネロ祭再び 〜2016 Autumn〜||
|-
!SSR||セイバー
|アーサー・ペンドラゴン〔プロトタイプ〕||櫻井孝宏
|アーサー・ペンドラゴン〔プロトタイプ〕体験クエスト||
|-
! colspan="7" | Fate/Prototype 蒼銀のフラグメンツ
|-
!C||アーチャー
|アーラシュ||鶴岡聡||BLACK
|ぐだぐだ本能寺||
|-
!R||キャスター
|ヴァン・ホーエンハイム・パラケルスス||三木眞一郎||中原
|第四特異点 死界魔霧都市 ロンドン||
|-
!SSR||ランサー
|ブリュンヒルデ||能登麻美子||三輪士郎
|ブリュンヒルデ体験クエスト||
|-
!SSR||ライダー
|オジマンディアス||子安武人||rowspan="2"|中原
|rowspan="2"|第六特異点 神聖円卓領域 キャメロット||
|-
!R||アサシン
|静謐のハサン||千本木彩花||
|-
!SSR||セイバー
|シグルド||津田健次郎||三輪士郎
|Lostbelt No.2 無間氷焔世紀 ゲッテルデメルング||
|-
! colspan="7" | Fate/strange Fake
|-
!SSR||ランサー
|エルキドゥ||小林ゆう||森井しづき
|第七特異点 絶対魔獣戦線 バビロニア||
|-
! colspan="7" | Fate/kaleid liner プリズマ☆イリヤ
|-
!SSR||キャスター
|イリヤスフィール・フォン・アインツベルン||門脇舞以（イリヤ）高野直子（ルビー）||rowspan="3"|ひろやまひろし
|rowspan="3"|魔法少女紀行 〜プリズマ・コーズ〜||
|-
!SR||アーチャー
|クロエ・フォン・アインツベルン||斎藤千和||（配）
|-
!SR||キャスター
|美遊・エーデルフェルト /朔月美遊||名塚佳織（美遊）かかずゆみ（サファイア）||
|-
! colspan="7" | ロード・エルメロイII世の事件簿
|-
!SR||アサシン
|グレイ||上田麗奈（グレイ）小野大輔（アッド）||坂本みねぢ
|レディ・ライネスの事件簿||（配）
|-
! colspan="7" | もっとマンガで分かる！ Fate/Grand Order
|-
!C||バーサーカー
|ポール・バニヤン||小見川千明||リヨ
|オール・ザ・ステイツメン！ 〜マンガで分かる合衆国開拓史〜||（配）
|-
! colspan="7" | コハエース
|-
!SSR||セイバー
|沖田総司||悠木碧||武内崇
|rowspan="2"|ぐだぐだ本能寺||
|-
!SR||アーチャー
|織田信長||釘宮理恵||pako||（配）
|-
!SSR||アルターエゴ
|沖田総司〔オルタ〕||悠木碧||武内崇
| rowspan="3" | ぐだぐだ帝都聖杯奇譚 -極東魔神戦線1945-||
|-
!SR||ライダー
|坂本龍馬||加瀬康之（龍馬）堀江由衣（お竜）||pako||（配）
|-
!R||アサシン
|岡田以蔵||吉野裕行||lack||
|-
!R||バーサーカー
|森長可||谷山紀章||Dd
| ぐだぐだファイナル本能寺2019 オール信長総進撃||
|-
! colspan="7" | ぐだぐだエース
|-
!SR||ランサー
|長尾景虎||水樹奈々||武内崇
|ぐだぐだファイナル本能寺2019 オール信長総進撃||（配）
|-
! colspan="7" | 路地裏さつき ヒロイン十二宮編
|-
!SSR||アサシン
|謎のヒロインX||川澄綾子||BUNBUN
|SABER WARS 〜リリィのコスモ武者修行〜||
|-
! colspan="7" | 空の境界
|-
!SSR||セイバー
|rowspan"2"|両儀式|| rowspan"2" |坂本真綾||rowspan="3"|武内崇
|rowspan="2"|空の境界/the Garden of Order||
|-
!SR||アサシン
||（配）
|-
!SR||アーチャー
|浅上藤乃||能登麻美子
|バレンタイン2019 ボイス＆レター･これくしょん！～紫式部と7つの呪本～||
|-
|}

オリジナルサーヴァント
{| class="wikitable"
!!!真名!!声優!!イラスト!!初登場シナリオ!!備考
|-
! colspan="6" | セイバー
|-
!R
|ガイウス・ユリウス・カエサル||置鮎龍太郎||しまどりる
|rowspan="2"|第二特異点 永続狂気帝国 セプテム||
|-
!SSR
|アルテラ||能登麻美子||huke
|
|-
!R
|ジル・ド・レェ||鶴岡聡||真じろう
|rowspan="2"|第一特異点 邪竜百年戦争 オルレアン||（別）
|-
!SR
|シュヴァリエ・デオン||斎藤千和||森山大輔
|
|-
!R
|フェルグス・マック・ロイ||黒田崇矢||Bすけ
|スカサハ体験クエスト||
|-
!SR
|ラーマ
|沢城みゆき||輪くすさが
|第五特異点 北米神話大戦 イ・プルーリバス・ウナム||
|-
!SR
|ランスロット||置鮎龍太郎||しまどりる
|第六特異点 神聖円卓領域 キャメロット||（別）
|-
!SR
|エリザベート・バートリー〔ブレイブ〕||大久保瑠美||ワダアルコ
|ハロウィン・カムバック！ 超極☆大かぼちゃ村 〜そして冒険へ……〜||（異）（配）
|-
!SSR
|宮本武蔵||佐倉綾音||こやまひろかず
|宮本武蔵体験クエスト||
|-
!SR
|フランケンシュタイン||野中藍||岡崎武士
|デッドヒート・サマーレース！ 〜夢と希望のイシュタルカップ2017〜||（異）
|-
!SR
|柳生但馬守宗矩||山路和弘||古海鐘一
|宮本武蔵体験クエスト||
|-
!SR
|女王メイヴ||佐倉綾音||高山箕犀
|サーヴァント・サマー・フェスティバル！||（異）
|-
!SR
|ディルムッド・オディナ||緑川光||Azusa
|双剣、来たる||（別）
|-
!SR
|蘭陵王||森なな子||hou
|Lostbelt No.3 人知統合真国 シン||
|-
!SSR
|舌斬り雀の紅閻魔||久野美咲||原田たけひと
|雀のお宿の活動日誌 ～閻魔亭繁盛記～||
|-
!SR
|ラクシュミー・バーイー||佐藤利奈||武内崇
|Lostbelt No.4 創世滅亡輪迴 ユガ・クシェートラ||
|-
!C
|イアソン||保志総一朗||BLACK
|第三特異点 封鎖終局四海 オケアノス||（特）：メディア〔リリィ〕、アタランテ、ヘラクレス
|-
!SR
|葛飾北斎||ゆかな||黒星紅白
|見参！ ラスベガス御前試合～水着剣豪七色勝負！||（異）（配）
|-
! colspan="6" | アーチャー
|-
!SSR
|オリオン
|神奈延年（オリオン）沢城みゆき（アルテミス）||I-IV
|月の女神はお団子の夢を見るか？||本体は小熊姿のオリオンであり、アルテミスは宝具という扱い。
|-
!SSR
|ニコラ・テスラ||稲田徹||なまにくATK
|第四特異点 死界魔霧都市 ロンドン||
|-
!SSR
|アルジュナ||島﨑信長||pako
|アルジュナ体験クエスト||
|-
!R
|ビリー・ザ・キッド||高乃麗||縞うどん
|第五特異点 北米神話大戦 イ・プルーリバス・ウナム||
|-
!SR
|トリスタン||内山昂輝||森井しづき
|rowspan="2"|第六特異点 神聖円卓領域 キャメロット||
|-
!R
|俵藤太||鈴村健一||下越
|
|-
!SSR
|アルトリア・ペンドラゴン||川澄綾子||武内崇
|rowspan="2"|夏だ！海だ！開拓だ！FGO 2016 Summer||（異）
|-
!SR
|アン・ボニー & メアリー・リード||野中藍（メアリー）川澄綾子（アン）||I-IV
|（異）
|-
!SSR
|イシュタル||植田佳奈||森井しづき
|第七特異点 絶対魔獣戦線 メソポタミア||（疑）
|-
!SSR
|新宿のアーチャー /ジェームズ・モリアーティ||土師孝也||本庄雷太
|rowspan="2"|亜種特異点I 悪性隔絶魔境 新宿||
|-
!SR
|エミヤ〔オルタ〕||諏訪部順一||佐々木少年
|（別）
|-
!SR
|エレナ・ブラヴァツキー||rowspan="2" |金元寿子||松竜
|デッドヒート・サマーレース！ 〜夢と希望のイシュタルカップ2017〜||（異）
|-
!SR
|アーチャー・インフェルノ /巴御前||しらび
|亜種並行世界 屍山血河舞台 下総国||
|-
!SR
|アルテラ・ザ・サン〔タ〕||能登麻美子||huke
|冥界のメリークリスマス||（異）（配）
|-
!SSR
|ナポレオン||日野聡||Ryota-H
|Lostbelt No.2 無間氷焔世紀 ゲッテルデメルング||
|-
!SSR
|ジャンヌ・ダルク||坂本真綾||武内崇
|サーヴァント・サマー・フェスティバル！||（異）
|-
!R
|ウィリアム・テル||藤井隼||高橋慶太郎
|rowspan="2"|Lostbelt No.4 創世滅亡輪迴 ユガ・クシェートラ||
|-
!SR
|アシュヴァッターマン||鈴木達央||pako
|-
!UC
|パリス||寺崎裕香||輪くすさが
|||
|-
!SR
|刑部姫||福圓美里||森山大輔
|見参！ ラスベガス御前試合～水着剣豪七色勝負！||（異）
|-
! colspan="6" | ランサー
|-
!UC
|レオニダス一世
|三木眞一郎||縞うどん
|rowspan="2"|第二特異点 永続狂気帝国 セプテム||
|-
!R
|ロムルス||置鮎龍太郎||こやまひろかず
|
|-
!R
|ヘクトール||安井邦彦||BLACK
|第三特異点 封鎖終局四海 オケアノス||
|-
!SSR
|スカサハ||能登麻美子||こやまひろかず
|スカサハ体験クエスト||
|-
!SR
|アルトリア・ペンドラゴン〔オルタ〕||川澄綾子||石田あきら
|第四特異点 死界魔霧都市 ロンドン||（別）
|-
!SR
|フィン・マックール||三木眞一郎||森山大輔
|ブリュンヒルデ体験クエスト||
|-
!SR
|神槍 李書文||安井邦彦||ワダアルコ
|第五特異点 北米神話大戦 イ・プルーリバス・ウナム||（別）
|-
!SSR
|アルトリア・ペンドラゴン||川澄綾子||石田あきら
|第六特異点 神聖円卓領域 キャメロット||（別）
|-
!SSR
|玉藻の前||斎藤千和||ワダアルコ
|rowspan="2"|夏だ！海だ！開拓だ！FGO 2016 Summer||（異）
|-
!SR
|清姫||種田梨沙||BLACK
|（異）
|-
!SR
|ジャンヌ・ダルク・オルタ・サンタ・リリィ||坂本真綾||武内崇
|二代目はオルタちゃん 〜2016クリスマス〜||（異）
|-
!SR
|メドゥーサ||浅川悠||BLACK
|rowspan="2"|第七特異点 絶対魔獣戦線 メソポタミア||（別）
|-
!R
|ジャガーマン||伊藤美紀||蒼月タカオ||（疑）
|-
!SR
|源頼光||戸松遥||本庄雷太
|デッドヒート・サマーレース！ 〜夢と希望のイシュタルカップ2017〜
|（異）
|-
!SR
|パールヴァティー||下屋則子||蒼月タカオ
|パールヴァティー体験クエスト||（疑）
|-
!R
|宝蔵院胤舜||浪川大輔||松竜
|亜種並行世界 屍山血河舞台 下総国||
|-
!SR
|哪吒||小倉唯||蒼月タカオ
|星の三蔵ちゃん、天竺に行く||
|-
!SSR
|エレシュキガル||植田佳奈||森井しづき
|第七特異点 絶対魔獣戦線 メソポタミア||（疑）（特）：ニトクリス（アサシン）第一再臨、"山の翁"
|-
!SR
|ワルキューレ||田中美海（オルトリンデ）小松未可子（ヒルド）雨宮天（スルーズ）||武内崇
|Lostbelt No.2 無間氷焔世紀 ゲッテルデメルング||
|-
!SR
|茨木童子||東山奈央||左
|サーヴァント・サマー・フェスティバル！||（異）
|-
!SR
|秦良玉||下屋則子||しまどりる
|Lostbelt No.3 人知統合真国 シン||
|-
!SSR
|ブラダマンテ||森永千才||saitom
|クリスマス2018 ホーリー・サンバ・ナイト～雪降る遺跡と少女騎士～||（特）：マーリン
|-
!UC
|ガレス||桑原由気||ネコタワワ
|サーヴァント・サマー・フェスティバル！||
|-
!SR
|謎のアルターエゴ・Λ||早見沙織||ワダアルコ
|見参！ ラスベガス御前試合～水着剣豪七色勝負！||（異）メルトリリスの水着
|-
! colspan="6" | ライダー
|-
!UC
|エドワード・ティーチ||西前忠久||Bすけ
|第三特異点 封鎖終局四海 オケアノス||
|-
!R
|ブーディカ||斎藤千和||蒼月タカオ
|第二特異点 永続狂気帝国 セプテム||
|-
!R
|牛若丸||早見沙織||坂本みねぢ
|ぐだぐだ本能寺||
|-
!R
|アレキサンダー||坂本真綾||BUNBUN
|第二特異点 永続狂気帝国 セプテム||
|-
!SR
|マリー・アントワネット||種田梨沙||ギンカ
|rowspan="2" |第一特異点 邪竜百年戦争 オルレアン||
|-
!SR
|マルタ||早見沙織||坂本みねぢ
|
|-
!SR
|アン・ボニー & メアリー・リード||野中藍（メアリー）川澄綾子（アン）||I-IV
|第三特異点 封鎖終局四海 オケアノス||
|-
!SR
|アルトリア・ペンドラゴン〔サンタオルタ〕||川澄綾子||武内崇
|ほぼ週間サンタオルタさん||（異）（配）
|-
!SSR
|女王メイヴ||佐倉綾音||高山箕犀
||第五特異点 北米神話大戦 イ・プルーリバス・ウナム||
|-
!SR
|坂田金時||遊佐浩二||本庄雷太
||天魔御伽草子 鬼ヶ島||（別）
|-
!SR
|モードレッド||沢城みゆき||近衛乙嗣
||夏だ！海だ！開拓だ！ FGO 2016 Summer||（異）
|-
!SSR
|ケツァル・コアトル||遠藤綾||広江礼威
|第七特異点 絶対魔獣戦線 バビロニア||
|-
!R
|レジスタンスのライダー /クリストファー・コロンブス||大塚芳忠||元村人
|亜種特異点II 伝承地底世界 アガルタ||
|-
!SSR
|アルトリア・ペンドラゴン〔オルタ〕||川澄綾子||武内崇
|rowspan="2"|デッドヒート・サマーレース！ 〜夢と希望のイシュタルカップ2017〜||（異）
|-
!SR
|イシュタル||植田佳奈||森井しづき
|（異）（疑）（配）
|-
!SSR
|イヴァン雷帝||黒田崇矢||danciao
|Lostbelt No.1 永久凍土帝国 アナスタシア||
|-
!R
|赤兎馬||緑川光||緑川美帆
|Lostbelt No.3 人知統合真国 シン||
|-
!SSR
|司馬懿〔ライネス〕||水瀬いのり||坂本みねぢ
|レディ・ライネスの事件簿||（疑）
|-
!C
|バーソロミュー・ロバーツ||小林千晃||また
|惑う鳴鳳荘の考察||
|-
!SR
|カーミラ||田中敦子||okojo
|見参！ ラスベガス御前試合～水着剣豪七色勝負！||（異）
|-
! colspan="6" | キャスター
|-
!R
|メフィストフェレス||子安武人||下越
|第四特異点 死界魔霧都市 ロンドン||
|-
!C
|ヴォルフガング・アマデウス・モーツァルト||関智一||PFALZ
|第一特異点 邪竜百年戦争 オルレアン||
|-
!SSR
|諸葛孔明〔エルメロイII世〕||浪川大輔||武内崇
|第二特異点 永続狂気帝国 セプテム||（疑）
|-
!R
|クー・フーリン||神奈延年||また
|特異点F 炎上汚染都市 冬木||（別）
|-
!SR
|エリザベート・バートリー〔ハロウィン〕||大久保瑠美||ワダアルコ
|歌うカボチャ城の冒険||（異）（配）
|-
!SR
|メディア〔リリィ〕||野中藍||こやまひろかず
|第三特異点 封鎖終局四海 オケアノス||（別）
|-
!R
|チャールズ・バベッジ||稲田徹||I-IV
|第四特異点 死界魔霧都市 ロンドン||
|-
!SR
|エレナ・ブラヴァツキー||金元寿子||松竜
|rowspan="3" |第五特異点 北米神話大戦 イ・プルーリバス・ウナム||
|-
!SR
|トーマス・エジソン||寺島拓篤||pako
|
|-
!R
|ジェロニモ||江川央生||坂本みねぢ
|
|-
!SSR
|玄奘三蔵||小松未可子||岡崎武士
|星の三蔵ちゃん、天竺に行く||
|-
!SR
|ニトクリス||田中美海||縞うどん
|第六特異点 神聖円卓領域 キャメロット||
|-
!SR
|マリー・アントワネット||種田梨沙||rowspan="2"|ギンカ
|夏だ！海だ！開拓だ！ FGO 2016 Summer||（異）
|-
!SR
|ギルガメッシュ||関智一
|第七特異点 絶対魔獣戦線 メソポタミア||（別）
|-
!SSR
|不夜城のキャスター /シェヘラザード||井上喜久子||なまにくATK
|亜種特異点II 伝承地底世界 アガルタ||
|-
!SSR
|ネロ・クラウディウス||丹下桜||ワダアルコ
|デッドヒート・サマーレース！ 〜夢と希望のイシュタルカップ2017〜||（異）
|-
!SR
|オケアノスのキャスター /キルケー||茜屋日海夏||左
|rowspan="2"|亜種特異点IV 禁忌降臨庭園 セイレム||
|-
!SR
|ミドラーシュのキャスター /シバの女王||佐藤聡美||加藤いつわ
|
|-
!SSR
|アナスタシア||原由実||sime
|序／2017年 12月31日||
|-
!SSR
|スカサハ＝スカディ||能登麻美子||こやまひろかず
|Lostbelt No.2 無間氷焔世紀 ゲッテルデメルング||
|-
!SR
|酒呑童子||悠木碧||rowspan="2"|本庄雷太
|神秘の国のONILAND!! -鬼の王とカムイの黄金-||（異）（配）
|-
!SSR
|紫式部||茅野愛衣
|バレンタイン2019 ボイス＆レター・これくしょん！～紫式部と7つの呪本～||
|-
!R
|アスクレピオス||鈴木崚汰||悌太
|Lostbelt No.4 創世滅亡輪迴 ユガ・クシェートラ||
|-
! colspan="6" | アサシン
|-
!R
|荊軻||田中敦子||高橋慶太郎
|第二特異点 永続狂気帝国 セプテム||
|-
!UC
|シャルル＝アンリ・サンソン||宮野真守||しまどりる
|rowspan="2"|第一特異点 邪竜百年戦争 オルレアン||
|-
!UC
|ファントム・オブ・ジ・オペラ||置鮎龍太郎||縞うどん
|
|-
!C
|マタ・ハリ||種田梨沙||こやまひろかず
|歌うカボチャ城の冒険||
|-
!SR
|カーミラ||田中敦子||okojo
|第一特異点 邪竜百年戦争 オルレアン||
|-
!R
|ヘンリー・ジキル&ハイド||宮野真守||中原
|第四特異点 死界魔霧都市 ロンドン||（別）
|-
!SR
|エミヤ〔アサシン〕||小山力也||AKIRA
|Fate/Accel Zero Order||（特）：アイリスフィール
|-
!SSR
|酒呑童子||悠木碧||本庄雷太
|鬼哭酔夢魔京 羅生門||
|-
!R
|風魔小太郎||花江夏樹||佐々木少年
|天魔御伽草子 鬼ヶ島||
|-
!SR
|スカサハ||能登麻美子||こやまひろかず
|夏だ！海だ！開拓だ！ FGO 2016 Summer||（異）（配）
|-
!SSR
|クレオパトラ||釘宮理恵||小松崎類
|ハロウィン・カムバック！ 超極☆大かぼちゃ村 〜そして冒険へ……〜||
|-
!SSR
|“山の翁”||中田譲治||Ryota-H
|第六特異点 神聖円卓領域 キャメロット||
|-
!SR
|新宿のアサシン /燕青||岡本信彦||縞うどん
|亜種特異点I 悪性隔絶魔境 新宿||
|-
!SR
|不夜城のアサシン /武則天||井澤詩織||原田たけひと
|亜種特異点II 伝承地底世界 アガルタ||
|-
!SR
|ニトクリス||田中美海||縞うどん
|デッドヒート・サマーレース！ 〜夢と希望のイシュタルカップ2017〜||（異）
|-
!SR
|アサシン・パライソ /望月千代女||佐倉綾音||ひろやまひろし
|rowspan="2" | 亜種並行世界 屍山血河舞台 下総国||
|-
!SR
|加藤段蔵||明坂聡美||曽我誠
|
|-
!SSR
|刑部姫||福圓美里||森山大輔
|ハロウィン・ストライク！ 魔のビルドクライマー／姫路城大決戦||
|-
!SR
|牛若丸||早見沙織||坂本みねぢ
|サーヴァント・サマー・フェスティバル！||（異）
|-
!SR
|虞美人||伊瀬茉莉也||toi8
|rowspan="2"|Lostbelt No.3 人知統合真国 シン||
|-
!SSR
|李書文||安井邦彦||ワダアルコ||（別）
|-
!SSR
|カーマ||下屋則子||ReDrop
|徳川廻天迷宮 大奥||（疑）
|-
!C
|シャルロット・コルデー||堀江由衣||蒼月タカオ
|rowspan="2" |見参！ ラスベガス御前試合～水着剣豪七色勝負！||
|-
!SR
|オキタ・J・ソウジ||悠木碧||武内崇
||（異）
|-
! colspan="6" | バーサーカー
|-
!SSR
|ヴラド三世||置鮎龍太郎||前田浩孝
|第一特異点 邪竜百年戦争 オルレアン||（別）
|-
!C
|アステリオス||鳥海浩輔||しまどりる
|第三特異点 封鎖終局四海 オケアノス||
|-
!UC
|カリギュラ||鶴岡聡||BLACK
|rowspan="2" | 第二特異点 永続狂気帝国 セプテム||
|-
!R
|ダレイオス三世||安井邦彦||PFALZ
|
|-
!R
|清姫||種田梨沙||BLACK
|第一特異点 邪竜百年戦争 オルレアン||
|-
!UC
|エイリーク・ブラッドアクス||安井邦彦||蒼月タカオ
|第三特異点 封鎖終局四海 オケアノス||
|-
!SR
|タマモキャット||斎藤千和||ワダアルコ
|第二特異点 永続狂気帝国 セプテム||
|-
!SR
|ベオウルフ||中井和哉||下越
|第五特異点 北米神話大戦 イ・プルーリバス・ウナム||
|-
!SSR
|ナイチンゲール||沢城みゆき||高橋慶太郎
|監獄塔に復讐鬼は哭く||
|-
!SSR
|クー・フーリン〔オルタ〕||神奈延年||しまどりる
|第五特異点 北米神話大戦 イ・プルーリバス・ウナム||（別）
|-
!SSR
|源頼光||戸松遥||本庄雷太
|天魔御伽草子 鬼ヶ島||
|-
!SR
|茨木童子||東山奈央||左
|鬼哭酔夢魔京 羅生門||
|-
!SSR
|謎のヒロインX〔オルタ〕||川澄綾子||BUNBUN
|復刻：チョコレート･レディの空騒ぎ -Valentine 2016- 拡大版||
|-
!SSR
|土方歳三||星野貴紀||余湖裕輝
|rowspan="2"|ぐだぐだ明治維新||
|-
!SR
|茶々||阿澄佳奈||pako||（配）
|-
!SR
|エルドラドのバーサーカー /ペンテシレイア||嶋村侑||真じろう
|亜種特異点II 伝承地底世界 アガルタ||
|-
!SR
|織田信長||釘宮理恵||pako
|デッドヒート・サマーレース！ 〜夢と希望のイシュタルカップ2017〜||（異/水着）
|-
!SR
|ジャンヌ・ダルク〔オルタ〕||坂本真綾||武内崇
|サーヴァント・サマー・フェスティバル！||（異）（配）
|-
!SSR
|項羽||山寺宏一||danciao
|Lostbelt No.3 人知統合真国 シン||
|-
!SSR
|アルジュナ〔オルタ〕||島﨑信長||pako
|Lostbelt No.4 創世滅亡輪迴 ユガ・クシェートラ||（別）
|-
!C
|サロメ||ブリドカットセーラ恵美||下越
|||
|-
!SSR
|宮本武蔵||佐倉綾音||こやまひろかず
|見参！ ラスベガス御前試合～水着剣豪七色勝負！||（異）
|-
! colspan="6" | ルーラー
|-
!SR
|マルタ||早見沙織||坂本みねぢ
|夏だ！海だ！開拓だ！ FGO 2016 Summer||（異）
|-
!SSR
|始皇帝||福山潤||東冬
|Lostbelt No.3 人知統合真国 シン||
|-
!SR
|ケツァル・コアトル〔サンバ/サンタ〕||遠藤綾||広江礼威
|クリスマス2018 ホーリー・サンバ・ナイト～雪降る遺跡と少女騎士～||（異）（配）（特）：ジャガ村アナ
|-
!SR
|アストライア||伊藤静||東冬
|レディ・ライネスの事件簿||（疑）
|-
!SSR
|アルトリア・ペンドラゴン||川澄綾子||石田あきら
|見参！ ラスベガス御前試合～水着剣豪七色勝負！||（異）SSRランサーアルトリアの水着版
|-
! colspan="6" | アヴェンジャー
|-
!SSR
|巌窟王 エドモン・ダンテス||島﨑信長||小松崎類
||空の境界/the Garden of Order||
|-
!SSR
|ジャンヌ・ダルク〔オルタ〕||坂本真綾||武内崇
|第一特異点 邪竜百年戦争 オルレアン||（別）
|-
!SR
|ゴルゴーン||浅川悠||下越
|第七特異点 絶対魔獣戦線 メソポタミア||
|-
!SR
|新宿のアヴェンジャー /ヘシアン・ロボ||竹内良太||下越
|亜種特異点I 悪性隔絶魔境 新宿||
|-
!R
|アントニオ・サリエリ||関俊彦||PFALZ
|Lostbelt No.1 永久凍土帝国 アナスタシア||
|-
!SSR
|織田信長 /織田吉法師 /魔王信長||釘宮理恵||pako
|ぐだぐだファイナル本能寺2019 オール信長総進撃||（別）
|-
! colspan="6" | アルターエゴ
|-
!SR
|メカエリチャン||rowspan"2"|大久保瑠美||rowspan"2"|ワダアルコ
|rowspan="2"|ハロウィン・ストライク！ 魔のビルドクライマー／姫路城大決戦||（配）
|-
!SR
|メカエリチャンII号機
|
|-
!SSR
|シトナイ||門脇舞以||BLACK
|Lostbelt No.2 無限氷焔世紀 ゲッテルデメルング||（疑）
|-
! colspan="6" | ムーンキャンサー
|-
!SSR
|BB||下屋則子||rowspan="2"|ワダアルコ
|サーヴァント・サマー・フェスティバル！||（異）
|-
!SSR
|大いなる石像神 /ジナコ＝カリギリ||悠木碧
|Lostbelt No.4 創世滅亡輪迴 ユガ・クシェートラ||（疑）ストーリー中やバトル上の名称は「ガネーシャ」。
|-
! colspan="6" | フォーリナー
|-
!SSR
|アビゲイル・ウィリアムズ||大和田仁美||rowspan="2"|黒星紅白
|亜種特異点IV 禁忌降臨庭園 セイレム||
|-
!SSR
|葛飾北斎||ゆかな
|葛飾北斎体験クエスト||北斎は黒蛸であり、人姿は葛飾応為。
|-
!SR
|謎のヒロインXX||川澄綾子||BUNBUN
|サーヴァント・サマー・フェスティバル！||（異）
|-
|}

作中用語
カルデア関連
人理継続保障機関フィニス・カルデア
魔術師の貴族「アニムスフィア家」が管理する機関。表面上は標高6,000メートルの雪山の斜面に建設されているように見えるが、施設本体はその地下に広がっている。
100年後に時代設定したカルデアス表面の「文明の光」を観測することにより、未来における人類社会の存続を保障することを任務とする。2016年の人類滅亡が証明されてからは、本来は存在しないはずの過去の特異点事象に介入してこれを破壊し、未来を修正するための作戦を始動した。なお、各種の研究実験は国連の承認の下で実施されている。2015年7月のサービス開始時は「2016年7月以降」と月日まで言及されていたが、前述する諸々のトラブルや第二部の制作決定に伴い月日の表記が削除されている。
「序 / 2017年12月31日」にて、南極大陸に位置していたことが判明。衛星などによる外界からの干渉を防ぐために結界魔術などを施してカモフラージュし、外界から完全に隔離していた。だが同日にロシア異聞帯からの襲撃により施設全体が占拠・凍結され、事実上全滅した。
ノウム・カルデア
ロシアと北欧異聞帯の空想樹を伐採し辿り着いた彷徨海で築いた拠点。内装は壊滅前のカルデアのものを極力まで再現しているが、サーヴァントにそれぞれ部屋を与えるまでのスペースはない。紫式部が召喚されたことで倉庫エリアの未使用スペースは地下図書館となった。
事象記録電脳魔・ラプラス
1950年に完成したカルデアの発明の一つ。過去の記録を集計する使い魔で、レイシフトの転移に於いて、マスターを保護する役割を持つ。
疑似地球環境モデル・カルデアス
1990年に完成したカルデアの発明の一つ。惑星には魂があるとの定義に基き、その魂を複写することにより作り出された小型の擬似天体。小さな地球のコピーである。星の状態を過去や未来に設定する事が出来、現実の地球の様々な時代を正確に再現可能。
近未来観測レンズ・シバ
1999年に完成したカルデアの発明の一つ。製作者はレフ教授。カルデアスを観測するための専用望遠鏡。カルデアスを取り囲むように配置された、いわば地球観測衛星のようなものである。カルデア内の監視システムとしても機能している。
亜種特異点IVにて魔神ラウムが語ったところによると、他の魔神柱を監視する機能も備えられていたようで、同メインストーリーに登場するサーヴァントの「シバの女王」は、これによって召喚されている。
守護英霊召喚システム・フェイト
2004年に完成したカルデアの発明の一つ。製作者はオルガマリーの父親であるマリスビリー。通常は聖杯戦争の際に聖杯の力によって召喚されるサーヴァントを、平時において任意に召喚することを可能にしたシステム。プレイヤーが参加し、マシュが「シールダー」となってからは彼女の宝具である大盾を用いて召喚儀式を行う。
ゲーム開始時点で、カルデアはフェイトを用いて「キャスター：ソロモン」「キャスター：ダ・ヴィンチ」「シールダー：ギャラハッド」、計3騎のサーヴァントの召喚に成功しているが、ギャラハッドとソロモンについてはゲーム開始時にはふせられており、ストーリーの進行によって第1部終盤にて明かされる。
通常の聖杯戦争と比較して極めて特殊な召喚システムであるとされ、本来、英霊の生前の記憶とは違い、召喚時のサーヴァントの経験は各々の英霊の座には記録されるものの、別の召喚時には記憶として備えてはいないとされる設定の中で、既存作品における別の聖杯戦争や特異点における記憶を持つサーヴァントが存在するほか、シャーロック・ホームズなどのように霊基のクラスチェンジを伴って召喚されるサーヴァントもいる。ただし、記憶に関しては、ギルガメッシュなど高ランクの千里眼などの個々人の能力によって記憶や情報に通じている場合もあり、また風魔小太郎が「第1.5部亜種特異点III」にて、元が同じ英霊だとしても一度英霊の座に還ってしまえば、別の機会に召喚された場合は、例えある特定の召喚・現界時の記憶を持っていても、サーヴァントとしては別の存在・別者になると説明している。
人理修復後、ダ・ヴィンチとホームズは不測の事態に備えるため、登録された霊基データをトランク型のデータバンクに移植していた。この作業は「序 / 2017年12月31日」にてようやく完了し主人公に託している。
霊子演算装置・トリスメギストス
2015年に完成したカルデアの発明の一つ。アトラス院からの技術供与によって実現された、未来観測やレイシフトを管制するコンピューター。ラプラスと併せてカルデアスの事象分析やレイシフトの実行に用いられる。
霊子転移（レイシフト）
カルデアの発明の一つ。霊子化した魔術師を過去へタイムトラベルさせるシステム。通常は中央管理室にある各人専用の霊子筐体（クラインコフィン）というポッドに入って行うが、主人公とマシュの最初のレイシフトは霊子筐体の外にいたにも関わらず、トリスメギストスにより強制的に被験者と設定されて実行されてしまっている。
未来へのレイシフトは不可能とされているが、「深海電脳楽土SR.RA.PH」にてBBより「未来へのレイシフトは難易度が高いだけで、カルデアでは2017年以降のレイシフトはできない」と語られた。カルデアができないのは2017年内に濾過異聞史現象によって人理は漂白されることが確定しているため。
デミ・サーヴァント
カルデアの研究のひとつ。人間である魔術師とサーヴァントを憑依融合させた存在。これまで長く研究実験がされてきたものの失敗続きであったが、重なり合った偶然からマシュが最初にして最後の成功例となった。
諸葛孔明の疑似サーヴァントであるエルメロイII世が幕間の物語「英霊憑依」にて、デミ・サーヴァントの研究に言及した際「そんなふざけた組織なら即座に解体を提案していた」と嫌悪感を示しており、マシュ自身も非人道的な実験だったと明言している。
海上油田基地セラフィックス
カルデアの資金源の一つであり、アニムスフィア家が所有し北海に存在する海上油田基地。2017年1月に魔神ゼパルが辿り着いたことで電脳空間へと変異し、ゼパルを乗っ取った殺生院キアラの手によりマリアナ海溝に転移した西暦2032年の亜種特異点『深海電脳楽土 SE.RA.PH』となる。
ここにも主人公が特異点解決とスタッフ救出のために送り込まれるが、5月初頭にセラフィックスの全スタッフが死亡し、ビーストIII/Rの出現によって施設は完全に破壊・消滅という結果になった。事後、BBの手によってこの5ヶ月がまるごと「なかったことにされた」際には、同年1月に解体され、ゼパルとキアラは死亡したことになっている。
虚数潜航艇シャドウ・ボーダー
第2部「Cosmos in the Lostbelt」の移動手段となる大型特殊車両。ホームズがカルデアに加入した2017年半ばから水面下で開発されていた。虚数空間に潜航するためのゼロセイルを可能とする船。
アトラス院が提供した「虚数観測機・ペーパームーン」を搭載しており、これによってゼロセイルを実行可能だが、成功率は3割以下で浮上先もランダムという不安定な機能になっている。

アトラス院関連
ロゴスリアクト・ジェネリック
アトラス院の錬金術師が制作した思考実験装置の廉価版で「ぐだぐだファイナル本能寺2019」の舞台となったシミュレーター内の戦国時代を作り出した。入手経路はプレイヤーのストーリー進行がノウム・カルデア以前と以後で異なり、前者はマリスビリーが貰い後者はシオンが養父ズェピアからの誕生日プレゼントとして贈られたことになっている。

サーヴァント関連
英霊（えいれい）
Fateシリーズの全並行世界の過去・現在・未来の英雄たちの霊であり、実在・架空を問わず、人類史や神話・伝承において偉大な功績をあげ、死後もなお人々の信仰の対象とされる英雄の霊格が、人間霊よりも高位である精霊・神霊・聖霊 の域にまで昇華され、世界の外側、根源の渦の内部にある「英霊の座」と呼ばれるデータベースに登録されることで、時間、因果、そして輪廻の枠からも外れて不変の現象となった存在。
本来であれば、人間の滅亡を防ぐための人類の集合無意識である「アラヤ（霊長の抑止力）」が、人類とその文明・歴史を護る際に召喚し使役するものだが、このシステムを参考に、魔術師が聖杯戦争において聖杯の力で限定的に特定の枠に押し込めてコピーすることで召喚し、魔術師が従わせることのできる最高級の使い魔とした者たちが「サーヴァント」である。『ロード・エルメロイII世の事件簿』や『Fate/strange Fake』では魔術師が、『turas réalta』ではアマデウスが「境界記録帯（ゴーストライナー）」と呼んでいる。
アラヤが「人類悪」と戦わせる有事において直接使役する最高レベルのサーヴァントには「冠位（グランドクラス）」を与えられて「グランドサーヴァント」と呼ばれ、「ソロモン」、「マーリン」、「"山の翁"」が該当する。"山の翁"は第一部第七特異点にて個人の判断でカルデアに協力するために冠位の資格を放棄し、かつティアマトに死の概念を付与するために冠位の霊基を代償とした。マーリンは「冠位の資格こそ有する」ものの、死ぬことがない状態にあるために実際は英霊ですらなく、始皇帝は冠位に匹敵すると評されている。
マスターとサーヴァントのシステムについては、それぞれ別の世界の出来事を描いており、同じ世界・時間軸が舞台ではないとされるFateシリーズの各作品において若干の違いが見られることもあるが、詳細は「Fate/stay night#用語解説のサーヴァント」の項参照。
幻霊（げんれい）
伝承や生前の功績はあれど、霊基が英霊になり得るための数値を満たせなかった存在の総称。
シリーズでは幻霊となった存在が英霊として昇格されることは基本的にないと設定されているが、英霊に幻霊を掛合わせたモリアーティと燕青、3体の幻霊を掛け合わせたヘシアン・ロボ、うどん生地に聖杯の泥を混ぜたものに幻霊を憑依させたポール・バニヤンといったサーヴァントが登場している。他にも亜種特異点Iの終盤で召喚された数多の推理小説の探偵のほかに、織田信勝やラヴィニア・ウェイトリーがこれに当たる。
オルタ
オルタナイティブ（Alternative）の略語。Fateシリーズでは何らかの理由で、「善・中立」であった属性から「悪」属性に転じるか、「悪」属性の別個体として召喚されたサーヴァントを指している。作中では「反転」とされている。
シリーズ初出は『Fate/stay night』・「Heavens feel」ルートにおいて「聖杯の泥」に汚染されて変質したセイバー「アルトリア・ペンドラゴン〔オルタ〕」である。本作中でも聖杯の泥に汚染されたりなどで不完全な召喚となったり、何らかの理由で退去しきれず残留して呪いのような存在となった「シャドウ・サーヴァント」がエネミーの一種として登場するが、これらは元のサーヴァントの一部スキルを有するものの、原則として宝具は使えない劣化再生の敵である。
本作においては召喚者が聖杯に歪んだ願望をかけて呼び出した「ジャンヌ・ダルク〔オルタ〕」や「クー・フーリン〔オルタ〕」、元型サーヴァントとは別の世界軸で別の人生を歩んだ末に失墜した存在である「エミヤ〔オルタ〕」、自らの宝具によって変化した姿を抽出されての召喚となる「アタランテ〔オルタ〕」、親族の生かしてほしいという願いの対価として抑止力としての力を行使する「沖田総司〔オルタ〕」など、様々な要因によって変転したサーヴァントが新たに登場している。
例外として「謎のヒロインX〔オルタ〕」は幕間の物語で解放されるマテリアルにより「謎のヒロインX」から抽出したX因子から生み出された人工サーヴァントであり、別個の存在である。
疑似サーヴァント
本作において、Fateシリーズの既存オリジナルキャラクターを介して人間の器を依代にして召喚されるサーヴァント。高次の存在である神霊や、該当する召喚方式ではサーヴァントとしての霊基が作りづらい英霊にこの方法を使用されている。ストーリー中では特異点でカルデア以外の存在や抑止力によって召喚されている場合もある。
英霊とは異なる点としては霊体化ができないこと、人体そのものを依り代にしているわけではないものの人体への依存性があり食事や睡眠が必要になることなどが挙げられる。基本的に人格は憑依する英霊側に寄るが、人間側の人格が主導権を持つ者もいる。ロマニは「幕間の物語 英霊憑依」にて、エルメロイII世の解説にのる形で「オバケに憑依された人間」と砕けた説明をしている。
ロード・エルメロイII世が、英霊本人と対話した結果、能力のみを継承することになった「諸葛孔明」、以下、『Fate/stay night』から藤村大河を介した「ジャガーマン」、遠坂凛を介した「イシュタル」と「エレシュキガル」、間桐桜の陰陽が分離された状態に、それぞれが混ざり合った「パールヴァティー」と「カーマ」、衛宮士郎を介した「千子村正」、言峰綺礼の遺体を媒体とした「ラスプーチン」、イリヤスフィールに北方の3人の女神が同居する「シトナイ」、ルヴィアゼリッタ・エーデルフェルトを介した「アストライア」、『ロード・エルメロイII世の事件簿』からライネス・エルメロイ・アーチゾルテと共存する形を取った「司馬懿」、『Fate/EXTRA CCC』からジナコ＝カリギリを介した「大いなる石像神（ガネーシャ）」が該当する。また、『空の境界』のメインキャラクターである「両儀式」は、異能者ではあるものの人間であって英霊ではないが、作中でサーヴァント化した自身を疑似サーヴァントと称している。
エクストラクラス
聖杯戦争においてスタンダードなサーヴァントのクラスとされる「セイバー（剣士）」「ランサー（槍兵）」「アーチャー（弓兵）」「ライダー（騎兵）」「キャスター（魔術師）」「アサシン（暗殺者）」「バーサーカー（狂戦士）」の7つ以外のクラスの総称。本作に登場するクラスとしては『Fate/Apocrypha』初出の「ルーラー（裁定者）」、シリーズ初期から存在する「アヴェンジャー（復讐者）」、『Fate/EXTRA CCC』の「ムーンキャンサー」「アルターエゴ」、そして本作初出の「シールダー（盾兵）」「フォーリナー（降臨者）」となる。シリーズの他作品では、同じ英霊が別のクラスで召喚されている場合もあるが、エクストラクラス絡みのクラス変更は極めて稀で前例がない。
ゲーム上における攻撃ダメージの増減の相関関係については、エクストラクラス間以外の通常クラスに対しても影響する相性図が設定されていることがあり、例えばルーラーはバーサーカー以外の通常クラスからの攻撃、フォーリナーはバーサーカーからの被ダメージを大きく低減できる。
フォーリナー
以前より原案が存在したシールダーと違い、本作で初めてその存在が明かされた「降臨者」のエクストラクラス。2018年9月の時点では、クトゥルフ神話における外宇宙の神性などといった、FateシリーズやTYPE-MOON作品世界観の外部の存在との関連を何かしらの形で持った英霊が当てはまっている。アビゲイルはヨグ＝ソトース、葛飾北斎はクトゥルフの権能の一部を有し、またフォーリナークラスではないがイベントストーリーでフォーリナーと接触したと語る水着BBは、実際にもナイアーラトテップの権能である時間操作能力を保有している。水着BBを含めフォーリナーは全員「領域外の生命」スキルを所持する。
例外として謎のヒロインXXは「サーヴァントユニヴァースの住人」として設定され、コメディ色の強いイベントストーリーにおいてフォーリナーを取り締まるフォーリナーとして登場する。また、オキタ・J・ソウジはヒロインXXの不注意によってアサシンクラスの沖田総司の霊基にサーヴァントユニヴァース製のジェットパックを取り付けため、「領域外の生命」スキルを所持することになるが、クラスはアサシンのままである。
サーヴァントユニヴァース
英霊が原典という枷から解放され、好き勝手にやることを許されたアメリカン・コミックを下敷きとしたスターシステム的別世界。収拾が付かなくなると世界観のリセットが行われ、新シリーズという体裁で仕切り直しが入る。
本作における謎のヒロインX、謎のヒロインX〔オルタ〕の出身地であり、謎のヒロインXXはXX本人の話によると3シーズン後の姿である。

歴史関連
人理
TYPE-MOON世界観における並行世界のシステムに関わる用語。シリーズでは『Fate/EXTELLA』でも一部が説明されている。
歴史上にいくつか存在する重要な事象を「人理定礎」「量子記録固定帯（クォンタム・タイムロック）」として定義し、そこを共通して基点としている数多の世界を「編纂事象」として展開し、それらから著しくかけ離れてしまった世界を「剪定事象」として排除することで、記録過多を抑えつつ歴史が刻まれていく、という理論が作中の魔術協会においても提唱されていた。
ゲーティアは7つの人理定礎に自らの作り出した聖杯を送り込み「特異点」とすることで干渉し、人理定礎を崩壊に至らしめた上でこれまでの人類史全体を焼却して得た超膨大なエネルギーにより、約46億年前への時間跳躍を行い自らの目的を果たそうとしていた。
異聞帯
第2部におけるストーリーの舞台。「剪定事象」となるはずだった特異点がそのまま西暦2018年相当の現代に至ってしまった領域。異星の神襲来による人理漂白とともに地球上に出現し全域を塗り替えんとするが、地球上での覇権を握るため7つの異聞帯がさながら聖杯戦争の如く鎬を削っている状態にある。
異聞帯には共通して『空想樹』と呼ばれる異星の巨大な物体がその領域を展開・維持する中核として存在しており、元の世界への帰還を目指す主人公は、すべての空想樹を破壊する必要に迫られることとなる。それぞれの異聞帯によって空想樹には個別の名称があり、いずれかの銀河と同じ名前となっている。
空想樹を失った異聞帯は直ちに剪定が行われ、以後一定時間後に作中の世界観上の認識から切り離されて消滅することになる。これはその世界での人々の生活などがどのようなものであったにせよ、その何もかもがすべて虚無へと葬り去られることを意味すると作中の各人物からは認識されている。
1.5部「英霊剣豪七番勝負」の舞台である並行世界の下総国も小規模ながら異聞帯であるとLostbelt No.4にて明かされた。
大令呪（シリウスライト）
第2部にて異星の王からクリプターの7人に与えられた特殊な令呪。クリプターの命を代償としているが、異聞帯そのものを作り替えるほどの力を秘めているともされている。

スタッフ
* 原作 - TYPE-MOON
* 全体構成・シナリオ総監修・コラボイベントシナリオ監修 - 奈須きのこ
* シナリオ執筆
** 奈須きのこ - 第1部（序章、第6章、第7章、終章、イベントシナリオ）、第2部（各Lostbelt冒頭・末尾）、ぐだぐだ明治維新、深海電脳楽土 SE.RA.PH、冥界のメリークリスマス、サーヴァント・サマー・フェスティバル！、古き蜘蛛は回顧と共に糸を紡ぐ(エピローグ)、見参!ラスベガス御前試合〜水着剣豪七色勝負!（水天宮インヴィディア・セルペンスパート）
** 東出祐一郎 - 第1部（第1章、第3章、第5章、終章、イベントシナリオ）、サーヴァント・サマー・フェスティバル！
** 桜井光 - 第1部（第2章、第4章、終章、イベントシナリオ）、サーヴァント・サマー・フェスティバル！
** 水瀬葉月 - サーヴァント・サマー・フェスティバル！
** 星空めてお（TYPE-MOON）
** 虚淵玄（ニトロプラス） - Fate/Accel Zero Order、第2部（No.3）
* ゲストライター
** 経験値 - ぐだぐだ本能寺、ぐだぐだ明治維新、ぐだぐだ帝都聖杯奇譚、ぐだぐだファイナル本能寺2019
** 小太刀右京 - オール・ザ・ステイツメン
** 橘公司
** 成田良悟 - エルキドゥ幕間
** ひろやまひろし
** 円居挽 - 2018年以降の一部の幕間の物語、虚月館殺人事件
** 三田誠 - レディ・ライネスの事件簿
** リヨ - マンガで分かるFGO記念クエスト
* サーヴァント設定
** 奈須きのこ
** 東出祐一郎
** 桜井光
** 星空めてお（TYPE-MOON）
** 経験値
** 虚淵玄（ニトロプラス）
** 鋼屋ジン（ニトロプラス）
** 賀東招二
** 茗荷屋甚六
** 三輪清宗
** ひろやまひろし
** 水瀬葉月
** リヨ

* リードキャラクターデザイナー - 武内崇
* アートディレクション - TYPE-MOON
* 背景美術 - 千住工房
* 第2部開発ディレクター - カノウヨシキ
* サブディレクター - アザナシ（TYPE-MOON）
* 音楽
** 芳賀敬太 / KATE（TYPE-MOON）
** James Harris
** 深澤秀行（第6章）
* 英霊剣豪七番勝負、水着剣豪七色勝負、秦良玉・李書文・紫式部宝具 演出協力 - 蒼喬
* 英霊剣豪七番勝負 掛声 - 内田直哉
* 水着剣豪七色勝負 掛声 - 櫻井孝宏、佐倉綾音、ゆかな
* 土佐弁監修、カルデア職員声 - 森田了介
* LBNo.3コンセプトデザイン - okama
* プロデューサー - 岩上敦宏、竹内友崇、庄司顕仁（-2016年秋ごろ）
* FGO PROJECT クリエイティブプロデューサー - 塩川洋介
* 開発・運営 - DELiGHTWORKS（第2制作部『Fate/Grand Order Studio』）
* 監修・開発協力 - TYPE-MOON
* 運営 - アニプレックス
* 製作 - TYPE-MOON / FGO PROJECT（アニプレックス、TYPE-MOON、DELiGHTWORKS）

キャラクターデザイン
{{Col|
* 武内崇
* I-IV
* アインクロス
* 蒼月タカオ
* AKIRA
* Azusa
* 東冬
* 石田あきら
* 岡崎武士
* okojo
* ギンカ
* 近衛乙嗣
* 小松崎類
|
* こやまひろかず
* 坂本みねぢ
* 佐々木少年
* サテー
* 縞うどん
* しまどりる
* 下越
* しらび
* 真じろう
* 曽我誠
* タイキ
* 高橋慶太郎
* 高山箕犀
|
* たけのこ星人
* タスクオーナ
* danciao
* 中央東口
* 天空すふぃあ
* 中原
* なまにくATK（ニトロプラス）
* ネコタワワ
* pako
* 原田たけひと
* Bすけ
* 左
|
* 広江礼威
* ひろやまひろし
* PFALZ
* huke
* BLACK
* 古海鐘一
* BUNBUN
* 本庄雷太
* 前田浩孝
* また
* 松竜
* 三輪士郎
|
* 元村人
* 森井しづき
* 森山大輔
* 山中虎鉄
* 余湖裕輝
* リヨ
* Ryota-H
* 輪くすさが
* ワダアルコ
* 加藤いつわ
* 黒星紅白
* sime
}}

概念礼装イラスト
{{Col|
* 青乃純尾
* Anmi
* 池澤真
* 犬江しんすけ
* 今泉昭彦
* 今富
* 兔ろうと
* カズアキ
* カズキヨネ
* カスカベアキラ
* 川井マコト
* 絹田コウジ
* 九二枝
* 経験値
* こうましろ
|
* 後藤圭祐
* 小宮国春
* サクマミツロ
* 咲良ゆき
* サテー
* さらちよみ
* シガタケ
* 字消
* 茨乃
* 清水栄一×下口智裕
* しらび
* 白峰
* 城爪草
* 鈴木次郎
* 曽我誠
|
* TAa
* 宝井理人
* 滝山真哲
* 竹
* チェロキー
* ちょこ庵
* 月本葵
* 津留崎優
* 悌太
* toi8
* 遠坂あさぎ
* T-RAy
* 直良有祐
* 生煮え
* Nidy-2D-
|
* NOCO
* はいむらきよたか
* 華々つぼみ
* ひざか
* 日向悠二
* 古海鐘一
* 星野リリィ
* まこと
* 松本規之
* マシマサキ（志麻しのじ）
* マドカンスズキ
* Mika Pikazo
* 村山竜大
* 雌鳥
* めろん22
|
* MoRoMi
* ヤグチミナト
* 山田J太
* 雪広うたこ
* lack
* ReDrop
* ufotable
* DELiGHTWORKS
}}
概念礼装イラスト（Arcade連動）
{{Col|
* 風間雷太
* ヤスダスズヒト
* 獅子猿
* KEI
}}

デザイン協力
{{Col|
* 秋田犬
* 一橋真
* 一斗まる
* えいひ
* 絵西
* 吟の筆
|
* 屑星ひかる
* 嶋田清香
* sime
* 慎悟
* たわわ実
* はよせな
|
* Pickles
* 藤森
* Veia
* ぽん吉
* マクー
* ゆきさめ
}}

アニメーション制作
* オープニング制作
**第1部
*** 監督・絵コンテ・演出 - 中村亮介
*** キャラクターデザイン/作画監督 - 細居美恵子
*** 美術監督 - 金子英俊
*** 色彩設計 - 土居真紀子
*** 撮影監督 - 五十嵐慎一
*** CG監督 - 野間裕介
*** 編集 - 肥田文
*** アニメーションプロデューサー - 林健一
*** アニメーション制作 - A-1 Pictures
**第2部
*** 監督・絵コンテ・演出・作画 - 中井準
*** 色彩設計 - 篠原真理子
*** 美術監督 - 渡辺幸浩(アトリエPlatz)
*** CG監督 - 町田政彌(スティミュラスイメージ)
*** 撮影監督 - 加藤友宜
*** 編集 - 右山章太
*** アニメーション制作 - TROYCA
* CM制作
**第1部
*** 絵コンテ・演出 - 山下祐（第3章）、坂詰嵩仁（第5章、第7章、水着イベント）、榎戸駿（第6章）
*** 作画監督 - 山下祐（第3章）、坂詰嵩仁（第5章、第7章）、榎戸駿（第6章、水着イベント）
**第1.5部
***絵コンテ・演出 - 平野宏樹（I、II、III、IV）、吉田南（水着イベント）
***作画監督 - 蛯名秀和（I、II、水着イベント）
**第2部
***絵コンテ・演出 - 榎戸駿（No.1、ぐだぐだ帝都聖杯奇譚、サーヴァン ト・サマー・フェステ ィバル！） 、坂詰嵩仁（No.2、No.3）、山田有慶（1400万ダウンロード記念）
***作画監督 - 榎戸駿（No.1、ぐだぐだ帝都聖杯奇譚）、坂詰嵩仁（No.2、No.3）、山田有慶（サーヴァン ト・サマー・フェステ ィバル！、1400万ダウンロード記念）

主題歌
{| class"wikitable" style"font-size:small;"
|+オープニングテーマ
! !! 曲名 !! 歌!! 作詞 !! 作曲 !! 編曲 !! ストリングスアレンジ
|-
! 第1部
| 色彩
| colspan"2" rowspan"2" | 坂本真綾 || colspan="2" | la la larks || 江口亮、石塚徹
|-
! 第2部
| 逆光
| 伊澤一葉 || 伊澤一葉、江口亮 || 伊澤一葉、江口亮、石塚徹
|-
|}
{| class"wikitable" style"font-size:small;"
|+エンディングテーマ
! !! 曲名 !! 歌!! 作詞 !! 作曲 !! 編曲
|-
! 第1部
| Eternity Blue
| 愛弓 || colspan="2" | sachi || 永井正道
|-
|}
{| class"wikitable" style"font-size:small;"
|+シナリオテーマソング
! !! 曲名 !! 歌!! 作詞 !! 作曲 !! 編曲
|-
! 亜種特異点I
| Lose Your Way
| ROUND TABLE feat. Dan || 宮川弾 || 北川勝利 || acane_madder、北川勝利
|-
! 亜種特異点II
| Indelible illusion
| Yuriko Kaida || Yamachang || colspan="2" | 高慶 CO-K 卓史
|-
! 亜種特異点III
| 一刀繚乱
| 六花 || 毛蟹 || colspan="2" | 西岡和哉
|-
! 亜種特異点IV
| 清廉なるHeretics
| 毛蟹 feat. DracoVirgo || colspan="3" | 毛蟹
|-
! Lostbelt No.3
| Thest
| KOCHO || Yamachang || 西田圭稀 || 高橋浩一郎（entrap）
|-
|}
{| class"wikitable" style"font-size:small;"
|+イベントイメージソング
! !! 曲名 !! 歌!! 作詞 !! 作曲 !! 編曲 !! 備考
|-
! デッドヒート・サマーレース！
| BURN OUT!
| 乃藍 || rowspan"2" | 毛蟹 || colspan"2" | 家原正樹 || -
|-
! ぐだぐだ帝都聖杯奇譚
| 二者穿一
| 六花 || colspan="2" | 西岡和哉 || -
|-
! 1400万DL記念CM
| この惑星で、ただ一つだけ
| SAYA || 毛蟹（LIVE LAB.） || colspan="2" | 永井正道 || ストリングス編曲 - 菊谷知樹
|-
! 徳川廻天迷宮 大奥
| 深淵のデカダンス
| 岡田梨央 || Yamachang || colspan="2" | 佐高陵平 || -
|}

漫画
本編コミカライズ
展開メディアでは主人公の性別は男性として設定されていることが多いが、コミカライズ版では「英霊剣豪七番勝負」と「異端なるセイレム」において女性として設定されている。

作画：白峰
『月刊コミックZERO-SUM』（一迅社）にて、2017年9月号より連載。序章、第一、第二、第四、第六、終局特異点を担当。マシュの視点から進められる。
2018年より不定期連載。
Fate/Grand Order -turas réalta-
作画：カワグチタケシ
『別冊少年マガジン』（講談社）にて2017年9月号より連載。序章、第一、第三、第五、第七、終局特異点を担当。藤丸立香の視点から進められる。
登場するサーヴァントの顔ぶれや容姿の変化などアレンジが加えられている。
Fate/Grand Order -Epic of Remnant- 亜種特異点I 悪性隔絶魔境 新宿 新宿幻霊事件
作画：佐々木少年
『月刊少年エース』（KADOKAWA）にて2019年3月号より連載。亜種特異点Iを担当。
Fate/Grand Order -Epic of Remnant- 亜種特異点II 伝承地底世界 アガルタ アガルタの女
作画：武中英雄
『ヤングエース』（KADOKAWA）にて2019年3月号より連載。亜種特異点IIを担当。
Fate/Grand Order -Epic of Remnant- 亜種特異点III 屍山血河舞台 下総国 英霊剣豪七番勝負
作画：渡れい
『マガジンポケット』（講談社）にて2019年1月29日より連載。亜種特異点IIIを担当。
Fate/Grand Order -Epic of Remnant- 亜種特異点IV 禁忌降臨庭園 セイレム 異端なるセイレム
作画：大森葵
『月刊ComicREX』（一迅社）にて2019年3月号より連載。亜種特異点IVを担当。
Fate/Grand Order -Epic of Remnant- 深海電脳楽土 SE.RA.PH
作画：西出ケンゴロー
『ヤングエースUP』（KADOKAWA）にて2019年2月20日より連載。コラボイベント「亜種特異点 深海電脳楽土 SE.RA.PH」を担当。

サポート漫画
Fate/ぐだぐだオーダー
作画：経験値
2015年1月22日よりゲーム公式サイトで連載が開始された。作画はTYPE-MOONスピンアウト漫画『コハエース』を連載している経験値。作風も『コハエース』を踏襲したものとなっている。2015年7月30日掲載分（第28回）で連載終了した。
以後はイベント「ぐだぐだ～」の告知に合わせる形で新作が掲載されている。
マンガで分かる！ Fate/Grand Orderシリーズ
作画：リヨ
本作のゲームシステムをゆるく学べる解説する漫画であり、本作のパロディギャグ作品。原作である本作の風刺描写と同性愛（百合、BL）の要素が取り込まれている。
第1期『マンガで分かる！ Fate/Grand Order』
iOS版配信後に2015年8月13日よりゲーム公式サイトで連載が開始される。同時掲載として、ゲームライターマフィア梶田によるゲーム解説コラム『マフィア梶田の“バーサーカーでも分かる！”FGO講座』が連載された。2015年11月19日掲載分（第15回）で連載終了した。
第2期『もっとマンガで分かる！ Fate/Grand Order』
2015年12月17日から2017年7月27日までゲーム公式サイトで連載していた。毎週木曜日17時に更新。前作、『マンガで分かる！ Fate/Grand Order』の続編である。
前作と同様に本作のゲームシステムを解説する漫画という名目ではあるものの、ゲームの内容そっちのけで運営に対する容赦ない批判を繰り返していた。ネームでガチャについて突っ込んだ批判をするとボツにされると零している。なぜかアルテラの「ガチャは悪い文明」は容認されており、LINEスタンプ化もされている。
劇中で女性主人公(リヨぐだ子)が再三要求していた宝具スキップの実装はディライトワークスの塩川洋介より「実装しようと思えばできるが効率を追求するようなゲームじゃないことと、追加しないのは意図があってやらないだけ」と一蹴され、その後も色々愚痴を入れていたが2018年末に掲載された奈須きのこのインタビューの中でスキップを実装する意思はないと断言された。
第44話からリヨぐだ子がコハエースの影響を受け、うどん生地と聖杯の泥を触媒にして生み出した本作オリジナルのサーヴァントも登場する。クラスは2017年のエイプリルフールに配信されたアプリ『Fate/Grand Order Gutentag Omen』にて正式に判明。
バーサーカーは配信2周年記念として専用のイベントを用意され実装された。
第3期『ますますマンガで分かる！ Fate/Grand Order』
2017年8月3日よりゲーム公式サイトで連載が開始。毎週木曜日17時に更新。『もっとマンガで分かる！ Fate/Grand Order』の続編であり、第2期のその後が描かれる。
バーサーカーはイベント『オール・ザ・ステイツメン』で真名が明かされたため本作より真名で呼ばれている。
2017年12月28日の更新分は「序 / 2017年12月26日」の進行の関係で公式ホームページが一時閉鎖されたため、解除された12月31日の18時に更新された。
解説漫画としての体裁すら放棄していたため、2018年12月4日より初心者を対象としたコンテンツとして「動画で分かる！Fate/Grand Order」が開始された。
教えてFGO! 偉人と神話のぐらんどおーだー
作画：津留崎優
2016年8月16日からツイ4にて連載が開始された。FGOに登場する英雄たち本人が、自らの伝説・逸話について主人公たちに解説をする内容となっている。
9月30日更新の4時間目を持って、取材・制作準備のため一旦休載。同年10月20日から連載を再開。なお、連載再開後の5時間目から、森瀬繚がヒストリカル・チェックとして参加している。

ケンガンアシュラ
企業・商人たちが巨額の利益を賭け、雇った闘技者によって素手による格闘仕合を行い、勝った方が全てを得るという「拳願仕合」。商人たちの争いを収める手段として江戸中期に発祥したと言われるそれは、現代にまで継承されている。

そして今、己の最強を証明せんとする謎の闘技者・十鬼蛇王馬が拳願仕合の舞台に足を踏み入れようとしていた。その内に野望を秘めたる乃木グループ会長・乃木英樹と王馬が出会った時、拳願仕合に大きな渦が巻き起こる。

第1部（1 - 14巻）
乃木出版の平社員である山下一夫は、ある日突然乃木から呼び出され拳願会と拳願仕合の存在を聞かされた上、王馬の世話役に任命される。
:突如として巻き込まれた非日常に右往左往する内、次期拳願会々長を決定する「拳願絶命トーナメント」が開催される運びとなり、「山下商事」の社長として拳願会員になってしまった一夫も乃木グループ正闘技者の座を下ろされた王馬と共に、トーナメントに参加することとなった。
第2部（15 - 26巻）
拳願絶命トーナメント1回戦から2日後、2回戦が始まった。トーナメントで激しく戦う闘技者たちの裏では拳願会の覇権を狙う東洋電力や、王馬に執着する桐生刹那もまた暗躍を始め、次の会長候補者を巡って企業間での対立や同盟も進んでいく。

ケンガンオメガ
拳願絶命トーナメントの終了から2年が過ぎた。拳願仕合の存在を知った青年・成島光我は、ノーガードの殺し合いを生き抜く本物の強さを求めて山下商事を訪れる。また、時を同じくして前拳願会々長・片原滅堂の前に王馬と生き写しの青年・臥王龍鬼が現れ、闘技者になる手段として山下商事を紹介された。

一方、新会長となった乃木は拳願会の求心力低下を危惧し、最近裏格闘技界の最大勢力となった「煉獄」との吸収合併を試み、相手側の出資者である豊田出光とどちらが団体を吸収するかを賭けて半年後に代表選手各13名による対抗戦を行うことが決定し、一夫たちは候補者の選定に奔走する。その裏では「蟲」と呼ばれる謎の集団が暗躍し、拳願会・煉獄の両陣営へ魔の手を伸ばそうとしていた。