Z1 - 12「プロローグ」
高校生の大木大樹は、以前より想いを馳せていた小川杠に自分の気持ちを告白しようとしていた。その宣言を聞いた幼馴染の石神千空から心の籠っていない激励を受け、大樹は杠を学校のクスノキの木の前に呼び出して告白に臨む。ところがその刹那、突如空が眩く発光し、地球上の全人類が一斉に石化するという怪現象に襲われてしまう。

五感を失い身動きが取れない大樹は、「杠への想い」だけを糧に長い年月を耐え続けた末に石化から復活するが、目前には樹木が生い茂り、風化した景色が広がっていた。大樹は一足先に石化が解けて目覚めていた千空と再会を果たし、彼からこの世界が自分達の時代からおよそ3700年経過しているという現状、そして人類が消えて滅んだ世界で自力で文明を再建させるという決意を聞かされる。

自分達の石化が解けた原因が「石の腐食」であると考え、約半年に渡る実験を経て石化を解く「ナイタール」を完成させる。早速、完成品を杠に使用しようとしていた矢先、野生のライオンの群れと遭遇してしまった二人は、逃走する途中“霊長類最強の高校生”と詠われていた格闘家である獅子王司を復活させて助けてもらい、危機を脱する。しかし、司は自身の思想に合わない人間を容赦なく排除する危険人物だった。司の本性を知った二人は杠を復活させ、司を倒すために一時的な逃走を図る。

司に対抗できる力を得るため、一同は千空の提案で、火薬の原料である硫黄確保に箱根へと向かうが、その動向を推察した司もまた箱根へと追跡に向かう。箱根についた三人は遠くに上がる狼煙を見て、自分達以外にも生きている人間の存在を知るが、司に杠を人質に取られ、やむなく復活液のレシピを司に教える。「科学文明の破棄」を目論む司は千空に科学文明を発展させないと約束を求めるが、純然たる科学の徒である千空は、最期まで彼の脅迫を頑なに断り続け、遂に頸椎を折られて殺害されてしまう。

大樹は友の死を嘆き、その遺体を抱えて杠と共に司から離れるが、千空の人格を知る大樹はそれゆえに「杠を庇って千空が死んだ」事実に疑問を抱く。

実は千空の首筋には石化が残っており、千空は石化解除時には治癒の効果もあるという仮説を立てていて、それによる蘇生に賭けたのだ。その意図に気付いた大樹と杠は残された復活液をもって千空の蘇生を試みる。

Z13 - 45「第一部 STONE WORLD THE BEGINNING」
復活に至るまでの間千空の意識は、自らが最初に石化から復活し、原始に戻ったこの世界に復活してからのことを夢に見ていた。千空は地道な努力で石器・道具・炎・食料・服・住居を順番に手に入れていく。そして石化した大樹を見つけた千空は彼を復活させるために、自然発生していた硝酸を用いてトライアンドエラーを繰り返していた。夢の中で千空は大樹に復活するよう呼びかける。その叫びが現実における大樹の呼びかけとシンクロし、ついに千空は蘇生復活した。千空は、自身の生存を司が知らないことを利用して大樹達に、司についていって監視するよう促し、自身は単独行動で司に対抗できる「科学王国」の建設を目論む。

大樹、杠としばしの別れを告げた千空は、狼煙を上げていた謎の少女コハクと出会い、彼女に案内されて集落の存在を知らされる。しかし、集落の住民のほとんどは警戒心が強く、余所者である千空を村に入れようとはしなかった。千空はコハクと、村の外れで妖術（科学）の研究をしている変わり者のクロム、無垢な子供のスイカ、村の番人である金狼・銀狼兄弟という協力者の力を借り、村人達に取り入って「科学王国」の人材（マンパワー）に手に入れよう画策する。そこで猫じゃらしでラーメンを作って村人へ配り、その対価として労働力を提供してもらおうとした。ところが、その現場にて村の近辺に潜み紛れ込んでいた司サイドのメンタリストあさぎりゲンと遭遇する。しかし千空達がコハクの姉ルリを助けるためのサルファ剤を作る過程において発電を成功させる姿を見て、ゲンは千空側に寝返るか司側に留まるかで思いを揺らがせる。

だが、状況に迷い様子見を行っていたゲンは、村の覇権を得ることを願うマグマ一派に襲われて大怪我を負う。間一髪のところを千空達に救われたゲンは「ささやかな願い」を口にし、千空は科学の力でそれを必ず叶えることを約束する。その約束を信じたゲンは、司の元に戻り「千空は死んだ」と報告し、その生存を隠した。一方で千空は村の凄腕職人カセキといった協力者を増やし、村の長を決める御前試合の前日には、ついに残る材料が「酒」のみとなった。仲間の誰かが長とならなければルリへの薬の投与が実現しないため、御前試合に出る予定ではあったが、優勝すると薬の原料となる酒が手に入ることも知り、どんな手段をもってしても仲間を優勝させることを決意する。その一方でマグマ一派も村長の座を得ようと画策していた。千空達は自らの知恵と技術を駆使してマグマ一派との激突を制す。結果として千空が優勝、新しい村長となった。

そして、サルファ剤を完成させてルリの命を救うことに成功し、無事に病気から快癒した彼女から千空が聞かされたのは、自らの育ての父であり、宇宙飛行士であった石神百夜が宇宙にいたことによって石化を逃れて、この村を創り上げる始祖となるまでの物語『百物語 其之百 石神千空』であった。物語に託されたメッセージにより、「科学復興・人類救出という願いが、正しく百夜の遺志である」と知らされた千空は改めて父の遺志を継ぐことを決意。村人たちもまた千空を支えることこそが村の始祖の遺志であることを知り、石神村は新たなる結束の時を迎えた。

Z46 - 82「第二部 STONE WARS」
石神村が新たなる結束を迎えたのも束の間、ついに獅子王司が武力による村の制圧に乗り出す。そのことをゲンから知らされた千空は石神村の人々と共に、司軍の対策に乗り出す。

司の腹心・氷月を筆頭に襲撃してきた刺客を千空達は、日本刀により撃退する。双方とも冬ごもりに入り、春の決戦に備えて千空は情報戦の重要性を説き、携帯電話（トランシーバー）を作り始める。千空達はその過程で真空管の作成を始めるが、真空管の超高熱に耐えられるフィラメントを作れずに行き詰まる。代用策を千空が考えている途中で年を越し、皆と初日の出を見ることになるが、クロムが集めた石の中よりスイカが見つけた灰重石─タングステンが、朝日が昇る一瞬の紫外線に反応する。千空、クロム、マグマの三人組は電球とバッテリーを携え、タングステン採取のためにクロムが灰重石を拾った川の上流にある洞窟の中を探索、その途中でマグマが正式な仲間となり、洞窟の奥の鉱脈でタングステンを初めとした様々な種類の貴重な金属を採取することに成功する。その後、石神村で千空に対し、ゲン発案でサプライズ誕生日プレゼントとして天文台が送られる。

携帯電話が完成した日、千空はルリが発した伝承の一言から、百夜が遺していたガラスのレコードを発見する。レコードに封じられていたリリアンの歌声を聴いたゲンは、自身の声帯模写とレコードの歌を使って司帝国の人々に「アメリカは既に復興している」という偽の希望を持たせ、司帝国を瓦解させる作戦を立案する。千空も作戦を了承し、ゲン、クロム、マグマが大樹、杠の元へ携帯電話を運ぶことになり、千空達は村を見張っていた氷月の部下・ほむらへの陽動を仕掛ける。陽動と、電話のベルを使ったモールス信号による連携でほむらの捕縛に成功し、クロム達は大樹達が作った「千空の墓」に携帯を埋めることに成功する。

しかし、穴を掘るときの硬い岩盤を割った音を聞きつけた羽京に察知され、ゲンのみを逃がす。無事、大樹達と連絡を取った千空とゲンにより、大樹達の監視をしていたニッキーを仲間に加えることに成功するが、一方でクロムは捕縛されてしまい、千空達は救出のため司帝国の近くに砦を作ることを決め、物資の運搬用に蒸気自動車を作る。クロムの捕らえられている牢屋に突撃するため自動車を戦車に強化するが、司も千空が蒸気機関を作ることを想定し罠を張っていた。罠に気付いたクロムは見張りの陽の隙を突き、有り合わせの物を用いて作り出した次亜塩素酸ナトリウムを使って牢を破り脱走。千空達に合流した。さらに死者を出さないことを条件に、千空達の策略に気付いた羽京と手を結ぶことに成功する。

準備が整った千空達は奇跡の洞窟（硝酸の洞窟）を僅か20秒で制圧するが、そこに司と氷月が現れ、最後の戦いの幕が開いた。圧倒的な強さを誇る二人に対し、コハク達が時間を稼いでいる間に千空は硫酸、硝酸、石鹸からニトログリセリンを調合、ダイナマイトを作り出して司と対等に交渉することに成功する。司が文明崩壊前、“霊長類最強”のファイターとして格闘大会で戦うなどして賞金を稼いでいた理由は、臨床的脳死となった妹・未来の生命維持費を稼ぐためだったと推測した千空は、石化現象の修復作用なら未来を助けられる可能性を提示し、司も停戦に同意する。発見した未来の石像に復活液をかけ、無事に未来の目を覚ますことに成功するも、司を殺す機会を窺っていた氷月が本性を現す。司は槍で左胸を貫かれ、陽が脱走させたほむらにより奇跡の洞窟も崩壊してしまう。千空と司は氷月の野望を阻止するためにタッグを組み、即席のスタンガンで氷月を破る。

戦争は終結し、千空は石化現象を逆用して重傷を負った司を助けるため、本格的に石化現象の解明に取り組むことを決意する。

Z83 - 137「第三部 Dr.STONE」
千空は、司をコールドスリープさせて延命させるための冷蔵庫を制作し、一時的に司の命を止めた。また、百夜の遺した情報から石化光線の出所が南米大陸だと掴んでいた千空は海を渡るため、船の建造を宣言。村民と旧司帝国民の間で軋轢が起こることを危惧したゲンの提案により外洋航海船の設計コンペを開催し、千空の帆船が全会一致で採択される。船の建造がはじまると共に、千空は司が復活者選定の情報源としていた南に船長の心当たりを聞き、彼女の案内で七海龍水を復活させる。船を一瞥した龍水に材木の質に問題があることを指摘されるが千空はそれを予期しており、帆と動力ハイブリッドの機帆船とすることになるが、そのための燃料として石油を探すこととなった上、船長報酬として石油の所有権は全て龍水のものとなり、千空達は龍水から石油を購入する必要に迫られる。

千空達は現在の静岡県に位置する相良油田の捜索を開始するが、約3700年の間に発生した富士山の噴火に伴う天変地異が原因とみられる地形の激変が発覚。新しい日本地図を制作する必要に迫られ、地図作りのために気球を制作することになる。杠達の尽力により気球は完成、同時に余った麻布で作った洋服を売り出し、順調に軍資金も確保する。気球からの地図製作と平行し、龍水の提案で長期航海用の保存食探索も始まり、ヤギや小麦を発見。農耕を開始し、同時にパンを試作するもの、千空達の技術ではまともなパンを焼けなかったため、龍水の執事兼シェフであるフランソワを復活させ、無事パンの問題は解決。復活液を提供した南との取引で制作したカメラで撮影した航空写真を見たコハクと、食材として捕らえた中にいた油くさいイノシシのおかげで、ついに油田を発見する。

石油を発見した千空達は、ガソリンとガソリンエンジンのテストとしてモーターボートを作り、さらに海上での正確な位置を知るためのGPS（無線方位信号所）を制作する。ところが、GPSのテストの最中に謎の通信が入り、千空達以外の謎の存在がいることが判明する。「ホワイマン」と名付けられたその存在に対抗するため、また航海のため千空はレーダーを制作。それを見たクロムは、地中レーダーとして活用することを思いつき鉄鉱石の鉱脈を発見、不足しつつあった鉄の確保に成功する。一方で帆船作りは、大型船建造の経験者がいなかったため行き詰ってしまう。千空は計画を変更しようとするが、大型帆船製作を諦めない龍水は自ら模型を作り、それを正確に拡大することを提案し千空も了承する。帆船の再建造に合わせて工業レベルの向上も行われ、西暦5741年9月10日、ついに科学船ペルセウスが完成する。

龍水の選抜した乗組員を乗せ出航した一行は、まず、かつて百夜達が不時着した島を目指すことを決める。ルリから、百夜が伝承として残した百物語の全容を聞いていた千空は、鉱石に関する話の中に「宝箱」という単語が何度も出てくることに気付き、百夜達はダイヤモンドその他、希少な鉱石を宇宙船ソユーズの帰還船の中に、後に復活した人類のために保管したと推測。宝箱の中に眠っているであろうプラチナを入手できれば、石化復活液の無限増産が可能になるという。その話を聞いた名無しの村人は自身がその島の出身であり、幼いころに拾われたことと自身の名前が「ソユーズ」であることを明かす。ソユーズの存在により島に石神村と分家した人々が住んでいることが発覚したため、嵐に紛れて島へと上陸する。

千空、コハク、ゲン、ソユーズが偵察隊として上陸した一方、船ではスイカが密航していたことが発覚して騒ぎになっていた。しばらくして偵察隊からの無線に船が応答しなくなったため、不審に思ったゲンとソユーズが望遠鏡で船の様子を見ると、船にいた全員が石化してしまっていることが発覚する。ソユーズが思い出した記憶から、島には人を石化する何かとそれに対抗する人々がいることが判明し、ほどなく一行は島の住人の少女を発見する。その少女アマリリスの話によれば、「頭首」と呼ばれる支配者が、人々を石化させる爆弾で武力支配しており、幼いころに友人を石化されたアマリリスは頭首に対抗するため、後宮へ嫁いで石化爆弾を奪おうと考えていたという。

アマリリスに協力を持ち掛けられた千空達はコハクを一緒に潜入させることに決める。頭首の軍勢が調査していた船から薬品を乗せたスチームゴリラ号を、石化を免れ船内に潜伏していた銀狼とスイカに回収させ、皆はアマリリスに案内された海蝕洞「サファイアの洞窟」に隠れた。調合したシャンプーや化粧品で飾ったコハクとアマリリス、護衛として女装させた銀狼を、鉱石ラジオの原理で作ったインカムを持たせて後宮へ潜入させることに成功した千空は、次に石化爆弾を空中でキャッチするためにドローンの制作を宣言する。

頭首の棲む大木に絡めとられた宇宙船ソユーズを発見したコハクは、千空の作った無音爆弾で保存のため百夜たちが作っていたコンクリートを破砕、保存されていたものを千空に届けることに成功する。コハクの発見した砂金に紛れていたプラチナを入手した千空は硝酸製造機を作り、海に棄てられてしまったカセキの石像を探すため、まず潮の流れが読める龍水を復活させる。龍水が発見し復活させた大樹の活躍もあり仲間達の石像は全て回収され、ドローン作りも佳境となった一方、コハク達は頭首の側近であるモズに正体を見破られてしまう。また、銀狼は頭首がすでに石化して死亡しており、島の実権は宰相イバラが握っていることを知ってしまい、イバラに致命傷を負わされてしまう。

コハクは銀狼を助けるため、銀狼とともにわざと石化する。アマリリスはそれを伝えるため逃げ戻るが、モズに追跡されて隠れ家がバレてしまう。しかし千空達はモズの不審な行動から、彼がイバラを殺そうとしていることに勘付き、石化武器を持っているのがもう一人の側近キリサメだけだと推測。ゲンによる交渉の末、モズと一時的に同盟を結ぶことに成功する。モズが攪乱を行っている隙に千空達はモズと敵対した時のために拳銃を制作、ドローンも完成させて準備を終え、海哭りの崖で決戦を挑む。千空達はキリサメに石化装置を投げさせるが、コハクが持っていたインカムに目を付けていたイバラは千空達の作戦を盗み聞きしており、偽物でおびき寄せている間にペルセウスを奪って島全体を石化光線で包むことを画策していた。

イバラの策に気付いた千空達は二手に分かれ、一方は警備が手薄になった頭首像の奪取、一方は時間稼ぎを行う。イバラによって破壊されていた頭首像を修復する間、追い詰められた千空は最後の手段として船内で拘束されたまま石化していた氷月を復活させ、氷月も千空側につく事を決める。イバラが戦闘部隊長のオオアラシを使って島全体を石化しようとした際、像回収チームによりイバラの悪事が明らかにされるも、イバラはキリサメを石化し、オオアラシに石化装置を飲み込ませて島の中央へと走らせる。

オオアラシを追う千空達だったが、あえなく石化装置は発動してしまった。オオアラシの石像を破壊し石化装置を取り出したイバラだったが、クロムの作戦により千空は生き残っており、最後の戦いにもつれ込む。イバラが石化装置を投げた瞬間、千空が復活させた龍水が予定通りドローンでキャッチし綱引き勝負となる。千空はカウントに合わせて手を放すが、イバラも帽子を投げつけて石化を阻止する。発動した石化装置に龍水が突っ込み、インカムを石化装置に取り付けてイバラの元へ届けると、千空は遠隔で石化装置を発動、イバラを石化させて勝利する。

Z138 - 211「本章 石化の真相」
戦いを終え、仲間達を復活させた千空が村に残ったルリからの通信を受けている最中、再び通信に割り込みが発生する。それは千空と同じ声で石化装置を発動させ、地球全土を巻き込もうとする通信だった。羽京は、通信の声はボーカロイドなどと同じ合成音声であると断言。大樹が海底から回収してきた古い石像松風を復活させ、彼から石化装置は空から降ってきたという話を聞く。その話を聞き、電波の方向を計測した千空は、ホワイマンがいるのは月面である事を突き止め、月に行くためのロケットを作ることを宣言する。手に入れた石化装置で司を復活させると、ロケットを作るためにコーンの街、超合金の街、アルミの街、数学の街、ゴムの街を作る計画を立案する。

まず、多くの人を石化から復活させるのに必要となるアルコールの原料になると同時に、食糧にもなるコーンの街を最初に作ることを決める。そこでアメリカ種の良質なトウモロコシを手に入れるべく、ペルセウスで太平洋を横断して、カルフォルニア州サクラメントまで到達するが、そこには千空と同じ自力復活者のDr.ゼノが待ち構えていた。ゼノの右腕であるスタンリーに飛行機で襲撃されるが、逆に飛行機を鹵獲し、武力で先行するゼノに対抗するためペルセウスを空母に改造し始める。一方、ゲンが敵側に潜入するが、ゼノも医学生の少女ルーナをペルセウスへ潜入させ、スタンリーに千空を狙撃させる。

重症を負った千空は寝返ったルーナの治療を受けながら指示を出し、ゼノの居城への侵入はクロムに一任する。2週間後、千空は改造した飛行機でのドッグファイトに勝利するも、密かに接近していた潜水艦より強襲してきた兵士にまたもペルセウスを占拠される。しかしクロム達により司らはゼノを捕獲することに成功して千空たちと合流。千空たちはボートを奪い、ペルセウスのメンバーの一部をコーンの街作りのため北米に残し、自分たちは追ってくるスタンリーの部隊をかわしながら南米へ向かう。千空とゼノの知見を突き合わせ、石化光線の発信源がマナウスである事を突き止め、途中で出会った地理学者チェルシーの協力を得てバイクをクラフトして南米を縦断。

辿り着いたマナウスで見たのはピラミッドのごとくうず高く積み上げられた無数の石化装置の山だった。千空はこれを利用して石化装置の解析を開始し、コーンシティーチームに時計技師のジョエルを復活させて分解させた結果、石化装置の動力源が小さなダイヤであることを発見する。スタンリーを倒すために石化装置で自爆する戦法を使うことに決めるが、ダイヤ電池の制作が上手くいかず、次々と仲間たちが致命傷を負っていく。千空はダイヤ電池の最後のピースが劈開面にあることに気付き、通信で話を聞いたジョエルがダイヤ電池を完成、ホワイマンが送り続けていた通信を利用して再び全世界を石化させて戦いに勝利する。

数か月後、事前に作っておいたショックキャノンを利用した自動装置で復活液の瓶が割れ、スイカだけが復活する。スイカは千空が残していたメモに従い復活液の製造を始め、失敗を繰り返しながらも7年の歳月をかけて千空を復活させる。順次仲間達も復活するが、明らかに死亡していた氷月が蘇生したことで石化装置は人間に永遠の命を与える力があることが判明。この事が知れ渡れば、やがてディストピアが誕生すると考えた千空、司はゼノを目覚めさせ、協力を約束させる。ゼノを仲間に加えた科学王国は、改めて世界中の人々を復活させるべくゼノが開発したロケットエンジンLv1を積んだ新型ペルセウスで世界を回る組、北米のコーンシティ復活組、残ってロケットエンジンの開発を続ける組に分かれる。

世界冒険組となった千空達は各地を復活させる中、ロケットの軌道計算を行う技師として龍水の兄七海SAIを復活させ、彼のためにコンピューターをクラフトする。コンピューター作りを杠達に任せ、千空たちのロケット作りの資材集めも大詰めを迎えるが、ここに至って千空は月でホワイマンと直接対決するメンバーは地球へ戻らず、石化装置で石化し、助けが来るまで待ち続けるという片道ロケット計画を公表。これに反発したクロムはスイカと共にSAIの助けを借りながら往復用のロケットを設計しはじめる。宝島を経由し、ついに日本へと帰還した一行は、出発前に千空が居残り組に課していた水力発電用のダムやロケット発射場を目にするのだった。

Z212 - 232「終決章 STONE TO SPACE」
コーンシティでクラフトしていたコンピューターが届き、着々と準備が進む中、石化装置の劣化を防ぐため真空パックを行い金庫へ保管するが、突如石化装置が勝手に起動するという事件が発生する。石化装置を監視することと月にいるホワイマンの所在を探るべく、千空はテレビカメラをクラフトし、人工衛星を打ち上げる計画を発表する。ソーラーパネル搭載の人工衛星とロケット本体、そしてゼノが開発したロケットエンジンが揃い、無人ロケットの打ち上げが行われるが、元NASAのゼノがいても打ち上げは成功せず、何度も失敗を繰り返す。

幾度めかの打ち上げがついに成功し、宇宙望遠鏡の映像を見たコハクにより月面のホワイマンの居場所が明らかとなる。本格的に有人ロケットの開発に着手する千空の言葉で閃いたクロムは、一度に複数のロケットを打ち上げて宇宙で合体させる往復ロケットの案を発表、ゼノから設計が複雑化することが指摘されるも多数決により往復ロケット案が採用される。千空は合体ロケットの数百万点におよぶ部品を設計するため、インターネットで世界中の技術者の力を結集することを決める。海底ケーブルで敷設されたインターネットと電子ペーパーを使ったCADシステムでロケットの設計が進む中、宇宙飛行士の選抜も開始される。

ゼノが管制塔として残るため科学者は千空に決定、残りは司や龍水で決定かと思われたが、司は科学の武器が存在することから戦闘能力と身軽さに秀でたコハクを推薦、龍水は操縦技術と戦闘能力を両立するスタンリーが相応しいとし、スタンリーの石化を解く。打ち上げの日が刻々と迫るなか、千空は宇宙へ行く前の最後のクラフトとして仲間たちの欲しいものをクラフトし、ついに打ち上げの日を迎える。無事、宇宙へ出た3人だったが宇宙船の配線にトラブルが発生、無線や外部映像などが使えなくなりドッキングがままならなくなってしまう。

しかし4号機に乗っていた龍水によるドッキングに成功、地上で監視していたゼノが持たせた回路と交換し、合体ロケットは完成。3日後には月に到達し、月の裏側から月面に降り立った。かつてアポロ11号で月面に降り立った宇宙飛行士が立てた旗の傍で、千空達はホワイマン──無数の石化装置と対峙する。ホワイマンの正体は宇宙の彼方からやって来た機械生命体であった。その目的は石化による永遠の命をエサに、知的生命体に自分達の保守・複製を行わせ、寄生することであった。千空は彼らの事情を聞き、独断である交渉を持ちかける。だが、交渉は決裂。ホワイマン達は新たな知的生命体を求めて再び宇宙へ飛び立つが、唯一ホワイマン達のリーダーだけが千空の提案に乗り、地球に残るのであった。

数年後、人類は完全に復興し、大樹と杠は約束の結婚式を挙げる。千空は世界中から集った科学者と共に石化装置のシステムを解析し、それらを応用してタイムマシンを開発することを宣言するのだった。「唆るぜ、これは!!!」

かつてヴァイオリンのコンクールで数々の成績を収めていた少年・青野一は家庭の事情もあってヴァイオリンを止めていたが、ふとした切っ掛けで秋音律子と出会い一度はやめたヴァイオリンを再び弾き始める。その後2人は進学先の高校でオーケストラ部に入るが、そこでコンクールでトップの成績を収めていた佐伯直と邂逅しヴァイオリンの腕を競うことになる。

世界観
突如地球圏に飛来した謎の機械生命体「ヴァイス」。現代兵器の一切通用しないヴァイスらに人類が為す術はなく、絶滅を防ぐため人類は月面の地殻を利用した宇宙船「シャード」を建造。地球を放棄し、宇宙へと旅立った。

長きに渡る逃避行の中で、人類は10代から30代までの女性のみが引き出すことの出来る「高次元エネルギー」を発見する。高次元エネルギーこそがヴァイスのシールドを打ち破る鍵であることに気づいた人類は、そのエネルギーを用いた対ヴァイス兵装「アリスギア」を開発。高次元エネルギーを引き出す適性を持つ者は人類全体からすれば僅かではあったものの、こうして人類は漸くヴァイスと戦う術を得た。

それから3世紀。対ヴァイス組織「AEGIS」が設立されたことや、アリスギアの安全性の向上、ヴァイスそのものの個体数の減少により、ヴァイスの脅威は減少。少女たちがアルバイトで駆逐する害虫と認識される存在になった。アリスギアの装備適性のある女性は「アクトレス」と呼ばれ、適性（エミッション）と免許さえ取得すれば「AEGIS」およびそれに認可された民間企業を介してヴァイス駆除へと参加できる立派な職業となっていた。

あらすじ
;黎明編
:成子坂製作所は、かつてはヴァイス討伐とアリスギア開発で名を馳せた名門だったが、現在は後発の叢雲工業に追い越され、経営難の中小企業に成り下がっていた。物語は、その成子坂製作所に主人公格の新米アクトレスである比良坂夜露とプレイヤーの分身である隊長が就職するところから始まる。現時点で所属している成子坂古参の兼志谷シタラや、百科文嘉に指導を受けつつ、経営難ながら着々と任務をこなしていく。そんな中、叢雲工業が今までのアリスギアの性能を遥かに凌駕する新型を開発したと発表があり、成子坂製作所の立場はますます危ういものとなる。
:しかし、叢雲工業の新型アリスギアは実際には完成していなかった上、ヴァイス討伐実績を増やすために壁外のヴァイスを討伐せずに放置、大型ヴァイスへの進化を黙認するという不正行為を行っていた。その結果、大量に増殖したヴァイスが市街地を襲う事件が発生。叢雲工業のアクトレスである吾妻楓たちは出撃しようとするが、新型の未完成が露呈することを防ぐために叢雲工業はそれを却下し、代わって成子坂製作所の面々がこれを食い止めた。その後、叢雲工業の一連の不正が世間に発表されるとともにアクトレス部門は解体され、所属していたアクトレスは成子坂製作所に移籍することになった。

;躍進編
:叢雲工業からアクトレスが移籍した結果、元々彼女たちが担当していた多くのエリア防衛は成子坂製作所が引き継ぐことになってしまう。そんな矢先、聖アマルテア女学院が母校の周辺エリアの防衛権割譲を要求。成子坂製作所は反発するが広大なエリア防衛に窮していたのも事実。AEGISは白金エリアの防衛権を、聖アマルテア女学院に所属する紺堂地衛里のチームと成子坂製作所のヴァイス討伐数で競わせ、その結果は成子坂製作所の敗北で幕を閉じる。残念な結果となったものの、チームの結束はより強くなり、このままでは終われないと意気込んだ成子坂製作所は新しいアクトレスを増員し規模を拡大していった。その事業拡大による新たな問題などを経て成子坂製作所や所属アクトレスたちは大きく成長していく。
:しかし、そんな成子坂にノーブルヒルズ・ホールディングスが赤坂エリアの防衛権割譲を要求。刺客として送り込まれた琴村姉妹たちの妨害をかいくぐり、成子坂製作所は今度こそ勝利を収めたのだった。

;陰謀編
:かねてより資金難だった成子坂製作所ではあったが、アパレルブランド・マウンテンウィッチからとうとうスポンサー契約の話が舞い込んでくる。何としても契約を取り付けようと意気込む文嘉と成子坂の面々。しかし、その話も突如発生した謂れなき誹謗中傷により無に帰してしまう。それは、ノーブルヒルズ・ホールディングスが成子坂から東京エリアの防衛権を奪うための陰謀の一環だった。
:ノーブルヒルズ・ホールディングスから再度ヴァイス案件受注を巡る挑戦を叩きつけられた成子坂。手練手管を仕掛けてくるノーブルヒルズ。しかし数々の策略の結果、大型ヴァイスがシャード内に侵入してしまう。
:この事態に際して、ノーブルヒルズに雇われていた傭兵サンティが離反し成子坂製作所に合流。さらにマウンテンウィッチの社長・萬場盟華も、会社としてではなく個人として成子坂をスポンサードするとともに、自らもアクトレスとして出向する契約を結ぶ。更なる力を得た成子坂製作所は大型ヴァイスを撃退し、ノーブルヒルズにも勝利したのだった。

;激動編
:企業抗争の末、成子坂製作所は東京シャード内でのシェア争いに勝利。今回の案件からAEGiS東京は、AEGiS内部およびノーブルヒルズなど背信行為に関わった不穏分子を排除。裏で暗躍していたヴァイス信奉集団「SIN」の動向に一層注視を払う。
:ある日、未探査宙域の調査中に比良坂夜露は、何かにひかれるように大型のヴァイスコロニーを発見。その規模から一定期間で東京シャードに重大な危機が訪れると判断したアウトランドは、東京シャード防衛のために、コロニー破壊作戦の決行を決定した。類を見ない大規模な作戦からAEGiSと成子坂の主戦力が徴集され東京シャードの防衛網が手薄になることを懸念し、指揮管理を取りまとめるべく東京シャード管内のアクトレス事業者連合、通称「アライアンス」が結成され、「アキ作戦」と名付けられた大規模侵攻作戦が始まる。
:一方、ヴァイスコロニーは脅威であると同時に、資源の宝庫でもあることから各国政府は利権を得るべく、アライアンスに自国のアクトレスを潜り込ませる。また、北条グループとヤシマ重工は防衛審議会内での発言力を巡って争い始める。これらの思惑が巡りチーム編成は難航し、普段と異なる所属のアクトレス同士で急造チームを組むことを余儀なくされ、チームワークを発揮しきれないまま激戦が繰り広げられる。そんな中、夜露は何かと精神が繋がったような言動を見せ、地衛里は夜露に対して並々ならぬ違和感を感じる。
:総力戦の末、ヴァイスの主力を撃滅。ヴァイスコロニーを完全に制圧したが、度重なる攻撃にさらされたコロニーの重力子縮退炉が暴走。総員が緊急避難し、超空間より露出したブラックホールによってヴァイスコロニーの97.8%が消滅。コロニーがあったバンシー宙域は無期限で不可航宙域となった。

;覚醒編
:ヴァイスコロニーの脅威に、成子坂製作所はアクトレス事業者連合を結成した東京シャードは激闘の末ついに敵を消滅せしめた。しかしその平穏も束の間、元ノーブルヒルズの琴村姉妹と接触した古参アクトレスの宇佐元杏奈と神宮寺真理は、成子坂製作所が過去に起こした事故と、その被害者である九品田凪の存在を隠蔽したのではないかと疑い、7年前の新型ギア暴走事件を解明するために整備班長の磐田を尋問する。しかし、成子坂製作所の設立経緯まで調べたものの真相は分からずじまいであった。一方、この事態を知ったAEGIS情報本部は事が大きくなることを防ぐため琴村姉妹、杏奈、真理とその場に居合わせた楓、リタ、磐田、隊長を連行し事態を内密に処理する。AEGISやヤシマ重工がSINに汚染されている可能性があると見ていたAEGIS情報本部は本事件を秘密裏に捜査していたのだった。成子坂製作所の協力を取り付けたAEGIS情報本部は琴村姉妹を監視するために成子坂製作所に配属させる。
:過去の事件に振り回される中、ヴァイスによる大規模な反攻の予兆が観測された。

;浸食編
:300年前に月面政府シャードを壊滅させた大規模侵攻時に匹敵するヴァイスの超空間ゲートが出現。ヴァイスの大規模な反攻は疑いない状況となった。その状況に対し各国は東京シャードが壊滅すると想定し、東京シャードに隠されているとされる人工知能アリスの捜索に動き出す。
:一方、北条グループとヤシマ重工は成子坂製作所の株式の約半数を取得しアライアンスの中心となった成子坂製作所を買収しようと画策する。中東シャードで傭兵として戦っていたアクトレス・東雲チヱの発案により、隊長が筆頭株主になり所長代行に就任することでなんとか危機を脱した矢先、ヴァイスの大規模反攻が始まる。それに合わせてSINによるテロが同時多発的に発生。東京シャードは大混乱に陥る。EEZ内にて被害が拡大した東京シャードは緊急事態を宣言。所属を問わずアクトレスたちに防衛出動命令が下され防衛線が構築された。被害状況の調査、ヴァイス撃退、避難ルートの確保、対テロ対策、未知の超空間ゲートの探索と多くの課題が襲い来るなか、一連の侵攻事件によるフロギストン流出事故に人為的工作の可能性が浮上する。絶え間ないヴァイスの攻勢に崩壊しつつある防衛線に新型ヴァイスが出現。東京シャードは次々と追い詰められていく。

かつて異世界エクレールに召喚され、人間族・獣人族・魔族による戦乱を収め種族間和平を成し遂げた勇者セツは、勇者の力を恐れた人間のディスティニア王に元の世界に転生させられ、記憶と能力を保ったまま別人「須崎 雪」として赤ん坊から人生をやり直していた。

そんなある日、新たな人生における幼馴染である花柱夕陽を含む高校のクラスメイト全員が新たな勇者として前回の戦いから5年後のディスティニア王国へと召喚されてしまう。

かつての勇者セツが紛れていることなど気づかないまま、自分たちの都合のいい手駒として異世界人を他種族に対抗する戦力として育て上げようとする国王の思惑を知り、力の無い役立たずのふりをして城を追放されたセツは、戦いを止めるために旅立つことにする。

ブサイクな容姿のため両親や兄弟たちから嫌われ、さらにはクラスメイトの不良たちから虐められている天上優夜は、唯一の味方であった祖父が亡くなり、完全に孤立した状態となっていた。

そんなある時、コンビニで不良たちに絡まれている少女を、祖父の遺言に従い体を張って助ける。その夜、人生に絶望しかけていた優夜は、自宅の鏡を八つ当たりで壊した拍子に「隠し扉」を偶然発見。隠し扉を開けた先で、祖父が世界中から集めていた「不思議なアイテム」と「異世界への扉」があるのを見つける。

扉の先にある家で、優夜は次々と戦闘スキルを入手し、襲い掛かってきた魔物を武器「絶槍」を使って倒すと、貧弱だったステータスは凄まじいレベルアップを遂げる。その影響からか、その後就寝中に激痛に襲われた優夜は、翌朝まるで別人のようにイケメンに変貌していた。

翌日の放課後、コンビニで助けた宝城佳織が車で現れ、エリート校である王星学園へ転入するように勧誘される。半ば強引に連れていかれた優夜は、そこで王星学園の生徒たちと触れ合い、体験入学を経て王星学園へ通うこととなった。

一方の異世界では、アルセリア王国の王女であるレクシア・フォン・アルセリアが暗殺されかけ、たまたま遠出をした優夜に助けられる。このことでレクシアは優夜に一目惚れし、優夜を見つけようと躍起になっていた。また同時に、「聖」と「邪」による異世界の存亡にかかわる戦いも始まろうとしていた。

;第1巻
:神様の不注意によって死んでしまった望月冬夜は神様によって異世界で蘇らせてもらうことになる。神様が罪滅ぼしにと蘇る前に、スマートフォンを異世界でも使用可能にしてもらう。異世界に降り立った冬夜はリフレットで絡まれていた双子の姉妹エルゼ・シルエスカとリンゼ・シルエスカを助ける。二人とパーティーを組みギルドの依頼をこなしていく中、ベルファストの王都へ手紙を届ける依頼を受ける。依頼の道中で立ち寄ったアマネスクで絡まれていた九重八重を助け、一緒に八重も王都へ行くことになる。その後の道中で襲われていたスゥシィ・エルネア・オルトリンデらを助けたが護衛の半数以上が倒れたこともあり、冬夜たちが王都まで護衛する。依頼の完了後に八重がパーティーに加わる。
:月日が経ち旧王都に巣食う魔物討伐の依頼を受けるが地下に遺跡があるのを発見する。遺跡の仕掛けを解いたことにより中に眠っていたフレイズが復活してしまったが冬夜たちはなんとか討伐に成功。旧王都ということもありオルトリンデ公爵家に報告後、コピーした遺跡の写真を見せに行ったとき、公爵の兄であるベルファスト国王が何者かによって毒を盛られる事件が発生するが、冬夜の無属性魔法【リカバリー】によって一命をとりとめる。国王の命を救っただけでなく犯人を捕まえたこともあり娘のユミナ・エルネア・ベルファストは冬夜に対して結婚を申し込み、彼の元へ押しかける。その後、ユミナもパーティーに加わり召喚魔法を習う。このときに、後に琥珀となる神獣を召喚する。
:
;第2巻
:暗殺未遂事件解決の謝礼としてベルファスト国王から爵位の授与を申し出られるが、冬夜が辞退すると、その代わりとして王都に屋敷と多額のお金が下賜される。冬夜はユミナの伝手で使用人を雇い、ユミナ、エルゼ、リンゼ、八重とともにリフレットから王都の屋敷に移り住む。
:ベルファスト王国はミスミド王国と同盟を結ぶことになり、ミスミド大使・オリガの帰国にあわせて、会談の算段のために冬夜達はミスミド王国に赴く。ミスミドの王都に到着した夜のパーティーが開かれたが、手招きする熊のぬいぐるみについていくと、会場から少し離れた一室でツインテールのゴスロリ少女リーンと出会う。実は妖精族の長で600年以上生きているという。ミスミドでベルファスト・ミスミド両国王の会談が無事に執り行われると、冬夜達はベルファストに帰国する。
:ある日屋敷に帰ると、リーンが訪れていた。リーン達はミスミドでフレイズの討伐を行ったが、ベルファストでも冬夜達がフレイズを倒したことを知り、その話を聞きに来ていた。また、リーンは冬夜が無属性魔法をすべて使えることを知っており、リーンは冬夜に無属性魔法【ゲート】で神国イーシェンにある古代遺跡へ連れて行って欲しいと頼む。リーンによると他人の記憶を読み取る無属性魔法【リコール】があり、読み取った人の記憶から【ゲート】でその場所に行けるという。冬夜は【リコール】で八重からイーシェンのオエドの記憶を貰い、【ゲート】を開く。
:
;第3巻
:イーシェンを訪ねた冬夜達は徳川領に攻め込んでいた武田軍を撃退する。武田方の高坂政信から徳川への密書によると、領主の武田真玄は既に亡くなり、山本完助が武田を牛耳っているという。高坂の使者でくノ一の椿の手引きで冬夜とリーンが武田の本拠地に乗り込み、山本を討ち果たす。
:リーンが探している古代遺跡は海の中にあった。冬夜は水を操ることの出来る神獣・玄帝を召喚し、黒曜と珊瑚と名付け、黒曜&珊瑚の力を借りて古代遺跡にたどり着く。指示通り魔力を流すとバビロンの遺産「庭園」に移転し、管理人シェスカの条件に適合した冬夜はシェスカと「庭園」が譲渡される。ユミナ達を【ゲート】で呼び寄せて話していると、シェスカはマスター登録のために冬夜にディープキスをする。それを見たリンゼは、意を決して冬夜に告白し、キスをする。
:冬夜が屋敷の自室で考えあぐねていると、ユミナが訪ねてきてリンゼのことをどう思っているかを尋ねる。好きで大切だが、ユミナのことも決められないのにどうしていいかわからないことを答えると、ユミナは2人でお嫁さんになることを提案し、冬夜は2人の想いを受け入れる。翌朝、冬夜はエルゼと八重からも告白される。神様と恋愛神に相談した冬夜は、4人に対して今は結婚しないが将来お嫁さんにもらうことを伝える。
:夜、シェスカからレジーナ・バビロンから伝言があることを告げられ、バビロン博士がアーティファクトで冬夜を未来視していたこと、フレイズの侵攻に遭い古代国家パルテノが滅亡したが突然フレイズが消えたこと、冬夜のために「バビロン」を残したことを知る。
:翌日、婚約指輪を探しに街に出かけると、屋台で見たこともないコインで支払おうとして店主と揉めている少年・エンデに出会う。
:
;第4巻
:冬夜達がサンドラ王国にある古代遺跡に向かっているとき、砂漠で見つけた遭難者を冬夜が救助して【ゲート】でベルファスト王国の屋敷に避難させる。さらにフレイズの中級種を見つけて冬夜達は討伐しようとするも難航していたが、エンデが現れて簡単に破壊してしまう。エンデは自分もフレイズも「フレイズの王」を探していることを告げて去って行く。
:古代遺跡からバビロンの遺産「工房」に転送された冬夜は管理人ロゼッタと「工房」が譲渡される。
:冬夜はラビ砂漠で助けた娘達の働き口として読書喫茶「月読」をオープンさせる。冬夜が「月読」の本を仕入れるためにレグルス帝国を訪れると、軍部が反乱を起こしていた。城内で兵士が少女を殺そうとしていたため、冬夜は兵士を麻痺させて救助した。助けた少女は第三皇女ルーシア・レア・レグルスであった。
:皇帝の部屋にたどり着くと、バズール将軍がレグレス皇帝を殺害しようとしていた。冬夜は【ゲート】でルーシア達をベルファストの屋敷へ避難させ、冬夜も撤退する。皇帝は瀕死の状態であったが、冬夜の魔法で回復し、ベルファスト国王との会談を行う。翌日、冬夜達は反乱軍とバズール将軍が操る悪魔の軍団を制圧し、将軍を強烈な臭いを放つヘドロスライムを入れたヘドロボックスに閉じ込めて倒す。
:皇帝は冬夜にルーシアとの結婚を持ちかけ、ユミナ達も賛同する。ルーシアも結婚を望んでおり、冬夜は婚約を受け入れる。さらに、冬夜にユミナ王女、ルーシア皇女の結婚相手にふさわしい地位を確保するために、ベルファスト・レグルス両国から領土を譲渡されて、新たな国の国王となることが決められる。ブリュンヒルド公国の誕生である。
領地内の魔獣を討伐し、城が完成すると、リーンがブリュンヒルド公国駐在大使としてやってくる。また、ミスミドに赴いたときの大使の護衛の一人でミスミド兵だったレイン、そのときの隊長ガルンの妹のノルン（後のノルエ）、大使だったオリガの従兄弟のニコラがブリュンヒルドに仕えることになる。
:
;第5巻
:リーンからフレイズが大樹海に現れてミスミドに救援要請があったことを聞く。冬夜達は大樹海でフレイズを討伐し、冬夜は負傷したラウリ族を魔法で治療する。なぜか族長の孫娘のパムに噛みつかれたが、リーンによると気に入られたという。
:ブリュンヒルドに戻ると、イーシェンの武田四天王その配下の者達をブリュンヒルドに仕官してきたため迎え入れる。椿から得た情報からエルフラウ王国にある転送陣に行き、条件に適合した冬夜は管理人フローラと「錬金棟」を手に入れる。
:ラミッシュ教国からやってきた司祭ネストから光の神・ラルスを崇めるラルス教を国教とすよう求められたが、ネストが神様（世界神）を邪神扱いしたことで冬夜は【ゲート】でネストを城外の川へ移転させる。同行して来ていた司祭フィリスが魔族や闇の者というだけで排除する教義への疑問を吐露すると、神様が現れて光の神・ラルスはおらず、神のためにしていたことを人々のために行うよう諭す。ラミッシュ教国に帰ったフィリスが処刑されることを知った冬夜はフィリスを助けにラミッシュ教国へ行き、わざと囚われの身となる。フィリスを探し出すと、一緒に教皇が囚われていた。フィリスを擁護する教皇が、ラミッシュ教国が光の神・ラルスではなく闇の精霊の力で建国したという枢機卿以上の者しか知らない秘密を暴露してしまうと考えた枢機卿が教皇を弾劾し、閉じ込められたのだった。ぼろが来ていた闇の精霊の封印が破損して暴走を始めるが、冬夜は光の神に扮して制圧する。またラルスという神は存在しないことを告げ、事前に示し合わせた教皇に神託を与えたように振る舞う。これを機にラルス教の信仰の対象が光の神・ラルスから光の神に変わり、魔族や闇属性の排他主義は改められる。
:バビロンの遺跡の転送陣を探し出すため、冬夜は琥珀と黒曜&珊瑚の力を借りて翼の王である神獣・炎帝を召喚する。炎帝は既に琥珀らの主となっている冬夜の力量を見抜き、すぐに主従関係に同意して、紅玉と名付けられる。
:
;第6巻
:譲渡されたバビロンの遺産「格納庫」にはフレームギアが格納されていたが、エーテル鉱石（魔石）から抽出した燃料のエーテルリキッドがないため動かせない状態だった。冬夜は領地内で魔石を見つけてフローラにエーテルリキッドの精製を、ロゼッタにフレームギアの量産を任せる。
:冬夜が人心地ついていると、突然スゥシィが現れて「わらわも妻にしてくれ」と求婚される。スゥシィにリーニエ王国第一王子ザブンとの縁談が持ち上がっていたのだった。ザブンの素行を問題視したオルトリンデ公爵はリーニエ王国の使者に冬夜への嫁入りを理由に縁談を断ったが、使者で第二王子のクラウドは、同席していた冬夜へ宰相に軟禁されている母親のエリア王妃の救助を求める。冬夜達はエリア王妃を救出して召喚獣に宰相達を監視させていると、宰相とダキア王妃が国王にザブンへの王位継承を強要し、禅譲後に現国王を暗殺することを計画しており、さらにザブンが宰相とダキア王妃との間の子供であることが判明する。冬夜から真実を知らされたリーニエ国王は、クラウドに王位を譲り、様々な悪行が判明したザブン達は犯罪奴隷として奴隷商に売り渡された。その後、冬夜はスゥシィを婚約者として受け入れる。
:イーシェンの山中でフレームギアの量産に必要な鉱物を得た冬夜は、河原で倒れている少女を見つける。少女は右手右足を失い、背中には深い刀傷を負っていたため、冬夜は大回復魔法と【リカバリー】をかけて「錬金棟」へ運ぶ。少女の手足は再生し、意識も戻ったが、記憶を失っていた。冬夜は綺麗な桜色の髪から彼女を桜と名付ける。
:レスティア騎士王国に見つかった転送陣に冬夜が向かっていると、町がフレイズの集団に襲われていた。騎士団が対応していたが、住民を逃がすのに精一杯であった。冬夜はフレイズを討伐し、怪我人を回復魔法で治療したが、冬夜が話しかけていた少女騎士はレスティア騎士王国第一王女ヒルデガルド・ミナス・レスティアであった。
:ドッキングした状態のバビロンの遺産「城壁」と「塔」が見つかり、ユミナ達を【ゲート】で呼び寄せて話していると、リオラの発言から、婚約者達は冬夜が9人娶ることを知る。
:
;第7巻
:ある日、城に冬夜の姉の望月花恋と名乗る女性が訪れる。逃げた従属神を捕獲しにこの世界に降りてきた恋愛神で、従属神が行方不明のため、しばらく冬夜の世話になることになった。
:突然、天帝国ユーロンがハノック王国に宣戦布告し、侵攻する。またユーロン天帝からの命令でフレームギアの強奪のために冬夜の暗殺、ユミナ達の拉致などが並行して行われていることが判明する。そんな中、ユーロンに13000を超えるフレイズが襲来する。フレイズ殲滅に西方同盟各国も参加することになり、フレームギア210機で事に当たる。上級種の出現により苦戦するが、なんとかフレイズの殲滅に成功、しかし上級種の放った光により天帝もろともユーロンの首都が消滅し、ユーロンは崩壊する。
:それからひと月後、レスティア騎士王国から先王のギャレンとヒルデガルドがユーロン崩壊の問合せと友好関係を結ぶためにブリュンヒルドにやってくる。冬夜に一目惚れしていたヒルデガルドは、嫁会議で受け入れられ、ギャレンとの勝負に勝って結婚を認められて、婚約者となる。
:冬になろうとする頃、ラウリ族のパムが冬夜との間に子供を作るためにブリュンヒルドに現れる。ひと月後に行われる「剪定の儀」でラウリ族に勝たせることでパムには冬夜との子供は諦めてもらうことになり、エルゼ、八重、ルーシア、ヒルデガルドが助っ人として出場する。パムを加えた5人は順調に勝ち上がり、ラウリ族が剪定の儀で優勝した。また、ある部族の助っ人になっていた剣神が、恋愛神に習って冬夜の二番目の姉・望月諸刃と名乗り、彼女も冬夜の世話になることになる。
:
;第8巻
:冬夜からバビロンの遺産「図書館」が見つかったことを聞かされたリーンは大喜びするが、冬夜はリーンがミスミド大使であるため閲覧制限をかけることを伝える。リーンは冬夜にブリュンヒルドの宮廷魔術師として迎えるように進言したうえ、さらに「私も貴方の奥さんになりましょうか？」と告白する。言いくるめられた冬夜はリーンに閲覧を許可する。
:ギルドを訪れると、新たにサンドラ王国の南方に発見された古代遺跡にある諸島をブリュンヒルトとゲートで繋いでブリュンヒルドを冒険者達の玄関口とし、この島はブリュンヒルドに譲渡してもよいという提案があり、冬夜はこの提案を受け入れる。ダンジョンの噂はすぐに広まって冒険者達がブリュンヒルドに集まる。
:冬夜がリーンを連れて改装のためにダンジョンに入ると4人の少年少女の冒険者が人攫いに襲われていたため救助する。人攫いを問い詰めるとダンジョンで死亡したと思われていた10人の冒険者が、攫われて、沖に停泊した奴隷船のサンドラ王国の奴隷商人に売られていた。日が暮れてから冬夜は無属性魔法【ミラージュ】で人攫いに化け、少年冒険者達を奴隷商人に売った振りをして、少年達を奴隷船に侵入させる。少年達が攫われていた冒険者達を連れて逃げ出したことを確認すると、冬夜は奴隷商人達を拘束し、騎士団に引き渡す。
:攫われていた冒険者達の宿を手配し、ギルドに顛末を報告した後、リーンと食事を終えると深夜2時近くになっていた。城に戻ると婚約者達が待ち構えており、ユミナに問われたリーンは冬夜に好意を持っていることを告白すると、リーンが8番目の婚約者として受け入れられる。
:冬夜が救った少年冒険者達の故郷の洞窟にある遺跡はバビロンの遺跡への転移陣で、条件に適合した冬夜は管理人のパルシェと「蔵」が譲渡される。
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;第9巻
:エンデからロードメア連邦へのフレイズの上級種の出現の情報がもたらされる。東西同盟はロードメアとコンタクトをとるが、ロードメアの州総督の間で意見が分かれており、自らの手で討伐すべしという意見も出ていた。全州総督とボーマン博士は作り出した武装ゴーレムに絶対的な自信を持っていたが、模擬戦でフレームギアがあっさりと倒してしまったため、対応を再検討する事になる。その後、予算カットを恐れたボーマン博士が独断で武装ゴーレムに無茶な改造をした結果、武装ゴーレムが中央州の首都で暴走したが、エルゼのゲルヒルデの相手ではなかった。ボーマン博士は捕らえられて鉱山送りとなった。
:東西同盟でロードメアに出現した上級種を討伐し、中級種や下級種を掃討していると、突然支配種のネイが現れた。エンデはネイの攻撃をかわして手を掴むと、次元移転してその場から消えていった。戦後、戦場から大破したフレームギア1機分の部品が盗難されていたことが判明する。
:イーシェンで羽柴秀義が20万の大軍でオエドへ侵攻を開始する。八重から連絡を受けた冬夜は戦場に急行し、変装して羽柴軍を撃退する。さらに徳川・伊達連合軍3万人をオオサカ城に移転して急襲する。冬夜、八重、琥珀で城内の秀義を探すと、秀義を名乗る猿がいた。秀義の目が赤く光ると八重と琥珀は硬直するが、冬夜は本体が瓢箪で従属神と見抜く。冬夜が神力をまとうと、瓢箪が痩せぎすの白髭の老人に変化した。恋愛神と剣神が駆けつけてきて、剣神が従属神を討ち取ろうとするも、あと一歩のところで従属神は逃げてしまった。
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;第10巻
:東西同盟の会議後の花見にて、冬夜の伴奏で桜が歌を披露したことをきっかけに、桜はその存在が伏せられていた魔王国ゼノアスの魔王の庶子のファルネーゼ・フォルネウスと判明する。【リコール】で忘れている記憶を取り戻せることを冬夜が思い出し、【リコール】によって桜の記憶はよみがえる。母親のフィアナは心神耗弱状態にあったものの、死んだと思われていた娘との再会により回復する。魔王も娘が生きて帰ってきたことを喜んだが、婚約者達の承諾を得ていた桜は冬夜と結婚することを告げる。桜を襲撃した黒幕が第二王子の叔父と分かり、彼を処罰するためにファルネーゼ（桜）の存在が明らかにされ、同時に冬夜との婚約が公表された。
:紅玉の眷属が見つけた遺跡からバビロンの遺産「研究所」に転送された冬夜は、管理人ティカと「研究所」が譲渡される。また「研究所」で機体ナンバー29に移植されていたレジーナ・バビロンを冬夜が覚醒させる。バビロン博士からの質問で決意した冬夜は、婚約者達とバビロンシスターズに、自分が地球という異世界からやってきたことを明かす。
:冬夜はブリュンヒルド城下に現れた支配種のリセからエンデの救出を頼まれる。冬夜が指示された水晶の三角柱に魔力を流すとエンデは次元の狭間から帰還した。そして冬夜はエンデにフレイズについて聞き出す。渡る者のエンデと結晶界（フレイジア）の「王」（女王）はともに生きていくことを望み、天才の「彼女」は「世界を渡る存在に至る方法」を編み出した。他の支配種から反対されるが、「彼女」は後継者を指名してエンデと駆け落ちのごとく結晶界から去る。しかしフレイズたちは「世界の結界」を破る方法で「彼女」を追いかけてきた。エンデはフレイズを撃退するなどして「核」として存在する「彼女」を守って世界を渡り歩き、数千年前にこの世界にたどり着いた。そしてエンデは「彼女」を狙う輩に消えてもらうために冬夜の力を借りるのが良いと思っていた。
:
;第11巻
:農耕神、音楽神、狩猟神、酒神が神化している冬夜のサポートを建前に休暇で地上に降りてきた。それぞれ冬夜の叔父望月耕助、その長男奏助、長女狩奈、次女酔花としてブリュンヒルドに滞在することになった。
:レグルスに襲来したフレイズを掃討していると、支配種のユラが現れる。冬夜はユラを討伐しようとするが、ユラは姿をくらませてしまう。揺り戻しで次元の狭間に戻されたユラの手には冬夜達の世界で拾った黄金の卵があった。卵は痩せすぎの白髪の老人に姿を変え、ユラに自分は神であると告げる。
:サンドラ王国第二の都アスタルの人々が一人残らず水晶を生やして死ぬ事件が発生する。死者は「魂食い」されており、従属神が邪神を誕生させようとしていることが懸念された。
:
;第12巻
:結界によりその存在が分からなかったパレリウス島の南の都を3匹の巨獣を襲っていた。冬夜達は魔獣を討伐して、南の都の代表と面会する。フレイズの大襲来で外の世界は滅ぼされたと思っていた代表は、世界が無事であったことに驚きを示す。後日、冬夜は、八重、バビロン博士、琥珀を伴って、他の都の代表および導師もあわせて会談し、現在の世界情勢等を説明する。
:その後、パレリウス島の神殿にある、時の賢者アレリアス・パレリウスが残した「門」を見学させてもらう。「門」の目的や起動方法は不明だったが、バビロン博士の解析により、ある意味完成しているが、起動するには魔力が圧倒的に足らないと判明する。莫大な魔力を持つ冬夜が魔力を流すと起動し、冬夜は「門」の先に現れた新天地に足を踏み入れた。訪れた場所は地図が冬夜達の世界を反転させた異世界（裏世界）と分かる。冬夜が元の世界に戻れないことを焦っていると、神様か電話があり、一旦神界を経由して【ゲート】で「門」の前に戻る。こちらの世界では、琥珀が突然消えてしまい、冬夜がこの世界からいなくなったことを八重達が心配している状況だった。
:冬夜は「門」の先の世界について説明する。パレリウス島の代表者達は方針を協議し、後日、パレリウス島は外の世界との交流を選択して島の結界は無効化された。ルーシアからの裏世界からの戻り方の質問で、冬夜は婚約者達に、神様のことや自分が神化していること等を打ち明ける。
:ユーロン地方で発生した「魂食い」を冬夜が討伐に向かうと、邪神獣が人々を襲っていた。冬夜達が邪神獣と従属神を討伐しようとするも難航、ユラが手を加えていた邪神獣は従属神の魂を喰らって繭の状態に変わり、揺り戻しによって消えてしまう。
:バビロン博士が「門」を元に製作した「次元門」で、冬夜が裏世界の聖王国アレントの王都を訪れると、裏世界はゴレムのような魔工技術が発達した世界と分かる。冬夜の魔法を見かけた「赤猫」の副首領エスト達に頼まれ、冬夜はゴレム技師エルカ・パトラクシェにかけられた呪いの魔法を解いた。
:
;第13巻
:弱冠10歳のパルーフ国王に自信を持ってもらうための冬夜の思いつきをきっかけに、ブリュンヒルドで15カ国を招待した競技祭が開催される。競技会3日目が終わった後、夜にユーロンで小規模のフレイズの襲来があることがわかり、専用機とブリュンヒルド騎士団のフレームギアで対処する。フレイズが出現してからしばらくすると、暗黄金のフレイズ（変異種）が現れてフレイズを捕食し始める。さらに支配種のギラが現れ、冬夜と戦うギラは荷電粒子砲のようなものを放とうとするが、ユミナが専用機でギラを狙撃する。その隙を突いて冬夜はギラの核を破壊して討伐に成功する。しかしギラとの戦闘で神力を使った冬夜は眠りに落ち、36時間眠り続けることになる。冬夜が眠っている間も競技祭はつつがなく進み、4日間の日程は終了した。
:表世界と裏世界を行き来するための「次元門マーク2」を裏世界に設置するため、冬夜は「次元門」で裏世界に移転する。ゴレムを入手するため、「赤猫」のニア達の案内でブラックマーケットを訪れていると、「狂乱の淑女」ルナが、紫の王冠、ヴィオラを伴って現れて、ブラックマーケットの人々を殺戮する。冬夜達がルナを止めようとすると、冬夜の強さを気に入ったルナは「今度はルナを殺してね？」と囁き、去って行った。
:
;第14巻
:裏世界に変異種が現れ、表世界からの転移者が発生したことが分かる。神様に呼び出された冬夜は、表世界と裏世界が融合して神様の手を離れること、神の手を離れた世界は消滅させる可能性があるが、冬夜が邪神を討伐すれば冬夜を上級神と認め、融合した世界の管理を任されることを告げられる。世界の管理を重荷に感じて自室で考え込んでいた冬夜であったが、ユミナの励ましで腹を決める。
:冬夜はベルファストのヤマト王子の心臓にフレイズの「王」の「核」が宿っていることを知る。ベルファスト国王夫妻の同意を得て、冬夜はヤマト王子からフレイズの「王」の「核」を取り出す。「核」は女性型の支配種に姿を変え、メルと名乗った。冬夜から結晶界からメルが去った後のフレイズ達の行動を伝えられたメルは塞ぎ込んでしまう。
:裏世界での協力者になってもらうため、冬夜はエルカ技師に自分が別世界の王様であることを話すと、エルカ技師からトリハラン神帝国のプリムラ王国への侵略を止めることを頼まれる。彼女からプリムラ初代国王が異世界から来たレリオス・パレリウスと聞き、冬夜は表世界から当時を知っているバビロン博士を連れてくる。プリムラ国王との会談で、国王が発した「古き言葉」（古代魔法言語）にバビロン博士が答えたことで、国王は冬夜達が異世界から来たことを信用した。
:冬夜は戦争を止めるため、トリハランの総大将の第二皇子リスティン（第一皇女リスティス）を攫う。彼女も戦争終結を望んでいたが、自分を人質にしても元老院は戦争を続けると言う。冬夜は彼女の教育係のゼロリック卿と共に、元老院を牛耳る議長を確保するためにトリハランに向かうと、記憶をなくしたエンデが議長の護衛となっていた。冬夜はエンデを捕獲し、議長を捕らえてトリハラン皇帝の元に連れて行く。ゼロリック卿から話を聞いた皇帝は、第一皇子の進言もあって、元老院解体とプリムラとの和睦を決断、戦争は終結した。
:メルの元にエンデを連れていくと、メルはエンデの記憶を呼び起こし、二人は長い時を経て再会を果たした。

現実世界で車に轢かれそうになった少女を助け出した主人公・軍場朝陽は昏睡状態に陥り異世界に誘われ第二の人生を送る。一方、朝陽の姉・軍場真夜は昏睡状態の朝陽が呟いた異世界が気掛かりで昏倒程度の自殺をし朝陽のいる異世界へとやってくるのと同時にチート級の力を得て合流を果たす。軍場姉弟は元の現実世界に戻る術が無いままシーザリオ王国の首都エピファネイアを拠点として、姉弟共に様々なクエストを受けながらファンタジー生活を送る。

機械の住人の住まう惑星グランベル。その唯一の人間であるシキ・グランベルは、惑星ブルーガーデンの冒険者ギルド流星の灯に属するレベッカとハッピーとの出会いを機に、外の世界である桜宇宙（サクラコスモス）に旅立つ。

レベッカとハッピー同様に流星の灯の一員になったシキは、桜宇宙の伝説の存在とされるマザーに懐かしいものを感じ、マザーに会いに行くことを決意。かつて魔王と呼ばれたシキの育ての親ジギーが遺した魔王戦艦エデンズ ゼロを発見した3人は乗組員となり、盗賊ワイズ、剣士ホムラ、アンドロイドのピーノなど、様々な仲間を集めながら宇宙を駆け抜けていく。

ノーマ編
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スカルフェアリー編
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ギルスト編
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デジタリス編
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ミルディアン編
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サン・ジュエル編
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ベリアル・ゴア編
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エデンズ ワン編
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レッドケイブ編
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フォレスタ編
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サンドラ編
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葵（アオイ）戦争編
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X495編
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レンダード編
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エデンズ ゼロ再会編
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巨人の両親を持ちながら体が小さく、剣すらまともに振れない非力な王子・ボッジ。耳が聞こえず言葉も話せない彼は、周囲から王の器ではないと思われていた。しかし、「カゲ」という友を得たことでボッジの人生は動き出す。

第1期は2023年4月から6月までTOKYO MXほかにて放送され、原作のプロローグ「幼年期」から第4章「ファーストステージ編」までの内容（原作第1巻から第4巻まで）が、おおむね原作に沿った形でアニメ化された。

第1話は90分の拡大スペシャルとして制作され、プロローグ「幼年期」の内容（原作第1巻の冒頭から結末まで）がまとまって放送された。放送に先駆けて3月17日より全国の映画館にて第1話が『【推しの子】Mother and Children』のタイトルで先行上映された。配給は角川ANIMATION。

第1期の放送終了後、第2期の制作が発表された。第2期は2024年に放送予定。

少女漫画家・久我一郎（ペンネームは「ここねモモティ」）は、父親が亡くなったことをきっかけに、妹や弟を養うために日々懸命に働いていた。彼はある日、アシスタントの五色しおりと出会い、彼女から「私は、流れ星の民の姫。あなたと婚姻関係の契りが結ばれた」と宣言された。

2015年2月18日、冴えない浪人生として暮らしていた花咲凛子は、志望大学に追加合格したという通知を受けた直後、何者かによって突き落とされ、転落死するという最期を迎える。だが目が覚めると、彼女は自分が生前読んでいたファンタジー小説の世界にいること、そしてその小説の登場人物の一人であるレリアナ・マクミランに転生していることに気付く。小説の中のレリアナは貴族の令嬢であり、しかも婚約者に暗殺される運命にあることを知っていた彼女は、この世界で強い権力を持つチェイモス王国の王位継承者ノアボルステア・ウィンナイトに取引を持ち掛け、6か月間だけ婚約者のふりをしてもらう。かくしてレリアナは、ノアボルステアの婚約者として彼の屋敷で暮らすことになる。

;神無き世界のカミサマ活動
全知全能と言われる謎の神様「ミタマ」を崇拝する教団の教祖の息子として生まれた卜部征人。彼は団体の次期教祖となるための儀式に無理矢理参加させられ、その最中の事故で命を落としてしまう。次に目を覚ました時、彼は見知らぬ異世界にいた。その世界の村人たちと仲を深め、次第に生活に馴染んでいく征人。しかしその世界には、一定の年齢に達すると皇国から自殺を強制される「終生」と呼ばれる制度があり、征人と仲良くなった友人たちも、その制度の対象となってしまう。征人は村の友人たちを守るために、皇国と戦う決意をする。

;神無き世界のおねーちゃん活動
現代社会の各地で活動する新興宗教を、その肉体的武力を持って制圧・吸収する教団「神地崇教」が存在した。その教団に在籍する武術部主任卜部千夜丸は、最愛の弟「征人」に会うため急ぎ制圧活動の最中、教祖から直々に弟は異世界へ転生したことを告げられる。教祖ですら制御できない弟への偏愛が極まり錯乱する中、自分も転生すれば弟に会えるかもしれないと提案された千夜丸だったが、その屈強すぎる肉体により達成は困難を極めた。最終的に神地崇教に半ば脅迫する形で同じ儀式を執り行ってもらったことで、教祖が思う征人の異世界転生の意図に反するながらも征人のいる異世界へと向かう。

発展した文明を持ち、数多の星々を支配下に置く宇宙の帝国「アザトス」。その星間調査隊の一員であるリザ・ルーナは侵略の前段階として地球の調査に訪れる。初めは地球の文明レベルの低さに呆れるリザだったが、食事のために立ち寄ったカフェで、他の宇宙の星々では考えられない「可愛すぎる」生物・猫と遭遇するのだった。

キズナアイは、CGによるキャラクターアニメーションをYouTubeなどに投稿するYouTuber、バーチャルYouTuberの草分け的存在として知られなどと評されることもある。YouTubeチャンネル「A.I.Channel」と「A.I.Games」では両チャンネル合わせた登録者数は2020年11月現在のべ400万人を超え、総視聴回数は4.5億回を超えている。輝夜月、ミライアカリ、電脳少女シロ、バーチャルのじゃロリ狐娘Youtuberおじさんらと並んで「バーチャルYouTuber四天王（Vtuber四天王）」とされる。バーチャルYouTuber界では「親分」の異名をとる。

外見は萌え要素のある2.5次元美少女アニメ風のデザインで、イラストレーターの森倉円がデザインを行った。製作委員会が「Project A.I.」であること や、キャラクターデザイナー・CGモデル制作者は活動初期から公開されていたが、映像製作に関する具体的な技術や声優に関する情報は公開されていなかった。2020年4月24日のマネジメント会社独立に至って初めて、声優の春日望がボイスを提供していることが公表された。

2016年11月29日に最初の動画を投稿し、2017年2月頃から韓国などで先にブームとなり、その後に日本国内にも人気が広まった。YouTubeに投稿する動画はゲーム実況など一般的なYouTuberの様な内容だけではなく、バーチャルであることを活かしたものまで多岐にわたる。2018年からはアンケートに基づき自身のファンのことを「キズナー」（）と呼びはじめ、キズナーに協力を得てコンテンツを作ったり、キズナーの制作したファンアートを紹介するなどの動画が制作された。音楽のアーティスト活動も行っており、DE DE MOUSE、☆Taku Takahashi、TeddyLoid、Yunomi、中田ヤスタカ、W&Wなどから曲の提供を受け、いくつかは自身が作詞している。2018年には9週連続で楽曲をリリースし、その全てでiTunes Storeのエレクトロニック・チャートで1位を獲得した。2018年12月29日、30日には東京と大阪で初の単独ライブ「Kizuna AI 1st Live “hello, world”」を開催し、2019年にはサマーソニック東京公演に出演 するなどライブ活動も行っている。

キズナアイ本人は自分のことを指す言葉として「バーチャルYouTuber」という言葉を用いており、その略語である「VTuber」という言葉は自ら名乗らないようにしている。

PROLOGUE
企業の宇宙進出が進み、宇宙移民者スペーシアンと地球居住者アーシアンの対立が激化の一途をたどるA.S.(Ad Stella) 101。小惑星フロント「フォールクヴァング」にあるヴァナディース機関のラボでは、カルド・ナボの主導のもと、地球のオックス・アース・コーポレーションのMSガンダムが開発されていた。しかしガンダムに採用されたGUNDフォーマットの健全性を試作機のガンダム・ルブリスは証明できず、テストパイロットのエルノラ・サマヤは焦りを感じる。そんな中、GUNDフォーマットを危険視するデリング・レンブランの差し金で、MS開発評議会はオックス社への企業行政法による強制執行を決定。評議会配下の特殊部隊「ドミニコス隊」がフォールクヴァングに派遣され、エルノラの夫ナディム・サマヤたちの抵抗も空しく制圧作戦が進められる。カルドを始め多くの人命が犠牲となる中、ルブリスが偶然乗り込んでいたエルノラの娘エリクト・サマヤの生体情報を認証して起動する事態が発生し、敵MSを撃墜したエリクトに驚愕しながらもエルノラはルブリスで脱出を図る。ナディムの自己犠牲によってエルノラたちは離脱に成功するが、フォールクヴァングは破壊され、ガンダムの開発計画はすべて凍結される。
Season1
「ヴァナディース事変」と名付けられたフォールクヴァングの襲撃から21年の年月が流れ、ガンダムの開発者が「魔女」と呼ばれるようになったA.S.122。水星育ちの少女スレッタ・マーキュリーは母プロスペラ・マーキュリーの勧めで、ベネリットグループが運営する教育機関アスティカシア高等専門学園に編入してくる。スレッタは到着間近、宇宙空間を漂流していたデリングの一人娘ミオリネ・レンブランを意図せず救助するが、デリングから逃れ地球へ向かう予定だったミオリネを妨害する結果となり、責任をとるべくミオリネに強引に迫るグエル・ジェタークとMSによる決闘を受諾し、愛機のガンダム・エアリアルで圧勝する。ガンダムを使用した嫌疑でMS評議会に拘束され早々に退学の危機に陥るスレッタだったが、ミオリネの直談判によって再決闘が決まり、自身の威信をかけて戦いを挑むグエルのダリルバルデを激戦の末に下す。
こうしてグエルから学園の最強パイロットの証である「ホルダー」の称号とミオリネの花婿候補という立場を手に入れたスレッタは、慣れない学園生活に戸惑いながらも、アーシアンのニカ・ナナウラやチュアチュリー・パンランチ、学園の実力者であるエラン・ケレスと交友を深めていく。しかしガンダムの操縦者として改造されたエランこと強化人士4号は、スレッタが自身と同じではないとを知ると態度を一変させ、グエルを倒したうえでスレッタに決闘を申し込む。ニカたちの協力も受けてエランの駆るガンダム・ファラクトを退けたスレッタだったが、この時に発生したGUNDフォーマットの相互干渉が原因で、エアリアルがガンダムであることが確定的となる。スレッタは4号のオリジナルであるエランたちの策略でベネリットグループのインキュベーションパーティーにて糾弾されるが、ミオリネの機転でガンダムの安全利用を目的とした株式会社ガンダムの起ち上げが成功したことで危機を回避する。
地球寮の生徒たちも巻き込んだスレッタたちは、ミオリネと会社を手中に収めようとするシャディク・ゼネリが率いるグラスレー寮生たちと集団決闘になるも、シャディクの駆るミカエリスを辛くも撃破し、GUND技術による医療事業の成功を目指すべく起業する。事業が着実に進展していく一方で、ベネリットグループ内ではデリングの暗殺を狙う動きが本格化する。グループの開発拠点プラント・クエタにデリングやエアリアルを受領しに来たスレッタたち、さらにエルノラとしての正体を明かしデリングとの密談に臨むプロスペラが集うなか、シャディクの手引きで地球の武装組織フォルドの夜明けによる進攻が開始される。「地球の魔女」を名乗るソフィ・プロネとノレア・デュノクが駆るガンダム・ルブリス・ウルとガンダム・ルブリス・ソーンがクエタのMS部隊を圧倒していくなか、プロスペラに導かれたスレッタは改修されたエアリアルでソフィたちを撃退する。次いでスレッタはミオリネと瀕死のデリングに襲い掛かった敵兵をエアリアルの手で叩き潰すが、その残酷さを省みず安堵するスレッタにミオリネは恐怖を抱き、「人殺し」という言葉を投げつける。
Season2
プラント・クエタ襲撃から2週間後。事件について箝口令が敷かれた地球寮生たちの前に身分を詐称したソフィとノレアが編入生として現れ、スレッタはフォルドの夜明けの連絡係であることを告白しようとしたニカを襲うふたりにたまらず決闘を申し込む。ソフィたちは学園のオープンキャンパスで行われるエキシビションマッチ「ランブルリング」にMS型ガンビットガンヴォルヴァとともに乱入し、グエルの弟ラウダ・ニールを始めとして多くの生徒に被害を出すが、データストームで空間を掌握するエアリアルには及ばず、ソフィが命を落とす。
その後、生徒の死者を出した一連の事件の隠蔽と、「フォルドの夜明け」に対する強引な治安活動に対してベネリットグループには非難の声が集中し、グループは状況打破のために次期総裁選の開催を決定する。新たなエランとしてペイル社に従いつつも自分の命を最優先に行動する強化人士5号、サリウスを幽閉して世界の不平等を変えるという大義のために総裁の地位を狙うシャディク、そして「フォルドの夜明け」での捕虜生活を経て存続の危機に瀕したジェターク社の立て直しを図るグエルがそれぞれ行動を開始するなか、ミオリネはデリングの極秘計画クワイエット・ゼロの引き継ぎをプロスペラから打診される。プロスペラの過去を知り、さらにスレッタが母親に微塵も疑問を抱かないことに危うさを感じたミオリネは、総裁選へ立候補を条件にスレッタを巻き込まないことをプロスペラに約束させる。何も知らないスレッタは、ミオリネの17歳の誕生日に事情を知るグエルと三度目の決闘に臨むも、ミオリネによってエアリアルの機能を停止させられたことで敗北し、花婿の地位を失う。それでもめげずに学園生活にまい進するスレッタだったが、エアリアルの一部となっていたエリクトから、自身がエリクトの遺伝子より生み出されたリプリチャイルドであることを知り、プロスペラとパーメットスコア8に到達したエアリアルには不要として決別される。
ミオリネは総裁選での不利を覆すべく、反スペーシアン運動を停止させるべく地球のクイン・ハーバーに降り立ち、GUND医療を全面に押し出すことで支持を取り付ける。しかし、秘密裏にガンダムが量産されていた事実を把握していたプロスペラとエアリアルが破壊行動を起こしたことでクイン・ハーバーは戦場と化し、ミオリネは絶望感に打ちひしがれる。一方、グエルはこれまでの出来事の黒幕がシャディクであることを知り、サリウス確保のため学園に帰還する。シャディクもまたミオリネを花婿としてサポートしきれなかったグエルに怒りを滲ませ戦闘をしかけるが、死闘の末にグエルが競り勝ち、シャディクは仲間とともにドミニコス隊に捕らえられる。一方の学園内ではシャディクの差し金で幽閉から解放されたノレアが無差別攻撃を決行。ノレアは5号の説得に応じた直後ドミニコス隊の銃撃で死亡するが、学園は壊滅的な状況に陥る。
一連の争乱を重く見た宇宙議会連合は、ベネリット解体を目的に多数のMSと艦隊を派遣するが、そこに巨大要塞としての全容を現したプロスペラのクワイエット・ゼロが登場。要塞中枢に接続されたエアリアルが操る無数の無人機ガンドノードの集中攻撃で返り討ちにされる。この惨状を見たスレッタは自分の意志でエリクトとプロスペラを止めることを決意し、ミオリネもまた、罪悪感を抱えながらもスレッタの励ましで前進することを決意する。ミオリネたちはクワイエット・ゼロを掌握すべく直接要塞内部に突入するが、旧ヴァナディースの機体ガンダム・キャリバーンで囮を引き受けたスレッタの前にはエリクトが立ちふさがり、さらにグエルの前にはミオリネへの復讐心に駆られてガンダム・シュバルゼッテに搭乗したラウダが襲いかかる。激戦の末、グエルは撃墜される危険を冒しながらもラウダの説得に成功、スレッタがエリクトを必死に止めている間にミオリネは亡き母からのメッセージを糸口に停止コードを入力し、クワイエット・ゼロは機能を停止する。目的を達成したスレッタたちだったが、そこに議会連合が兵器転用した惑星間レーザー送電衛星「ILTS」による砲撃が襲いかかり、とっさにエリクトはエアリアルを呈して砲撃を受け止める。スレッタは、大破したエアリアルをクワイエット・ゼロに接続するよう語りかけるプロスペラを拒み、代わりにエアリアルの制御を移したキャリバーンを接続してエリクトに呼びかける。それに応えたエリクトは広大なデータストーム領域を展開し、それに乗じてミオリネもベネリットグループの解散と地球への資産売却を全世界に発表し、事態の収束を図る。これを認めない議会連合上層部は再度攻撃を強行するが、キャリバーンに呼応したガンダムたちが発するデータストームによってILTSは機能を停止。役目を終えた4機は、クワイエット・ゼロとともにパーメットの粒となって消滅する。
それから3年後。戦いを経験した者たちがそれぞれの人生を歩むなかで、生還したスレッタは、正式にパートナーとなったミオリネや、復讐心から解放されたプロスペラ、そしてマスコットキーホルダーとして生きながらえたエリクトとともに穏やかな生活を送る。

不眠症に悩まされる中見丸太（なかみ がんた）は文化祭の準備中に、校舎の上にある天体観測室にて同じく不眠症で隠れて睡眠を取る曲伊咲（まがり いさき）と出会う。互いに同じ悩みを抱えていることと側にいる時は良く眠れることに気づき、密かに観測室で一緒に睡眠と取ることを始めた。観測室の無断使用が学校側に知られ、廃部となっていた天文部を復活させて二人だけの部活動を開始する。活動を共にする中見は曲に対して段々と淡い恋を募らせる。

フジテレビと同じくフジ・メディア・ホールディングス傘下のラジオ局であるニッポン放送は、2021年6月17日に『無限列車編』のBlu-ray/DVDの発売を記念し『オールナイトニッポンGOLD』の特番扱いで番組を編成。

その後、同年9月8日の同局社長定例記者会見にて、Webラジオとして配信を行なってきた『鬼滅ラヂヲ』を2021年下半期番組編成にて土曜の午後の放送枠で編成する事を発表した。番組パーソナリティは、『オールナイトニッポンGOLD』含め、パーソナリティを務めた花江と下野が担当する。

当該番組は、radikoタイムフリー聴取期間終了後、Webラジオ版を配信していたアニプレックスのYouTubeチャンネルと音泉のプラットフォームにてディレクターズカット版を配信する
。

新作の放映に合わせて、2023年4月2日より、ニッポン放送ショウアップナイターで、もとから日曜ナイターの放送予定がされていない日の日曜19時から19時30分に第二期の生放送を開始予定

;放送日時の例外
*2023年4月16日:スペシャルウィークプレ編成として、19時台に鶴光の噂のゴールデンリクエストを生放送するため、20時から20時30分に1時間遅らせて生放送
*同4月23日:スペシャルウィーク特別編成として、ニッポン放送ショウアップナイター・ヤクルト対巨人の生中継のため放送休止（雨天中止の場合でも放送なし）
*6月12日:スペシャルウィークのプレ編成として、藤谷理子の"ラジオ、流れてよ!"映画「リバー、流れないでよ」スペシャル（19時~20時）生放送のため、20時から20時30分に1時間遅らせて生放送
*6月19日:スペシャルウィーク編成として18:00-21:30に明石家さんまのオールニッポンお願い！リクエスト～やってきました！日常日・「仰天！日常ロードショー」が生放送されるのと、前回のスペシャルウィークとは異なりプロ野球が全試合デーゲームであることから、21時30分-22時に2時間半遅らせて生放送

15歳ながら諸事情で引きこもり生活を送っている主人公のユナ。ゲーマーでもあるユナはある日、お気に入りのVRMMORPG「ワールドファンタジーオンライン」にログインすると、神様のいたずら（?）により、レア装備である「くまセット」を渡されたうえでゲームの世界そっくりの異世界に飛ばされてしまう。訳が分からないまま周囲をうろついていると、魔物に襲われている女の子を発見、くまセットの力でその女の子を助ける。最終的に、その女の子（フィナ）の案内で街に連れて行ってもらい、冒険者として異世界での生計を立てることになる。
元々ゲームを相当やりこんでいたことに加え、レア装備である「くまセット」のあまりのチート性能ぶりもあり、特に苦労することもなく異世界で生活の基盤を確立。時には街の人たちの悩みごとを解決したり、悪党を成敗したり、欲望の赴くままに行動しながら、異世界で暮らしていく。

ジャパンの澁宿（シブジュク）。不可解な事件に巻き込まれた元刑事ブライアン・ナイトレイダーのもとに、国家主導で発足された謎の組織マージナルサービスから採用通知書が届く。

マージナルサービスは、境界人と呼ばれる実在があり得ない伝説の生物の犯罪を取り締まり、その存在を隠蔽する「知られてはイケナイ新サービス」だった。ブライアンはその捜査官となり、ゼノを含めた集められた個性豊かな精鋭たちとともにニッカポッカを身に着け、日夜境界人と対峙しながら地球を守る仕事に身を投じることになる。

江戸時代末期となる頃、かつて最強の忍として畏れられた画眉丸は、死罪人として囚われていた。そんな中、打ち首執行人・山田浅ェ門佐切に極楽浄土と噂される島から「不老不死の仙薬」を持ち帰れば無罪放免になり、誰からも二度と追われなくなると告げられる。画眉丸は「愛する妻にもう一度会うため」に、仙薬探しの道を選ぶ。無罪放免を求める他の死罪人達やそれに同行する山田一門と、一見美しいが恐ろしい化物の住む謎の島で仙薬を巡る戦いが行われる。

園辺野小学校（そのへんのしょうがっこう）5年1組に転校して来た高田太陽は、同級生に「死神」とあだ名を付けられた少女西村茜がいることを知る。茜は「死神」とあだ名を付けられイジメを受けているのだが、転校生でクラスの事情を知らない太陽は、「死神」と言う「かっこいいあだ名」を持つ彼女と仲良くなりたいと行動を起こす。やがて太陽の茜に対する素直で真っ直ぐな言動は、周りに少しずつ変化をもたらす。
5年生編
第1巻（第1話 - 第18話、描き下ろし）
カバー裏キャッチコピーは 無知で、素直は、最強だ。
園辺野小学校5年1組に転校して来た高田太陽は、同級生に「死神」とあだ名される少女西村茜がいることを知る。茜は「死神」とあだ名を付けられイジメを受けているのだが、転校生でクラスの事情を知らない太陽は、「死神」という「かっこいいあだ名」を持つ彼女と仲良くなりたいと行動を起こし始める。同級生の北川虎太郎や笠原すみれが中心となり茜と太陽をからかうが、太陽は意に介さず茜を「友達」だと言って憚らない。さらに太陽の姉高田雪子、太陽の親友日野大地との交流、愛猫「クロ」との出会いを経て内向的な茜は少しずつ前向きになっていく。やがて夏休みが近づいて来た。
描き下ろしは、すみれから茜との「お付き合い」について太陽が質問されるエピソード。
第2巻（第19話 - 第29話、描き下ろし）
カバー裏キャッチコピーは 無知だから、素直だから、憧れたんだ。
ついに夏休みがやって来た。前巻で太陽と一緒に夏休みの計画を立てていた茜は、太陽とその親友である大地と3人で夏休みを過ごしていく。
描き下ろしは、写真コンクールのエピソード。
第3巻（第30話 - 第40話、描き下ろし）
カバー裏キャッチコピーは 成長する子供たちは、眩しい。
夏休みが終わり5年生2学期が始まった。さっそく新しいクラス委員選びが行われるが、紆余曲折の末、茜とすみれが選ばれた。そんなある日、茜はこれまで接点の無かった同級生安達海美に相談を持ち掛けられる。この相談をきっかけに茜と海美はお互いを名前で呼びあう友達となった。そして茜は初めて「友達たちと一緒に行く遠足」に出掛けることになる。
描き下ろしは、雪子の中学校の文化祭エピソード。
第4巻（第41話 - 第50話、描き下ろし）
カバー裏キャッチコピーは 子供は、怪我して、強くなる。
遠足が終わり運動会へ向けて動き出す5年1組。そんな中、運動が苦手な茜は落ち込んでいた。茜を励まそうと太陽は2人で校庭の遊具に上るが事件が起きる。事件の責任を感じた茜は運動会での勝利のため、すみれにあるお願いをする。そして運動会の日がやって来た。
描き下ろしは、雪子が撮った運動会のビデオ映像のエピソード。
第5巻（第51話 - 第60話、描き下ろし）
カバー裏キャッチコピーは この気持ちは、どこからが恋なんだろう。
運動会が終わり普段の雰囲気に戻った5年1組。クロの写真を見ていた茜たちに、すみれが意外な反応を見せる。この時クロの写真を見れなかった海美が「実物を見たい」と言い出したことから、後日、太陽と大地を含めた3人が茜の家に遊びに行くこととなった。初めての友達来訪に張り切る茜だったがハプニングが起きる。そして、このハプニングは茜と太陽の関係に変化を生じさせることとなる。一方、自由研究コンクールで表彰された海美は、以前望んだ私立中学校受験を両親から許される。しかし、私立中学校への進学は茜や太陽、何より想いを寄せる大地とは違う道を歩むことを意味しており海美は悩む。やがて季節は移りクリスマスへ。いつもの4人に、茜が誘ったすみれを加えた5人でクリスマス会を催したが、ある偶然の出来事が茜と太陽の関係にさらなる波紋を呼ぶ。
描き下ろしは、クリスマス会のプレゼント交換エピソード。
第6巻（第61話 - 第74話、描き下ろし）
カバー裏キャッチコピーは 距離で愛情は減らない。
年が明け、茜は高田一家と初詣に出掛ける。日野一家と海美も合流し、茜は初めて友達たちと一緒に参拝する初詣を楽しんだ。冬休みも終わり5年生3学期が始まるが、クラス委員、運動会、クリスマス会で茜と向き合ったすみれには、大きな心境の変化が起きていた。その変化は茜とすみれの関係を変えていく。そんなある日、特別な授業参観が行われ、茜は意外な人物と言葉を交わすことになる。
描き下ろしは、茜と太陽の天体観測エピソード。
第7巻（第75話 - 第87話、描き下ろし1および2）
カバー裏キャッチコピーは 大人への準備期間は、けっこう短い。
節分、身体測定、席替えと学校行事が続き、ついにバレンタインデーがやって来る。クラス内で友チョコの交換が行われる中、すみれは茜を出し抜いて太陽に本命チョコを渡そうと画策する。作成が功を奏し、すみれは太陽に本命チョコを渡そうとするが、その時あることに気付く。避難訓練を経て3学期も終わりに近づき、5年生は在校生として卒業式の準備を行う。茜はこの1年のことを振り返るのだった。そして春休みがやって来た。
描き下ろし1は、5人でプリントシールを撮るエピソード。
描き下ろし2は、エイプリルフールのエピソード。

6年生編
第8巻（第88話 - 第99話、描き下ろし）
カバー裏キャッチコピーは 善意は、ときどき人を傷つける。
4月となり6年生1学期が始まった。進級に伴うクラス替えにより、茜、太陽、大地、海美、すみれの5人は、北川たち数名の元5年1組児童と共に6年1組となる。ある日、茜と雪子はショッピングセンターのフードコートで茜と同じ年くらいの少女と出会う。当たりのキツい少女に、雪子は少女がプレイしていた携帯ゲーム機の島作り開拓ゲームの話題でグイグイ絡んでいく。少女が去った後、太陽、大地、海美が合流するが、雪子が聞き出した少女の名前から、茜は彼女が不登校のクラスメイト稲田空であると海美に教えられる。その後、フードコートは茜たちの遊び場になり、空との付き合いも増える。
描き下ろしは、すみれと空が初めて会った時のフードコートでのエピソード。
第9巻（第100話 - 第112話、描き下ろし）
カバー裏キャッチコピーは 一学期は、新しい友達ができる季節。
6年生1学期の前半。茜たちは様々なクラスメイトと関わりを持って行く。「死神」茜をライバル視する「魔女」に憧れを持つ林原莉奈。茜に男女関係を相談する西条瑠璃子。すみれに恋心を抱く水口歩夢。トカゲ団リーダー石田大雅。大地と仲良くして海美をやきもきさせる美人で大人っぽい吉村愛奈。太陽に戦いを挑む熱血スポーツ少女曽根紬。それぞれの交流がさらに新たな関係を作っていく。
描き下ろしは、思われニキビのエピソード。
第10巻（第113話 - 第124話、描き下ろし）
カバー裏キャッチコピーは 思い出は、シャッターの向こう側に。
6年生1学期も中盤。太陽は下級生から告白される。下級生にどう答えるべきか悩む太陽に茜はアドバイスをするが、アドバイスを受けた太陽が下級生に返した答えとは。父の日を迎え、茜は父を誘い横浜へと出掛ける。そこは若き日の父母が歩いたデートコースだった。思い出の地を歩く茜に妻の面影を見た父は、今は亡き彼女の母について語ると共に、父の日の心づくしに感謝を伝えるのだった。非常時に備え着衣水泳の授業が行われる。何事も無く平和裏に授業は進むが、あることをきっかけに茜、すみれ、紬の三つ巴の戦いが勃発する。毎年恒例の七夕集会の時期がやって来た。
描き下ろしは、ライバルのエピソード。
第11巻（第125話 - 第134話、描き下ろし）
カバー裏キャッチコピーは みんなで来たかった、海。
6年生1学期も終わりに近づき、クラスメイトたちとの日常が過ぎる中、茜と太陽は捨て犬を拾う。飼ってくれる人を探すが見つからず途方に暮れていた矢先、ある人が名乗りを上げる。昨年同様に「夏休みの予定表」を作る時期となった。だが昨年とは違い、茜は友達たちとフードコートに集まって予定を作っていく。夢中になって作るうち時間はどんどん過ぎ、茜が父と約束した門限を守れるギリギリの時間となってしまう。そんな時、太陽が行きたい所があると言い出し、茜はどうするか判断に迷う。ある日、すみれから水着を買いに行こうと誘われる茜。すみれは思惑があって茜を誘ったのだが、いざ買い物を始めると2人とも段々楽しくなってきてしまう。ついに終業式となり、明日から夏休みが始まると言う中、愛奈がクラスメイトたちの連絡先を聞き始めた。愛奈が夏休みに遊びたい友達の連絡先を聞いているのだと太陽に教えられた茜は、これまでの自分にその発想が無かったと気付く。「最後の夏休み」と言う北川に太陽が返した言葉は、茜に思い切った行動を取らせる。茜、太陽、大地、海美、すみれは家族ぐるみで海水浴にやって来た。5人は真夏の海を満喫する。
描き下ろしは、夕陽の砂浜でのエピソード。
第12巻（第135話 - 第140話、描き下ろし）
カバー裏キャッチコピーは 林間学校の夜は、甘酸っぱい恋の時間。
6年生の夏休み前半、すみれ、莉奈、瑠璃子、紬は茜の家に集まり勉強会をする。勉強に飽きた紬の話から女子トークに花が咲き、やがて遅れて来た太陽と大地も交えて勉強会は和やかに進んでいく。ある日、茜は莉奈、太陽、大地と学校に出る幽霊を探しに行くことになる。薄暗い教室で4人はクラスメイトの烏山竜巳と会う。7月末、6年1組は自然の家で開催する林間学校にやって来た。大自然の中での活動に、はしゃぐクラスメイトたち。そんな中、茜は勉強会の最後にすみれが言った言葉について考えていた。その言葉を自分の想いと違う形で受け止めていると知ったすみれは茜を窘める。やがて恋のジンクスが噂されるキャンプファイヤーが始まり、太陽と踊るすみれは正々堂々と自分の想いを彼にぶつける。
描き下ろしは、肝試しのエピソード。
第13巻（第141話 - 第147話、描き下ろし）
カバー裏キャッチコピーは 芽生えた気持ちに、蓋をしないで。
キャンプファイヤーも肝試しも終わった林間学校の夜、すみれの言葉について茜と太陽はそれぞれ考える。翌朝まだ皆が寝静まる中、偶然出会った2人はそれぞれの想いを話し出す。花火大会で混雑する街中、ビル最上階のハンバーガーショップにいた空は窓の下に茜と太陽を見つける。すれ違う2人に業を煮やした空は何とかしようと行動する。お盆になり亡き母の実家に来た茜、今年も太陽がおり2人は一緒に行動する。昨年と同じ空の下で太陽と過ごし、茜は自分の恋をハッキリと自覚する。たまたまコンビニで太陽と会ったすみれ。聞けば今夜は太陽の家で茜とお泊まり会だと言う。
描き下ろしは、大地が竜巳に崇められるエピソード。
第14巻（第148話 - 第160話、描き下ろし）
カバー裏キャッチコピーは 二学期は、思い出がいちばんつまった季節。
夏休みも終盤、大地は茜、太陽、海美にラーメンをご馳走する。新メニュー考案の話の中で、大地は小さいころの海美との約束を語り出す。課題の自由研究を全くやっていなかった太陽と大地。夏休み最終日、海美を頼りづらい2人は茜に泣きついて来るが、結局は茜に促され海美のところへ行くことになる。
6年生2学期が始まり、久しぶりに歩夢はすみれと会う。早速、子猫の写真が見たいと言われ、階段下で歩夢がすみれに写真を見せているところに大地が来たことから、事態は思わぬ方向へ転がり始める。新学期となったことから席替えが行われ、またも茜の隣には北川が当たる。太陽は北川に席交換の申し出をするが、応じれば意識している紬の隣になるため北川は断る。しかし、クラスメイトが各々の事情で席交換の交渉を始める。
五千円紙幣を拾った茜たちだが、そこには見慣れた女性ではなく眼鏡の男性が描かれており、偽札ではないかとフードコートで議論となる。そこに空と海美が来て旧紙幣だと教える。
描き下ろしは、雪子の制服を茜が試着するエピソード。
第15巻（第161話 - 第165話、描き下ろし）
カバー裏キャッチコピーは 運動会。誰もが、誰かの主役でいられる日。
6年生2学期が進む中、子供たちにも少しずつ変化が訪れる。
大地には家族が増え、すみれは自分を心から心配する友達がいることを実感する。
描き下ろしは、運動会の後日談エピソード。

岩倉美津未は石川県の過疎地で育った真っ直ぐな性格の少女。中学卒業を機に東京の進学校・つばめ西高校へ入学したぴかぴかの高校生。「私はこの高校生活、ただの一度だって失敗しない!」「大学はもちろんT大」「法学部を首席で卒業」「死んだらお骨は日本海にまいてもらう」などの完璧な人生設計を持っていたが、入学式の当日に道に迷った上に通勤ラッシュに巻き込まれて人酔いし、早くも躓きそうになる。そんな美津未の様子を見て同じ学校の制服を着た背が高いスマートな少年・志摩聡介が声をかけてきて、一緒に学校へ行くことになるが…。

『災厄潰し』のシャグルアと、希代の死霊使い（ネクロマンサー）・『屍神殿』による世界の命運をかけた戦いの果て、世界は光りに包まれた。そして、現代の日本に1人の少年が転生してくる。

壁に囲まれた施設で外の世界を知らずに育つ子供たち。廃墟となった日本を旅する少年と少女。二つの物語が同時進行で語られる。

天国編
外界から隔絶された施設で暮らすトキオは抜き打ちテストの問題に「外の外に行きたいですか」という文言が一瞬、浮き上がるのを見つける。同じ施設に住むミミヒメは動揺するトキオに「外からふたりの人間が自分を助けに来てくれる。そのうちの1人はトキオと同じ顔をしている」という予言をおこなう。一方、動揺するトキオに声をかけた園長は「外の世界は地獄だ」と言う。トキオはククと生徒が立ち入りを禁じられている部屋に侵入し「赤ちゃん」を見るがなぜか大人に見つかることはなかった。やがてトキオは慕っていたコナの子を妊娠し男児を出産。園長はトキオの子を利用しようとするが、医師の猿渡はひそかにクローンの赤ん坊を作る。
施設が自衛隊の襲撃を受ける。一部の生徒は脱走。トキオの子はどちらがクローンかわからなくなり、猿渡は一人の足裏にマルを書き、書いていないほうをトキオに渡す。園長はトキオから赤ん坊を奪おうとするが、トキオは突然体を硬化させ赤ん坊を守る。大半の生徒たちは自衛隊に保護され、新しい名前で本土の施設や病院に引き取られる。硬化が解けたトキオは猿渡たちと壊れた施設に隠れ住んでいた。そこへ「大災害」が襲う。

魔境編
外の世界では、未曾有の大災害から15年が経ち、現代文明は完全に破壊され、生き残った人々はまだ使える施設を利用しながら細々と生活していた。そんな荒廃した日本をトキオとそっくりの顔をしたマルという少年がキルコという少女と旅をしていた。マルはミクラという女性から、「天国で同じ顔をした人間を探し、薬を打て」と命じられていた。そして、キルコはミクラからマルを天国まで連れていくよう依頼されていたのだ。天国という言葉を頼りに2人は、トマト天国の異名を持つ草壁農場にたどり着く。そこにマルと同じ顔をした人間はいなかった。だが、草壁農場に置かれた段ボール箱にミクラの銃にあるマークと同じものを見つけた2人は草壁農場と交易する東京に戻る。二人は不滅教団との出会いを経て、銃のマークがかつて存在した教育機関「高原学園」のシンボルであることを発見する。自動車を入手した二人は施設があるという茨城と奈良を目指す。茨城の復興省でキルコは稲崎露敏と再会するが彼に凌辱され決裂。二人は奈良を目指し旅を続ける。

通り魔から女性2人を庇って刺殺されてしまった椎名和也は、剣と魔法の異世界にて貴族の三男カイン・フォン・シルフォードとして転生した。

5歳の誕生日に慣例により教会で洗礼を受けると、そこで神々と直接対面し、加護を授かった。ところが確認したステータスは全ての神からレベル10（通常は3まで）の加護を授かっているうえ、そのほかの数値も規格外なとんでもなく強力なものとなっていた。

とんでもない高ステータスを隠しつつ、それでもやりすぎな程の功績を残しながら、異世界で暮らしていく。

フジテレビで放送されているゲームバラエティ番組『run for money 逃走中』（以下、「本家」と表記）を原案としたオリジナルアニメ。未来の月世界を舞台に運動神経抜群の青年・トムラ颯也が病弱の弟・ハルの為に、お嬢様の西洞院ルナや絶対王者のモーリス・シューメーカーら個性豊かな逃走者と共に、仮想空間での『逃走中』に挑む。

キャラクター原案は『地獄先生ぬ〜べ〜』で知られる漫画家・岡野剛が担当。シリーズディレクターの貝澤幸男やキャラクターデザインの大西陽一など、同作のアニメ版に関わったスタッフが複数参加している。

ゲーム中のナレーションは本家と同様、マーク・大喜多が担当する。

99番目の生贄として魔族の王に捧げられた少女・サリフィ。しかし彼女は自分の運命を受け入れ、王を恐れず歩み寄ることを決めていた。新月の夜、サリフィは生贄の儀式へと向かうが、そこにいたのは魔族ではなく、人間の姿をした王であった。
サリフィを妃にすると決めた魔族の王は、彼女からレオンハートという名を与えられ、人間と魔族の共生を目指し共に歩み始める。

プロローグ
ヨーロッパの一国、ナフレスのスラム地域に住んでいる少女 イヴは、一緒に暮らしている仲間達との生活ため、賭けゴルフで稼いでいた。極限の勝負でないと燃えない性格のイヴは、パワフルで豪快な7色の必殺ショット『レインボー・バレット』を武器に、徹底した「攻めのゴルフ」で賭けゴルフに勝利を収めてきた。
そんなある日、イヴは日本から来た天才ゴルファー・天鷲葵と出会う。プロゴルファーの両親から才能を受け継ぎ、プレッシャーとは無縁でゴルフを純粋に楽しむことで相手選手を絶望に突き落とす『無邪気な暴君』と呼ばれる葵だったが、初めて自分と対等に勝負できるイヴに惹かれていく。
序盤
葵との再戦のため、イヴは裏社会を取り仕切るカトリーヌに直談判し、「U15女子世界選手権」最終日に潜り込むことに成功する。試合はイヴと葵の一騎打ちになるものの、アンリによる悪質な妨害行為により葵がパットをミスして、スコア的には引き分けに終わる。
葵の帰国が翌日に迫る中、2人は決着をつけるため、出国前の早朝にコースで会う約束を交わしていた。しかしイヴはカトリーヌの仕切る賭けゴルフに参加することになり、『死神』の異名を持つ地下ゴルファー・ヴィペールと戦うことになる。匂いを用いたヴィベールの策略を見抜いたイヴは勝利を収め、ヴィベールの運転で葵のいるコースへと急ぐが、葵はすでに帰国の途についていた。
日本に帰国した葵のことを忘れられないイヴは、バーの店主クラインからVRゴルフゲームの話を聞く。VR施設からログインした先では、謎のメールでイヴが来ることを知らされた葵が待っていた。仮想現実で勝負をする二人だったが、葵はイヴに「正式な大会で勝負をしたい」と告げる。
中盤
スラムの再開発計画により、イヴたちの住む家が7日後に取り壊されてしまうことが決定した。カトリーヌは、イヴを専属の賭けゴルファーとして雇うことを望んでおり、それに従えば新たな住処を得られる可能性があった。だが、このまま裏社会に関われば、葵との約束は果たせなくなってしまう。ヴィペールと組んだイヴは、勝負に臨む。
勝負の相手は、これまで目をかけてもらっていたローズ・アレオンだった。ローズはイヴと同じ師匠の兄弟子であり、イヴ以上の攻撃的なショットと精度でイヴを圧倒する。劣勢を強いられるイヴであったが、これまで打てなかったスライスショットを放って、絶体絶命の危機を打開する。
一方、強打を連発してしまったローズは「右手の義手」が壊れてしまうが、片腕でも驚異的な飛距離とコントロールで勝負を続行する。イヴは勝負に勝利し、大金により家族たちは新たな生活を送ることになり、マフィアに狙われることになったイヴはナフレスを離れて、葵のいる日本へと向かうことになる。

市川京太郎は中二病を患う中学2年生で、日々殺人の妄想を繰り広げていた。彼は自分と対照的な同級生・山田杏奈から見下されていると思い込んでおり、特に彼女を殺したいと思っていた。

ある日、京太郎は山田が学校に食べ物を持ち込み、図書室で食べているのを目撃する。その後も山田は美少女のイメージとはかけ離れた言動をとり、京太郎はそんな彼女を放っておけなくなるが、その理由が分からず煩悶する。そんな折、体育の授業で山田が負傷するアクシデントが起こる。負傷に涙する山田を見ていた京太郎もいつしか泣いており、自分が山田に恋していることを自覚する。

一方の山田も当初は京太郎のことを特に気に留めていなかったが、次第に彼に関心を抱き、お気に入りの漫画を貸すなど自分から積極的に交流を図るようになる。そして2学期最後の登校日、山田は漫画の続巻を貸すという理由で、クリスマス・イブに京太郎と会う約束を取り付ける。

リコとロイの旅立ち
ポケットモンスター、縮めてポケモンと呼ばれる不思議な生き物と人間が互いに助け合って生きている世界。パルデア地方に住む少女・リコは一人でカントー地方に渡り、セキエイ学園に入学。新入生用のポケモンとしてニャオハを貰うものの、気ままに動くニャオハとは上手く付き合えず、時間をかけて理解しようとする。

時が経ち、大型連休を迎えた日。パルデア地方に帰らず寮に残ったリコは学園を訪れた男・アメジオと出会う。何故か初対面なのに自分と祖母のことを知っているアメジオに不信感を覚えたリコはこっそり寮を抜け出すが、アメジオとその連れに祖母から貰ったペンダントを狙われ、追われた。アメジオらに追いつかれたリコはリザードンに乗った男・フリードに出逢い、何も知らされないまま上空の飛行船「ブレイブアサギ号」に連れて行かれてしまう。フリードらは世界を旅しながらポケモンの謎を解き明かす冒険家チーム「ライジングボルテッカーズ」であり、リコと彼女の持つ不思議なペンダントを護衛する依頼を受けていた。

依頼主であるリコの母のもとに向かう途中、トラブルに係り不時着したカントー地方の離島にて、謎めいたモンスターボールを持つ少年・ロイは飛行船から転落し、島内を散策していたポケモンホゲータと交流を深める。そこにリコのペンダントを狙うアメジオら「エクスプローラーズ」が急襲。ポケモンバトルで応戦する中、ペンダントが見たことのないポケモンに変化してリコ達を守る。またこれに共鳴し、ロイのモンスターボールからは黒いレックウザが空に飛び出し去って行った。そしてリコとロイは改めて「ライジングボルテッカーズ」の一員として冒険に旅立つ事となる。

冒険の途中に出会ったポケモン・オリーヴァがいにしえのモンスターボールに入ったことから、オリーヴァや黒いレックウザが、伝説として語られる「いにしえの冒険者」ルシアスと共に旅をした「六英雄」と呼ばれるポケモンであることを知る。詳しい情報を得るため、各地で旅をしているリコの祖母・ダイアナに会いにガラル地方へ向かう。ダイアナは自身の過去の冒険を語った上でリコたちに六英雄を探すよう伝え、ライジングボルテッカーズに同行することになる。

第一部
主人公 鳥栖哲雄は平凡なサラリーマン。推理小説オタクであり、趣味で推理小説を50本も書いてネットで公開しているほど、ミステリの殺人トリックや殺害方法を知り尽くしている。これまで妻と娘の3人で幸せな家庭を築いてきた。

ある日、一人暮らし中の大学生の娘 零花に久しぶりに会った際、顔に暴力の痕跡を見つける。娘のマンションで手がかりを探っていたところ、娘の彼氏・麻取延人が訪ねてくる。とっさにクローゼットに隠れて電話を盗み聞きしているうちに、妻の実家の財産を奪い取るために零花に近づいたこと、過去に二人の女性を殺害していることを知る。

さらには延人が「零花も殺す」と電話相手に喚きだしたことから、哲雄は娘を守るため、哲雄はこの男を殺すことを衝動的に決意、不意を突いて急襲し撲殺した。哲雄は、偶然部屋を訪ねてきた妻 歌仙と共に、推理小説で培った持ち前の知識で死体をバスルームで処理して証拠隠滅を図る。

しかし、撲殺した麻取延人は犯罪組織（半グレ）のメンバーで、かつ、組織上層部の凄腕の詐欺師 麻取義辰の息子であったことから、徹底した行方探しが始まる。半グレたちは哲雄を疑い、自宅を徹底マークするだけでなく盗聴器を仕掛け、さらには拉致して尋問を交えながら追い詰めていく。

歌仙と零花を守るため偽証を続ける哲雄に、半グレ実行部隊のリーダー格の青年 間島恭一は、「一週間以内に延人を発見できなければ殺す」と脅迫し連れ回す。哲雄は家族を守るため恭一を犯人に仕立てることを決意。歌仙の協力で延人の遺骨と証拠品を恭一の部屋に仕掛ける。恭一は組織に犯人として拘束され、哲雄は解放されるが、逃げ出した恭一は麻取義辰に真相を暴露する。

義辰は、零花のマンションに赴き、息子が殺されたと確信して逆上する。部屋で鉢合わせした哲雄と揉み合いになったあげく、義辰は自ら命を絶つ。哲雄は義辰の遺体を山中に埋め、事件を隠蔽して帰宅する（第6巻 第48話まで）。

第二部
事件から1か月後。台風で哲雄が義辰を埋めた山が土砂崩れを起こし、遺体が発見されたことで再び哲雄の苦悩が始まる。だが、哲雄の知らぬ間に鳥栖家は遺産受取人として零花を指名しており、半グレたちは零花をターゲットとして狙っていた。そんな中、4人の若い男たちが零花に接触するようになる。

そのうち、零花と同じキックボクシングジムに通っていた 金井憲広が「逃亡した恭一」と関係があったことが判明し、半グレたちに殺害される。恭一は組織を潰すべく、哲雄に半ば脅迫めいた共闘を持ちかけ、警察に自首して組織の情報を供述する。また、紫楽来 杉山と名乗る謎の占い師が零花の前に時折現れ、零花に対し将来起きる出来事を暗示する。

さらに、大学生に成りすました 石井信が、零花に金井の通夜に出ないかと新潟に誘う。しかし石井信は、半グレのメンバーであった。バイト仲間として零花に接触していた「哲雄の小説ファン」でもある高校生 小沢謙信の推理もあり、哲雄は零花を拘束していたと思われる場所を見つける。そこで石井信を始末していたのは、鳥栖家の裏側で活動しているヤクザとされている男であった。

ほどなく、事件の真相は旧知の刑事安元浩司に暴かれ始め、哲雄は自身の逮捕を予見、離婚届を準備するが、歌仙が置手紙を残して実家の村に帰ってしまう。哲雄は歌仙の実家がある群馬県に車を走らせながら、零花に歌仙との出会いや結婚の経緯、歌仙の実家がカルト教団であることを語る。

村に到着した哲雄は零花と引き離され 鳥栖洋二に軟禁される。脱走した哲雄は歌仙を探し当てるが、薬物で朦朧とした歌仙から、教祖の 鳥栖郷一郎が歌仙と零花を「オガミメ」にして子を産ませようとしていると聞き愕然とする。村に潜入した小沢謙信から、窪率いる半グレたちが村を襲うと聞いた哲雄に「郷一郎を殺し、村と半グレに潰し合いさせる」という計画が浮かぶ。

窪たちは郷一郎を誘拐し金を脅し取ろうと村へ侵入。歌仙の「オガミメ」就任の祭りの夜、哲雄は郷一郎の屋敷に侵入し郷一郎をスリングショットで殺害して歌仙を奪還。さらに郷一郎殺害を屋敷を襲った半グレの仕業に見せかける。半グレたちは洋二たち村人に討ち取られるが、一人生き残った窪は、高い戦闘力で村人を次々に殺害。村は壊滅状態となる。満身創痍の哲雄はこれを見て村に戻り、窪と直接対決する。哲雄はトラップを仕掛け、殺害寸前まで窪を追い込むが、窪が投げた日本刀が哲雄の胸に突き刺さる。村から徒歩で脱走していた零花は警察に通報。村にパトカーが到着するが、窪は「またな」とつぶやいて姿を消す。

3週間後、哲雄は病院で目を覚ます。歌仙と胡蝶の夫である与丞の証言で全ては半グレの仕業によるものとなり、哲雄は大量殺人鬼に立ち向かった英雄となっていた。哲雄は再び自首を考えるが、歌仙の家族を思う気持ちに心うたれ、いつか全てが明らかになるまで罪を隠し家族と暮らすと決める。零花は警察官になると宣言する（第二部終了 第150話まで）。

第三部
カルト教団が壊滅した大量殺戮事件から7年後。海外逃亡したと思われる窪の陰に怯えながらも、哲雄はおもちゃメーカーの課長に昇進。哲雄と歌仙の間には新たに男児 明が誕生し、歌仙は資格を取って明の通っている保育園にパート勤務していた。零花は大学を卒業し警察に採用され、交番勤務を経て刑事となっていた。

そんな中、哲雄は顧客に成り済ました男女に騙され、暴力団「間野会」の元メンバー殺害の疑いをかけられる。さらに元間野会員が立て続けに殺害され、刑事になった零花は逃亡中の 窪と 志野を疑う。

志野を名乗る人物によって自宅を放火された哲雄は、刑事の 戸島に囮になると持ち掛け犯人捜しを始める。零花は、恭一から「延人事件の真相」を聞き出しショックを受けるが、窪と志野を逮捕し、真犯人に引導を渡すと決意する。

窪に呼び出された哲雄は、「テロを防げば現在地のヒントを与える」と告げられる。警察と哲雄たちは、テロを防ぐべく「窪の残した暗号」に翻弄されるが、零花は一連の事件が「哲雄の自作自演ではないか」と疑い始める。

突然、哲雄と戸島が失踪。零花は恭一と共に二人の足取りを追う。零花のスマホに哲雄が連絡してくる。哲雄は指示に従わなければ戸島の身柄は保証しないと脅し、警察に通報せず指定した場所への移動を指示。零花と恭一はあきる野市のアパートの一室に侵入し、大型冷凍庫を発見。その中身に二人は驚愕する。（第三部 190話まで）

魔術士オーフェン
もぐりの金貸しオーフェンは、キエサルヒマ大陸でも有名な牙の塔出身の黒魔術士。彼には、天才魔術士と謳われ姉と慕っていたアザリーという女性がいたが、5年前に魔法に失敗し姿を消してしまった。彼女をつかまえて元に戻すため、オーフェンはトトカンタで知り合ったクリーオウやマジク達と旅を続ける。
魔術士オーフェンRevenge
アザリーの一件をひとまず解決し、オーフェンはクリーオウ、マジクと再び旅を続けていた。大陸随一の温泉街セーオンで身体を休めようとした一行だが、なぜか魔術士を非常に恐れるボナパルトファミリーに宿泊を妨害される。

2022年10月16日に発表された。「ストリートカルチャーとアキバカルチャーを融合した」イラスト・漫画を発表しているJUN INAGAWAがこれまで発表したアート作品のコンセプトを基にこのアニメの原案も務めるもの。

第1篇 - 第45篇
生まれつき人ならざるものを見ることができるため他人からも家族からも疎まれ、不幸と孤独にまみれて生きてきた羽鳥智世は、自暴自棄となり謎の男が薦めるままイギリスに渡り、闇のオークションに「商品」として身を委ねる。その会場でチセは骨頭の人外エリアス・エインズワースに500万ポンドで落札される。今までの人生に悲観的なチセに対して、エリアスはチセが魔法使いとして大きな素質を持っていることを明かし、自身の弟子にしつつ嫁にするつもりであることを告げる。イングランドでの生活のなかで、チセは自身と同様に不幸な境遇の者たちと出会い、彼らの心を救う中で自身の過去とも向き合うようになる。
学院篇

チセとエリアスは英国学園の学園長であるライザ・クウェラインから入学を歓迎される。チセは聴講生としてエリアスは魔法分野の臨時教師としてその学園へと入学することとなる。

東京大学に合格した男子学生・粕壁隼は、喧嘩別れした祖母の訃報を聞き、3年ぶりに帰郷する。

祖母が経営していた喫茶店「Familia」に足を踏み入れると、そこには強気な性格をしている服飾系の専門学校生 幕澤桜花、空手の使い手でギャグ好きの高校生 鶴河秋水、元子役タレントの女子大生 月島流星、料理人を目指している女子大生 小野白菊、バンド活動をしているフリーター 鳳凰寺紅葉という5人の美少女たちがいた。彼女たちは「Familia」に住み込みで働いている従業員であり、先代マスターである亡き祖母を慕って働いていた。

隼は「Familia」を畳んで月極駐車場にしようとするが、祖母の想いや桜花たちとの絆を知り、1年間で結果が出なければこんどこそ駐車場にするという条件で「Familia」を再建することを決める。

女子大生の茜は、彼氏からほかに好きな子ができたと言われフラれる。ストレス解消のために元彼・たくまに勧められて始めたゲームにログインするが、同じギルドの仲間の山田のせいでますますストレスをためる。元彼を見返すために足を運んだゲームのオフラインイベントで転倒した茜はイケメンと出会ったが、そのイケメンの正体は山田だった。山田をヤケ酒につき合わせ、酔いつぶれた茜は山田に介抱される。それを機に山田と関わるようになった茜は、山田とギルドマスターの瑠璃姫の仲の良さが気になり始める。ゲームのコラボカフェがオープンすることになり、瑠璃姫に誘われたオフ会で瑠璃姫が男性・瑛太であると知り茜は衝撃を受けるが、山田に彼女がいないと知り安心する。オフ会で知り合った瑛太の妹・瑠奈から遊びに誘われ喜ぶ茜だが、約束をすっぽかされる。茜を嫌い困らせたかったために取った行動だと瑠奈から聞いた茜だが、それでも瑠奈と話をし彼女に謝罪をされ、和解した。茜と山田の仲を進展させようと考える瑠奈だが空回りで終わる。

茜は山田の高校の学園祭に瑛太、瑠奈、鴨田と一緒に行く。そこで瑛太に冗談で山田との交際を提案された茜は赤面し逃走するが、後を追った山田にフォローされ、初めて彼から名前を呼ばれる。ギルドに新メンバーが加入したことに腹を立てる瑠奈。新メンバーについて探りたい瑠奈は、茜のスマホに山田の番号を登録する。体調を崩した茜は山田に助けられる。

3年前、勇者シオン・ブレイダンが聖剣の力により地獄の門を封印したことで、人と悪魔との闘いが終結した。しかし時は経ち、再び地獄の門が開いてしまい、世界各地に悪魔が現れ人々を襲撃するようになった。

地獄の門が開いてから3か月後、チェザ村の農夫トウカ・スコットは自分が掘っていた落とし穴によりシオンを死なせてしまい、村人と共に勇者を埋めて証拠隠滅を図るも、屍術師のアンリ・ヘイズワースによってシオンの死体に精神を移されてしまう。そして、死にたくなければシオンに代わって世界を救うよう脅迫され、幼馴染のユナ・ユニスと共に地獄の門を封印するために旅立った。

不良だらけの亞森高校に通う六道桃助は、普通の学園生活を夢見る臆病な少年で、同じいじめられっ子友達の大佐、課長とトイレでグチをこぼす日々を送っていた。そんなある日、六道の死んだ祖父から六道宛てに巻物が送られてくる。巻物が光り、六道の額に五芒星のマークを刻みつけると、六道は問答無用で「悪女」に愛される体質になってしまった。六道は校内外のさまざまな悪女、そして最強最悪とも呼ばれるスケバン向日葵乱奈に惚れられることになる。当初は乱奈を利用すれば平和な学園生活を送れるかもしれないと考えていた六道だったが、不良にボロボロにされても自分との約束を守り手を出さなかった乱奈に「漢気」を感じ、自分も漢気を見せなければならないと決意する。

六道は、クラスの不良リーダー飯沼波瑠也とタイマンをして認められ、友人となる。その後、亞森高校を仕切る番長の幼田小百合、白バイ警官に扮して暴走族を狩る姫野莇美に好かれ、次々と騒動に巻きこまれるが、漢気を見せて騒動を解決すると共に周囲に受け入れられていく。

幼田の騒動にも莇美の騒動にも不良チーム「鬼島連合」が関与していた。鬼島連合総長の松ヶ宮童子は、幹部を引き連れて亞森高校の六道のクラスに転校してくる。彼らの真の目的は、かつて鬼島連合をたった1人で壊滅させた乱奈を手に入れることだった。乱奈は、暴力にしか生きる意味を見いだせない自分は六道のそばにいてはいけないと、一度は童子とともに去ろうとするが、六道は、悪い乱奈とも楽しい学園生活を送れるくらいに自分が強くなると涙ながらに宣言。乱奈は六道のそばに残ることを決め、鬼島連合は撤退する。

六道は、課長の実家が闇金融の取り立てを受けたことから、闇金融を営む悪女山吹ミナミに出会う。また、過去に唯一乱奈をおとなしくさせた悪い心を鎮める数珠愚連無輪を求める中で、カンフーを操る悪女鈴蘭と出会う。ミナミと鈴蘭は、それぞれの騒動が解決したのち、六道らの後輩として亞森高校に入学することになる。

ホワイトデーに、六道の前に元鬼島連合の菫雷乃が現れる。雷乃が転校した針蔵高校は、謎の不良チーム「クロムサム」に襲撃を受けており、それを率いるのは針蔵高校の先代番長野玄雄一郎と元鬼島連合の椰子谷唯だった。六道らは、針蔵高校の番長岡森譲也とともにクロムサムを撃退。亞森高校と針蔵高校は同盟を結び、六道が両校の代表者に選ばれる。

4月になり、闇金融の金主桜沙知子の娘桜沙知代が新入生として亞森高校に入学してくる。沙知子の狙いは、六道の力で沙知代を更生させることにあった。沙知子の真意に気づいた闇金融幹部の天道朱鷺貞は、他の幹部たちとともに沙知代を拉致する。

誰からでもよく見られようと自分を作り上げ、振舞ってきた女子高生、白木陽芽。彼女はある日、些細なことからお嬢様学校を模した「カフェ・リーベ女学園」で働くことになる。そこは店員が女学園の生徒に扮し、客に給仕を行うサロンだった。陽芽は持ち前の外面の良さから、カフェの先輩である綾小路美月を何気なく「お姉さま」と呼んでしまう。それはこの店では大きな意味を持つ言葉だった。

ゲームでのストーリー機能は主にチーム〈シリウス〉の軌跡を描く「メインストーリー」、ウマ娘とトレーナーの出会い・交流を個別に描く「ウマ娘ストーリー」、過去のイベントのストーリーなどが含まれる「エクストラ」の3種類が存在する。基本的に、ストーリーをひとつ見終わるごとにジュエルがもらえる。

メインストーリー
チーム〈シリウス〉を舞台に、各章ごとに1人のウマ娘にスポットを当てる。ストーリーを全話閲覧すると、その章で主役となったウマ娘のサポートカードを受け取ることができる。なお、読み進めるためにはレースをクリアする必要があることもある。

各章ごとにフィーチャーされたウマ娘は以下の通り。
* 第1章「駆け出しの一等星」 - メジロマックイーン
* 第2章「小さながんばり屋」 - ライスシャワー
* 第3章「夢を掴む特急券」 - ウイニングチケット
* 第4章「滾り、渇望す」- ナリタブライアン
* 第5章「scenery」 - サイレンススズカ
* 最終章　前編「夢の原石」、後編「煌めきはどこまでも」 - スペシャルウィーク

ウマ娘ストーリー
育成ウマ娘とトレーナーの出会いやスカウトまでの経緯（1 - 4話）、およびスカウト後の交流（5 - 7話）を描いた全7話のストーリー。閲覧できるのは所持している育成ウマ娘のもののみで、親愛度を上げることで徐々に解放されていく。

エクストラ
過去に開催されたストーリーイベントのストーリーを視聴できるストーリーイベントと、周年記念イベントを振り返るアニバーサリーがある。
ストーリーイベントは基本的に当該イベントで解放できたストーリーまでしか閲覧できないが、プレイ開始前、もしくは不参加だったイベントについては第1話のみ閲覧できる（ジュエルは獲得できない）。

登場キャラクター
本項におけるキャラクター区分についてはゲーム版に準じる。背景設定はメディアによって異なる部分が多いため、固有のものは別個に記述した。なお、アニメ版の独自設定およびオリジナルキャラクターについては「ウマ娘 プリティーダービー (テレビアニメ)#登場キャラクター」、『シンデレラグレイ』の独自設定およびオリジナルキャラクターについては「ウマ娘 シンデレラグレイ#登場キャラクター」にて、それぞれ詳説する。

人類の誕生から700万年。進歩の兆しがない人類を見限った神々は、1000年に1度開かれる「人類存亡会議」にて、人類に「終末」を与える決議を行った。そこに戦乙女（ワルキューレ）の長姉・ブリュンヒルデは決議に待ったをかけ、超特別条項に基づく神VS人類最終闘争（ラグナロク）で人類の行く末を決めることを提案する。当初はその申し出を相手にしなかった神々だったが、ブリュンヒルデの挑発にプライドを傷つけられたことでラグナロクの開催を決定した。かくして、天界が誇る最強神たちと、秘術「神器錬成」で神器と化した戦乙女たちを伴う最強の人類「神殺しの13人」（エインヘリャル）による、13番勝負の幕が上がる。

第1回戦：中華最強の英雄・呂布奉先vs雷の狂戦士・トール
北欧の最強神・トールが出場する初戦に、ブリュンヒルデは中華史上最凶かつ最狂の戦士と謳われる呂布奉先をぶつける。生まれてから最強の名を独り占めにしてきた呂布は自分と互角に渡り合うトールに歓喜し、トールもまた、戦乙女の四女・ランドグリーズが神器錬成した方天戟で自身に傷をつけた呂布を好敵手と認め、戦いを楽しむ。呂布はトールのヤールングレイプルを方天戟で破壊するも、それは封じ込まれていたトールの全力を引き出すことになった。トールの秘技「覚醒雷槌」によって両脚を破壊された呂布は、闘技場に乱入してきた愛馬の赤兎馬に跨がり、生前に最強の敵との邂逅を信じて完成させた一撃「天喰」で逆転を狙う。全力での打ち合いの末に、呂布は神器もろとも右腕を失うが、全てを出し尽したことに歓喜しながら消滅する。
第2回戦：全人類の父・アダムvs全宇宙の父・ゼウス
人類に勢いを取り戻すべく、ブリュンヒルデは原初の人類・アダムを次鋒に送り込む。対する天界は、神々の長たるゼウスが自身の出番を待ち切れずに名乗りを上げる。アダムは戦乙女の七女・レギンレイヴが神器錬成したメリケンサックスと、あらゆる攻撃を一瞬で模倣する「神虚視」によって優位に立ち回り、その強さを認めたゼウスは最強形態「阿陀磨須」で対抗する。「阿陀磨須」の攻撃をも模倣するアダムだったが、これらの力はどちらも自らの身体に大きな負荷をかけるものであり、試合は相手の限界を待つ我慢比べとなる。そして遂にアダムが「神虚視」の高負荷による失明を迎えて敗北の危機を迎えるが、アダムは敢えて攻撃を受け続けることでゼウスを捕捉し、人類のために拳を振るい続ける。壮絶な殴り合いの末、ゼウスが耐えきれずに尻をつくものの、アダムが殴り合いの最中に既に死んでいたことが判明し、神側に軍配が上がる。
第3回戦：史上最強の敗者・佐々木小次郎vs大海の暴君・ポセイドン
2連敗で後がないブリュンヒルデは、神側の第3鋒が神すら恐れるポセイドンだと分かると対戦者を決めかねていた。そこに「史上最強の敗者」こと佐々木小次郎が名乗りを上げ、ブリュンヒルデは死後も岩流の技を進化させてきた小次郎に望みを見出す。小次郎は最速の先読み「千手無双」で真っ向から渡り合うが、底知れぬ強さを見せるポセイドンによって、戦乙女・フリストが神器錬成した備前長光三尺余寸をへし折られる。勝負ありと思われた直後、小次郎はフリストの能力で折れた刀を大小二本の刀へと「神器再錬」することに成功。加えて生前に戦った剣士達の技術を駆使する「二天岩流」でポセイドンに再び挑む。対するポセイドンは全力の攻撃によって小次郎の心を折りにかかるも、自身を信じる幾多の剣士達の鼓舞で奮起した小次郎は神の手すらも完璧に先読みする「萬手無双」に開眼。ポセイドンの攻撃を躱し続けた小次郎は奥義「双燕斬虎万刃撩乱」によってポセイドンを倒し、小次郎と人類はついに悲願の初勝利を飾る。
第4回戦：霧の殺人鬼・ジャック・ザ・リッパーvs不屈の闘神・ヘラクレス
ポセイドンの消滅を目にした神々は人類の強さとブリュンヒルデの本気を再認識し、ギリシャ神敗北の借りをギリシャ神で返したいとするゼウスらの要望でヘラクレスを出場させる。一方ヘラクレスが出場すると知ったブリュンヒルデは、当初からヘラクレスの対戦相手と決めていた殺人鬼のジャック・ザ・リッパーを選出し、ジャックの要望をヘラクレスが了承したことで両者は19世紀ごろのロンドンの街並みを再現した闘技場で激突する。ヘラクレスは、序盤からジャックの変幻自在な攻撃を真っ向から迎え撃ち、「十二の災禍と罪過」の御業で追い詰める。しかしジャックは、戦乙女・フレックを強制的に神器錬成させた手袋によって触れた物体を神器へと変化させる能力を、幾重にも巡らせた策謀によってヘラクレスを欺いた末にその左腕を切り落とす。劣勢になりながらも衰えず、人類に抱く愛をもって、ジャックの過去やそれに由来する歪みと向き合うヘラクレスと、その純粋な「真実の愛」を持つ心を絶望に染めたいジャックの戦いは激しさを増していき、最後はジャックが瀕死になりながらも手袋に自身の血を纏わせ、神器と化した手刀「Dear GOD」にてヘラクレスの身体を刺し貫くことに成功し致命傷を与える。しかし最後までヘラクレスの心は変わることなく、勝利したジャックもヘラクレスの心を絶望に染められなかった自身の負けを認める。ヘラクレスは人類の救済をブリュンヒルデに託して消滅し、ジャックは自身が経験のない感情を覚えながら第4回戦は幕を閉じる。
第5回戦：無類力士・雷電為右衛門vs宇宙の破壊神・シヴァ
4試合を終えて2勝2敗とイーブンになった状況で、兄のように慕っていたヘラクレスへの思いを押し殺したブリュンヒルデは、最強の力士・雷電為右衛門を選出して勝ち越しを狙う。一方負け越しを許容できない神側は、インド神話最強の破壊神・シヴァを出場させ、第5回戦は両者による真っ向からの格闘戦となる。
時を同じくして、これまでの試合を観戦していた神側の代表・ロキは、神々に拮抗する人類に対して抱いた疑問から、同じ代表である釈迦を裏切り者と疑う。両者は一触即発の状況となり、その場に毘沙門天率いる天界処刑人の七福神、試合を終えた小次郎、さらに人類側の代表として順番を待つ沖田総司と近藤勇が乱入したことで場外乱闘の機運が高まるが、ゼウスとオーディンの介入によりそれぞれに遺恨を残す形で、事態は収まった。
一方試合は、スルーズが神器錬成した超筋外骨締廻によって本来の力を発揮した雷電がシヴァの腕を自身の手で一本握り潰す波乱の展開を迎えていたが、互いに自身を信じるインド神界の仲間の思いを受けたシヴァ、力士ら人類の声援を受けた雷電は互いに自身の限界まで大技を繰り出し、人類・神問わず興奮へと導く。最後に最強の技をぶつけ合い結果としてシヴァが雷電の右腕を破壊する。力士の意地を貫き転倒を防ぐも余力を失った雷電は、悔いを残さずに全力の相撲を満足するまで取れたことをシヴァに感謝し、シヴァも最後まで膝をつかなかった雷電を褒め称え最高の試合を創れた事に感謝しその首を斬り落とし、神側が3勝目を手にする。
第6回戦：天上天下唯我独尊男・釈迦vs七福神一柱・毘沙門天⇒伝説の凶神・零福⇒第六天魔王・波旬
第5回戦終了後、ゼウスは第6回戦の神代表に釈迦を選ぶが、釈迦は闘技場に現れるや否や、人類側からの出場を宣言する。動揺と怒りを覚える神々であったが、ゼウスは釈迦の申し出を認め、対戦相手として毘沙門天を選ぶ。毘沙門天は他の七福神らと一つとなり、本来の姿である零福へと変化し、混乱の中、試合が始まる。
試合は、釈迦が押していくが、零福は戦っているうちに、釈迦が一番自分のことを理解してくれると知るようになり、自身が釈迦のようになりたかったのだと自覚する。そのタイミングで武器から素手での殴り合いに移行。釈迦のストレートを食らって零福はKOされ、元の善神に戻って再度人類を信じようとしていた。だが突如として零福の角が異変を起こし、零福に埋め込まれていた波旬の芽が覚醒。芽は零福の身体を苗床に第六天魔王・波旬へと成長。第2ラウンドへと移行する。
かつて冥界を半壊させた圧倒的なパワーとスピードに、今度は釈迦が深手を負わされて追い込まれていき、釈迦の神器・六道棍も破壊されてしまう。神器を失って絶体絶命に陥った釈迦であったが、零福の斧爻を神器蓮生で大円寂刀・零にすることで再び波旬に挑む。ついに身体を両断された波旬の身体は消滅を始め、零福は釈迦の勝利を喜び七福神らと共に旅立っていった。その姿に釈迦は涙し零福に別れを告げた。こうして対戦相手が変化する混沌とした戦いは人間側代表の釈迦が勝利した。
第7回戦：始まりの王・始皇帝vs冥界の王・ハデス
6回戦終了後、神側は釈迦の裏切りによって発生した出場枠にハデスがポセイドンの仇討ちをするべく出場を決める。一方ブリュンヒルデは7回戦の神代表がハデスだと知ると、ハデスに勝利できるであろう闘士として始皇帝を選ぶ。
戦いは一進一退の攻防となり、互いに相手を王と認め合う。始皇帝が自身の目当てを取ったことで、「星」を見れるようになり、徐々に始皇帝優勢となっていくも、バイデントにハデスの血を流し込んだことで進化した神器、宿命の四血槍による一撃を始皇帝が防ぎきれず、左肩を神器ごと貫かれる。始皇帝の想いに答えたアルヴィトは能力の全てを始皇帝へ捧げるを決め、神器である神羅鎧袖を始皇勾践剣へと形を変えて、ハデスに対抗するも撃ち合いに負け左肩を斬り飛ばされてしまう。絶望的な状況の中で勝機を見出した始皇帝は自身の信念と矜持を貫くため瀕死の状態で立ち上る。両者の最後の一撃がぶつかり合った結果、ハデスの宿命の四血槍が打ち砕かれる。斃れたハデスは始皇帝を王と賞賛し、弟達に誓いを守れなかった事を謝り消滅した。ハデスの消滅を見届けた始皇帝はハデスと戦い語り合ったことに感謝しハデスを『盟友』と呼びハデスへ礼を取った。こうして7回戦は始皇帝の勝利となり人類は遂に神に対して始めて勝ち越すことが出来た。
;　第8回戦：人類唯一の魔法使い・ニコラ・テスラvs呪われし蠅の王・ベルゼブブ
冥王ハデスの敗北に多くの神々が動揺や様々な感情を隠せない中、ブリュンヒルデは次の闘士にニコラ・テスラを選出する。一方で神側はベルゼブブが自ら次戦への出場を表明した。
戦いはベルゼブブの持つ能力『悪魔の羽ばたき』と神器の『アポミュイオスの杖』の力の前に苦戦を強いられるテスラであったが、神器である『-超人-自動機械B』を使い『神々の監獄』を発動させる。

中等部
明青学園中等部2年生の立花投馬・立花走一郎は同年同月同日に生まれたが、血の繋がらない兄弟である。母を亡くした投馬と父を亡くした走一郎・妹で1年生の立花音美の3人は、7年前に両親の再婚によって義兄弟となったのだ。

野球部に所属する2人は鬱屈した気持ちを抱えていた。野球部に大きな影響力を持つOBの息子である二階堂大輔という3年生が、監督の意向によって優れた能力もないままにエースとして起用され続けていたからだ。甲子園優勝から26年、エース上杉達也の巻き起こした明青旋風の見る影もなく、野球部は高等部も中等部も低迷を続けていた。投馬が投手・走一郎が捕手のバッテリーとして活躍することを夢見ていた2人は、高校は他校に進学することを検討するようになる。

だが、エースの不甲斐なさに憤っていたある日、二階堂が重い病を抱えていたことに気が付く。病院で奇跡的に手術が成功していた二階堂と対面し、死ぬ前に父親にエースとしての自分の活躍を見せるため監督に無理を言っていたという告白を受け、完全ではないにしろわだかまりを解く。そして明青のエースナンバー背番号1を託される。

高等部 1年目
明青学園高等部に進学した投馬・走一郎は、新監督として迎えられた大山吾郎、中等部からの内部生である駒耕作や一学年上の今川正、外部生の南郷四郎、大山監督の娘でマネージャーとして途中加入した大山春夏らとともに甲子園を目指す。1年生エース西村拓味とその父西村勇監督の率いる勢南高校、名門復活に取り組み1年生で4番の赤井智仁などの人材を確保した健丈高校（元須見工業高校）、プロ注目の3年生エース三田浩樹を擁する東秀高校など、東東京地区は強豪揃い。
そのさなか2人は大山監督と投馬の父の英介だけでなく、走一郎の実父の澤井圭一も明青学園野球部に所属していたことを知る。圭一は、1年生の東東京大会で負傷し引退したものの、上杉達也卒業後の世代で最も才覚を示した伝説のエースだったのだ。英介が古い納戸にこっそり保管していた背番号1も圭一から譲り受けたものだった。走一郎はエースを争ってみないかと英介や大山監督から提案されていたが、エースにふさわしいのはあくまで投馬だと固辞し、捕手に徹する。

夏の東東京大会初戦の相手は健丈高校。投馬にとって赤井智仁は第一印象の悪い相手だったが、プレーの中で考えを改める。明青が勝利を収めるものの、結果的にこの大会中投馬から打点をあげたのは智仁のみであった。その後も明青は快進撃を続け、準決勝戦で東秀と激突する。投馬は三田浩樹と熾烈な投手戦を繰り広げるが、経験と体力がおよばず惜敗。野球部の復活と投馬の活躍は世間からの大きな注目を集めた。入部希望者が続々と現れる中、中等部時代に監督に反発して部を辞めていた錦研二も戻り、新たな人員とともに野球部は練習を重ねる。

高等部 2年目
翌年、明青学園高等部に音美とピッチャー志望の夏野一番、三田浩樹の妹の三田亜里沙、赤井智仁の弟の赤井遼が入学する。投馬は智仁から自分たちも血の繋がらない兄弟であること、過去のトラブルにより兄弟仲がうまく行っていないこと、自分に対するコンプレックスから辞めてしまったが弟は元々野球好きで才能もあると考えていることなどを打ち明けられる。そして、おれを悪者にしてあいつをくどけと頼まれ、承諾。夏野や遼ら新入部員を迎えてこの年の野球部が始動する。

エースの投馬と走一郎どのバッテリーを中心に東東京大会を順調に勝ち進み、準決勝ではエース西村拓味の勢南高校を2-1で下し、決勝進出を決める。しかし投馬の父、立花英介が準決勝を観戦中にトイレで心筋梗塞を発症して病死。そのことから投げられないとした走一郎の判断で決勝戦の健丈戦では夏野が登板するも3-1で敗北し甲子園出場はできず、投馬達には不完全燃焼のまま2年目の夏は終わる。

ひなた凛が企画・原案を務める。デジタル絵画パーセプションアートが生まれて人々に浸透して10年たった世界を舞台に永茜高校での学園生活を描く。

将来を期待された秀才達の集う名門校・秀知院学園（しゅうちいんがくえん）。その生徒会のメンバーである副会長・四宮かぐやと生徒会長・白銀御行はお互いに惹かれ合っているものの、高すぎるプライドが邪魔をして半年が経っても告白することが出来ない。素直になれない二人は、いつしか自分から告白することを「負け」と捉え、「どう相手に告らせるか」ばかりを考えるようになる。

そして映画のチケットや連絡先交換などをめぐり、書記・藤原千花を交えて権謀術数の限りを尽くした“恋愛頭脳戦”を繰り広げる。またパリの姉妹校との交流会や会計・石上優の登場、風邪を引いたかぐやのお見舞いなどを経て夏休みを迎える。

男と女の夏休み編（5巻）
夏休みの終わりに、生徒会で花火大会に行くと決まる。だがそれまで一切進展がなく、また花火大会もかぐやは家の反対で行けなくなる。だがかぐやは近侍・早坂愛の手引きで家を抜け出し、白銀はかぐやを見つけ出して花火を見せた。

そして二学期に入り、白銀の誕生日や月見を経て、第67期生徒会が解散する。そして白銀はかぐやの懇願を受け、再び生徒会選挙に立候補すると決意する。

波乱の選挙編（7巻）
一年生から風紀委員・伊井野ミコが立候補するが、伊井野は選挙当日の演説で緊張から喋れなくなる。そこへ白銀が助け船を出したことで、接戦となるも僅差で白銀が当選する。そして新たに伊井野を会計監査に加え、第68期生徒会が発足する。

その後かぐやと白銀は密室にでキス寸前まで行き、後日かぐやは白銀に触れられ倒れてしまう。また伊井野ミコは生徒会での出来事を断片的に見たことで数々の誤解を生む。

勝利と敗北の体育祭編（9巻）
体育祭を前に石上は赤組の応援団に加入、体育祭で石上は急遽対抗リレーのアンカーを任されるも、自身の失敗を思い出し立ち竦む。だか白銀に励まされて追い上げるも僅差で敗れる。だが応援団の仲間に励まされ、結局体育祭は赤組の勝利に終わる。

その後白銀が誤って合コンに参加しそこで早坂と遭遇、またかぐやのガラケーが壊れスマホに買い換える。一方石上は体育祭を経て元応援団副団長・子安つばめに思いを寄せる。また白銀は飛び級でスタンフォード大学に合格、別れの時が近づく中、白銀は文化祭までに告白されなければ自分から告白すると決意する。

文化祭と二つの告白編（13巻 - 14巻）
そして秀知院文化祭・奉心祭が開催。石上はつばめをデートに誘い、無自覚に告白してしまう。そして二日目、奉心祭の象徴でもあるハートの風船が全て消え、キャンプファイアーが行われる中白銀が姿を消す。かぐやは白銀を見つけ出すと、白銀はハートの風船がキャンプファイアーの熱で舞い上がる様を見せて間接的に思いを伝える。そして共に海外留学するよう告げ、かぐやは白銀とキスをする。

ファーストキッスは終わらない（15巻）
かぐやはその後、脳の疲労から一時精神退行を起こす。戻った後、かぐやは互いに心を隠さない関係を望み自身のありのままを見せようとする。だが白銀は普段と異なるかぐやに困惑し、その対応に疲労し倒れてしまう。そしてクリスマスイブにはかぐやと白銀が藤原家でのパーティーに参加、そこで二人は揉めてそこから逃げ出すも、和解し再びキスをする。

NEW　GAME編（16巻）
同じ日、石上と伊井野はつばめにパーティーに招待される。解散後、つばめは石上と付き合えない代わりに体を許そうとするが、石上はそれを断る。そして石上は階段でふらつき落ちてしまうも伊井野がそれを庇う。だが代わりに伊井野が腕を骨折してしまい、それ以降石上は伊井野に優しく接するようになる。一方かぐやと白銀はデートに行き、そこでとうとう付き合いはじめる。そして冬休みを経て新学期が始まる。

石上は白銀のアドバイスを受けて子安に「告らせる」べく自分磨きを始め、つばめをデートに誘うことに成功する。また早坂は近侍となって以来四宮本家にかぐやの情報を流し続けていたが、罪悪感に耐えかねて修学旅行を前に辞任することを決める。

修学旅行編（18巻 - 19巻）
修学旅行の道中、早坂はかぐやに近侍を辞任することを伝える。また早坂はかぐやの情報をねらう四宮家三男・雲鷹に追われ、白銀を頼り旅行先の京都を逃げ回る。だが追い詰められ捕まりかけるも、かぐやが早坂を庇ったことで雲鷹は早坂を開放した。その後早坂は事後処理の為に修学旅行を離脱、かぐやと白銀は修学旅行を満喫した。

同じ頃、石上はと東京スカイツリーへデートに行く。一方、伊井野は文化祭などを経て徐々に石上に思いを寄せるようになる。その後バレンタインや石上と藤原の誕生日を経て、つばめら3年生の卒業式が行われる。そこで石上はつばめに告白するも、つばめは石上を恋愛対象として見ることが出来ずに振り、その後も友達でいるよう頼む。春休みに入り、かぐやは引越し前の白銀宅に来訪する。そしてかぐやは白銀に、四宮家長男・黄光によりかぐやの海外留学を止められ、白銀の父の会社を奪われたと明かす。

その後かぐやと白銀は3年生に進級し同じクラスとなる。そこへ四宮家と敵対する四条家長男・四条帝が転校してくる。そしてかぐやは白銀の新居に来訪、そこで2人は男女の関係となる。一方伊井野は石上への思いを自覚し、アプローチをかけるようになる。その後パリの姉妹校との交流会が行われるが、翌日四宮かぐやは秀知院から姿を消した。

最終章・『かぐや様は告らせたい』（24巻 - 26巻）
四宮家当主・雁庵が重体となった隙を四条が突き抗争となり、次期当主の黄光はかぐやと帝の縁談により和解を目論む。そのために白銀を10億円の手切れ金でかぐやと別れさせるが、白銀はその金でかぐやの救出を図る。そして生徒会総出でかぐや奪還作戦を展開、雁庵の遺言書を手に入れ黄光との交渉に成功する。だが雲鷹は納得せずかぐやの持つ遺言書の強奪を図るも、白銀がヘリでかぐやを救い出す。そして白銀はかぐやに告白し、二人は再び付き合うことになる。
その後、遺言書は4兄妹の交渉の上で廃棄となり、かぐやは四条との和解を果たす。そして白銀は父の会社を復興する為、秀知院を中退し海外へと旅立った。その後夏休みを経て生徒会選挙が行われ、伊井野が当選し生徒会長となる。そして石上を副会長に加え第69期生徒会が発足、二人は恋愛頭脳戦を繰り広げる。そして白銀やかぐやの卒業式でこの物語は幕を閉じる。

金塊を巡る旅の始まり（1巻 ｰ 5巻）
1907年冬、日露戦争から帰還した元陸軍兵の杉元 佐一は、眼病を患った幼馴染・梅子の治療費を得るため北海道で砂金を採っていたところ、アイヌが秘蔵していた金塊の噂を聞く。直後に杉元は冬眠明けのヒグマに襲われ、窮地をアイヌの少女・アシㇼパに救われる。

作中より5年前、アシㇼパの父・ウイルクを含む7人のアイヌを殺害し 金塊を奪った男・のっぺら坊 は、網走監獄の獄中から仲間に金塊の在処を伝えるべく、同房の囚人たちの体に金塊の隠し場所を示す刺青を彫り、脱獄させた。その刺青は「刺青人皮」として獣の皮のように剥がす事が前提で彫られたものであり、全てを集めて暗号を解くように作製されていた。杉元は梅子の治療費分の金塊を得ることと、残りの金塊をアイヌの手に戻しウイルクの仇を討つことを条件に、アシㇼパと行動を共にすることになる。

同じく金塊を狙う陸軍第七師団歩兵第27聯隊に所属する情報将校・鶴見 篤四郎中尉は、日露戦争で活躍しながら報われなかった師団員のため北海道征服を目論んでおり、その軍資金を必要としていた。その理想についていけず数名が造反を企てるが、うち玉井・岡田・野間の3名はヒグマに襲われ死亡、二階堂 浩平は鶴見との取引に応じ原隊復帰。ひとり尾形 百之助上等兵のみ第七師団を離脱する。

脱獄囚の中には戊辰戦争で死んだはずの土方 歳三がおり、彼もまた、かつての盟友・永倉 新八と合流し、刺青の囚人のうち何人かを仲間に加え、蝦夷共和国を再興するために金塊を追い求めていた。第七師団から離れた尾形は土方の用心棒となり、独自に金塊の情報を追う。

杉元とアシㇼパは、捕らえた刺青の囚人で脱獄王と呼ばれる白石 由竹を仲間に加え、各地に散らばった囚人を追いながら鶴見ら第七師団や土方一味 と交戦し、またアイヌらと交流を行ううちに互いの絆は深まってゆく。

網走監獄への潜入（6巻 ｰ 14巻）
杉元一味は、ウイルクの友人で「一緒に日本に来た」というアイヌ・キロランケを同行者に加える。彼は「のっぺら坊こそがウイルクである」と語り、一味は真偽と金塊の在処を確かめるべく、網走監獄へ向かうこととなる。その頃、土方はのっぺら坊とその仲間は極東ロシアのパルチザンと見当を付けていた。

第七師団の兵士で元マタギの谷垣 源次郎は、エゾオオカミのレタㇻをめぐって杉元一味と交戦したのち、アシㇼパのコタン（アイヌの村）で治療を受け静養していた。そこに女占い師・インカㇻマッが現れ「アシㇼパの連れの男3人のうちの1人が裏切る」と予言し、その心労でアシㇼパのフチ（祖母）が寝込んでしまう。谷垣はフチへの恩返しのため、アシㇼパを無事連れ帰ると約束し、インカㇻマッ、コタンの孤児チカパシとともに杉元一味の後を追う。

鶴見中尉は刺青人皮争奪戦に大混乱を巻き起こすべく、剥製師の江渡貝 弥作に贋物の刺青人皮を作らせる。杉元一味と土方一味はそのことを突き止めるが、贋物は第七師団に確保される。杉元一味と土方一味は結託し、さらに谷垣らも合流。お互いさまざまな思惑と猜疑心で探り合いをしながらも、のっぺら坊から全ての答えを得るため、一同は協力して網走監獄への潜入を行う。その網走監獄の犬童 四郎助典獄は、囚人を秘密裏に硫黄山使役することで得た資金で武装していた。

網走監獄の看守部長・門倉 利運は土方に心酔する内通者であった。杉元・アシㇼパ・白石は、土方一味や谷垣、門倉の協力のもと網走監獄へ潜入し、のっぺら坊と対面する。だが独房に居たのっぺら坊は替え玉であり、アシㇼパの父・ウイルクではなかった。門倉から独房にいるのっぺら坊が偽物だと知らされていた土方の目的は、杉元からアシㇼパを引き離して確保することと、杉元らを囮として本物ののっぺら坊を見つけ出すことであった。そこへインカㇻマッから情報を得ていた第七師団が駆逐艦に乗って現れ、のっぺら坊とアシㇼパの確保を目的として網走監獄を襲撃する。門倉がすべての囚人を解き放ったことで、監獄内の攻防は激化する。この騒ぎにより不安になった犬童は本物ののっぺら坊が監禁された教誨堂へと向かい、尾行してきた土方と戦い敗れる。杉元はのっぺら坊を探し出し、ウイルクだと確認するが、アシㇼパとの対面を実現する前に2名とも狙撃される。アシㇼパはその様子を離れたところから見ていたが助けに行くことができず、キロランケに抱えられ監獄の外へ逃れる。杉元とウイルクの救出は谷垣に託されるが、谷垣も2名を回収して監獄外へ出たところで第七師団に確保される。のっぺら坊（ウイルク）の死により、暗号の謎を解けるのはアシㇼパただ一人となった。

樺太編（15巻 ｰ 21巻）
アシㇼパは尾形から「狙撃されたウイルクと杉元に近づいて確認したが、ふたりとも死んでいた」と告げられる。傷心のままキロランケ、白石、尾形と共に、暗号の鍵を思い出すため父・ウイルクの足跡を求めて樺太 へと向かう。ロシア領へ密入国しようとしたところで、鶴見中尉が「近いうちに皇帝殺しの実行犯（キロランケ）が南樺太からロシアに密入国する」との情報をロシア側に流していたため国境警備隊に狙撃される。尾形は国境警備隊の一員である狙撃手のヴァシリと交戦し勝利、一行はさらに北を目指す。

谷垣と共に網走監獄で第七師団に捕らえられた杉元は、家永による脳外科手術を受け驚異的な回復を果たしていた。杉元らが狙撃された時にキロランケがどこかへ合図していた、というインカㇻマッの証言と、狙撃者の腕前から、自分を狙ったのはキロランケと手を組んだ尾形であると杉元は確信する。杉元と谷垣はアシㇼパを取り戻すべく樺太行きを決意し第七師団と結託、第七師団からは先遣隊として月島 基軍曹と鯉登 音之進少尉が同行する。鯉登の荷物に紛れてこっそり谷垣の後を着いてきたチカパシとアイヌ犬のリュウも樺太で同行することになった。

杉元達は豊原でヤマダ曲馬団と知り合い、公演を利用してアシㇼパに杉元の生存を伝えるべく曲馬団の樺太公演に出演する。公演中、山田座長の命を狙いロシア人が乱入したが、杉元らが倒して事なきを得る。山田座長は元陸軍将校で、曲馬団の巡業で得たロシア各地の情報を日本陸軍の特務機関に流しているスパイであった。公演後、山田座長から「パルチザン（キロランケ）の目的は、かつての仲間が収監されている北樺太（ロシア領）最大のアレクサンドロフスカヤ監獄（亜港監獄）ではないか」と告げられ、そこを目指す。

キロランケはウイルクと自分の若い頃を知るソフィアにアシㇼパを会わせれば、金塊の鍵を思い出すきっかけになるのではと考えていた。ソフィアは亜港監獄に収監されており、彼女を脱獄させることもキロランケの目的だった。タタール海峡が凍ると流氷の上を渡り、ロシアまで徒歩で行き来が出来るようになる。海が凍るのを待ってキロランケら4人は燈台に残されていたロシア軍の爆薬を使い、亜港監獄の塀を爆破しソフィアを脱獄させた。アシㇼパはキロランケの通訳でソフィアと話したことにより、ウイルクから教えられた暗号の鍵を思い出す。それに気付いた尾形に揺さぶりをかけられるが拒否。毒矢で尾形を誤射してしまうも、追いついた杉元が尾形を救い、杉元とアシㇼパは再会を果たす。キロランケは谷垣・月島・鯉登と戦闘になって重傷を負い、アシㇼパに看取られ息を引き取る。

尾形と月島が重傷を負ったため、一行は亜港に戻り治療を受ける。尾形は隙をついて病院から逃走し、単独で北海道へ戻る。杉元・アシㇼパ・白石・谷垣・鯉登・月島の6名は共に南下し、敷香で尾形との再戦を望むヴァシリと出会う。ヴァシリは尾形との接触を期待し、北海道まで杉元らに同行することとなる。

先遣隊からアシㇼパ確保の報告を受けた鶴見中尉は大泊に出向く。鶴見の狙いはアシㇼパを監禁して暗号の解読法を独占することであった。杉元らはアシㇼパと杉元・白石を引き離そうとする鶴見の言葉に不信を抱き、またアシㇼパと対面して動揺を抑えきれない鶴見の異様な姿を目撃して、咄嗟の判断でその場から逃走する。

北海道への帰還（22巻 ｰ 27巻）
杉元・アシㇼパ・白石は鶴見中尉の追跡を躱し、ヴァシリにも助けられて樺太を脱出。北海道に帰り着き、刺青の囚人探しを再開する。また金塊の在処の手がかりを知る刺青囚人のひとり海賊 房太郎と協力関係となる。

札幌で娼婦連続殺人事件と子供の誘拐事件が起こり、それぞれ犯人が刺青の囚人と思われた。残り3人分となった囚人を確保するため、全勢力が札幌に集結。杉元達は土方と再会を果たし、再び結託することとなる。娼婦連続殺人事件の犯行現場となった札幌麦酒工場にて第七師団も交えた戦闘となり、鶴見中尉によってアシㇼパが確保されてしまう。

鶴見中尉はアシㇼパに金塊の秘密を明かす。昔、砂金を集めたアイヌたちは幕府と戦うためロシアから武器を購入しようとしたが頓挫。樺太から北海道に渡ったアシㇼパの父・ウイルクはアイヌの村に潜伏し、アイヌの同志を集めて金塊を入手。独立国家を作ろうと目論むが、鶴見中尉の策略により仲間割れとなり同志は殺しあいになる。一人生き残ったウイルクは自分で顔の皮を剥がし、「のっぺら坊」となって網走監獄で暗号の刺青を彫り続けていたのだった。鶴見中尉は黄金に宿るゴールデンカムイは厄災をもたらし、これからも人を殺し続けるだろうと脅す。動揺したアシㇼパは暗号解読の鍵となる父のアイヌ名を口にする。

最終章（28巻 ｰ 31巻）
杉元・土方一味は海賊房太郎の情報を元に金塊の隠し場所を函館と推定し、列車で函館に向かう。列車の中でアシㇼパはついに刺青人皮の暗号を解く。一同は五稜郭で、金塊の半分で購入された北海道の広大な土地の権利書を入手する。さらに門倉の背中に彫られた最後の刺青がヒントとなって残り半分の金塊も発見。一方の鶴見中尉も暗号を解き、第七師団と五稜郭を攻める。アシㇼパたちは金塊を埋め戻して五稜郭を脱出し、函館駅行きの列車に乗りこむが、鶴見中尉も部下と列車になだれこみ、アシㇼパから権利書を奪う。鶴見中尉は杉元とアシㇼパに、権利書と引き換えに金塊を放棄すると持ち掛ける。杉元は権利書を奪い返したアシㇼパを機関車から投げ落とし、鶴見中尉と揉み合ったまま、機関車ごと函館湾に転落する。

6か月後、アシㇼパ、白石と東京に来た杉元は、再婚して目の手術をした梅子と再会し、こっそり持ち出していたひと握り分の金塊を渡す。その1か月前、アシㇼパと杉元は榎本武揚を訪ねていた。榎本は伊藤博文と西園寺公望を頼ること、権利書は写しを作ってアシㇼパが原本を持つよう助言する。白石は姿を消す。アシㇼパは杉元と共にアイヌの故郷に戻り、権利書の土地が国立公園や国定公園になるよう尽力する。鶴見中尉を失った鯉登は最後の第七師団長となり、月島は鯉登の右腕を全うした。3年後、アシㇼパと杉元の元に白石の顔とビルマ語が印字された金貨が届き、白石が金塊を全て持ち出したことが判明する。

OL・天海凪沙は、交際経験がなく内気な自分を変えるためマカオに旅行に出かけ、そこで自身を助けてくれた男性・漣蒼士と、パーティーで妻の役をするという契約を結ぶ。自分のことを大事に扱ってくれる蒼士に対し、凪沙は勇気を出し、処女を貰ってくれるように頼む。

2002年から長年続いているTVシリーズであり、2002年10月からテレビ東京系にて放送している。時間は土曜 8:30 - 9:00枠で2007年10月から2015年3月までが行われ、現在は2015年4月から日曜 8:30 - 9:00に行っている。

第1部（単行本第1巻 - 第16巻）
成績優秀な主人公・由崎星空（以下、ナサ）は、高校受験を控えた大雪の日に偶然道端で出会った少女・月読司に一目惚れする。ナサが彼女に声をかけようと道路を横断した際、トラックに轢かれてしまう。司は自らの身を挺してナサを助け、名前も告げずに去っていこうとするが、彼女のその姿にかぐや姫を連想したナサは、事故で満身創痍の状態であるにも関わらず司を追いかけ、そのまま告白をする。司が「結婚してくれるなら付き合う」と返すと、ナサは即答で承諾する。その直後、ナサは気を失ってしまう。

その後病室で目を覚ましたナサは、リハビリと勉強に打ち込み、退院後に一浪で高校にトップ合格する。しかし、司のことが忘れられないナサは高校に行く気になれず入学を辞退し、いつかまた司に会えることを期待して、人と出会える機会の多い接客や配達のバイトに明け暮れる。

司と再会できぬまま18歳になったある日、約束通り結婚するために司がナサの自宅を訪れる。ナサと司はその日のうちに結婚届を区役所に提出、本当の夫婦となった。

結婚式のことなど特に考えず、その後に合った自分たちの友人・知人にしか結婚した事実をつげないという、つつましくも初々しい新婚生活が始まった中、司のことを「姉様」と慕いナサとの結婚を認めないという鍵ノ寺千歳がナサたちのもとに押しかけてきて、ナサはそのまま拉致され、鍵ノ寺家へ連れられていく。そこから逃げ出すとき、ナサは鍵ノ寺家に月の石が保管されているのを発見した。それからナサは司と合流してとりあえず逃げだし、無事に帰宅した。

ナサと司は、ナサが元々住んでいたアパートにてそのまま夫婦としての生活を送っていたが、2人が住むには狭いため引っ越しを検討しはじめたとき、ナサが自分の両親に結婚の報告をしていなかったことに気がつく（新居の保証人になってもらおうとして思い出した）。ナサの母（叶香）は、自分たち両親と司を会わせないと保証人にならないと言って、ナサは司と共に半ば強制的に、両親が住む奈良へと向かわされる。

千歳にまとわりつかれながらも無事にナサの両親との面会を果たしたナサと司だが、東京の自宅に戻ると、自宅のアパートが落雷によって発生した火災により、ほぼ全焼していた。そのためナサと司は新たな家が見つかるまで、ナサの中学時代での同級生および後輩である有栖川姉妹の自宅にある離れに下宿することになる。有栖川姉妹に振り回されつつ、新しい夫婦の生活が始まる。

またナサは、中学時代の担任教師だった柳直子先生と再会。何度か柳先生と会ううちに、柳先生が結婚を決めたこと、ところが学校でやることになったICTの授業が全く手に負えず、結婚が延び延びになっていることを聞かされ、現在柳が教えている御伽女子高で、ナサはボランティアの講師をすることになった。ナサが担当することになった女子高生達は、自分たちと大して変わらない年齢である18歳にして既婚者であるナサと、その妻である司に興味津々。生徒達はナサの下宿先である有栖川家の銭湯にまでやってきて、さらなる騒動を引き起こす。

そんな中、愛情に溢れた夫婦の些細な会話の中で司は、自分とナサが初めて出会った時に交わしたときの話を、事故の大怪我の影響によりナサは半分しか覚えていないことに気がつき、有栖川家を出てしまう。さらに、自分の長年の理解者だった月読時子が死去（病気による自然死）したことによりさらに気落ちした司は、自分を探しに来たナサに対し、ナサが改めて自分の正体を知ったら、ナサが去って行くことになるであろうから怖いと、自ら別れを切り出す。だがナサは自分の思いの丈を司にぶつけ、それを聞いた司も「ホントは離れたくない」とナサに抱きつく。その時、ナサは司と初対面の時の、失われていた記憶を取り戻した。それは司が、かぐや姫が残した薬“蓬莱”を与えられた結果、不老不死になって約1400年を生きている人間だと自ら語ったこと、そしてそれを聞いてもナサは、それでも司と結婚したい、普通の人間に戻りたいという司の願いを叶えるためなら月にだって連れて行く、と言ったことだった。

FLY ME TO THE MOON（単行本第16巻）
約1400年前、竹取の翁が育てた、竹より生まれたという「輝夜（かぐや）」という姫の見合い相手の話で都はもちきりだったが、岩笠という男のひとり娘はそんな話に興味もなく、薬師として人々を助ける仕事に没頭していた。だが、輝夜が月に帰るという話が出て都がまた大騒ぎになっていた頃、娘は自分が病に冒され、立つことすらできなくなっていた。輝夜を迎えに月からやって来た軍勢を迎え撃つ兵の一人として戦に参加していた岩笠は、無事に娘の元に戻ったが、その翌日娘の病はすっかり癒えていた。その後、娘は自分がどんな怪我をしても瞬時に直ってしまうことに気がつく。輝夜が遺した不老不死の薬を、岩笠が娘に与えた結果だった。岩笠は処刑され、娘は「不死者の肉を食らえばどんな病も治るのでは」と考えた者達に追われては返り討ちにし、自殺を試みては失敗し、自分の名も忘れ、放浪するという凄惨な日々を過ごす。

やがて月に向かって、自分を普通の体に戻して欲しいと泣き叫んでいたところ、厩戸（うまやど）という政治家と出会い、娘の願いは自分か、自分の子孫がいつか叶える代わりに、自分が理想とする国作りを手伝ってほしいと言われる。娘は厩戸より「司」という新しい名を与えられ、行動を共にすることになる。

第二部（単行本第17巻 - ）
ナサは司の正体について思い出したが、それでもナサの司に対する想いは変わらず、より絆を深くしたナサと司は下宿先の有栖川家に戻ってくる。

その後千歳が、ナサ宛ての時子の遺書を届けに来た。そこにはナサに司のことを託す言葉などがと共に、「プレゼント」としてが封入されていた。

通夜の日に司はナサに、時子との出会いなどについての話をする。第二次世界大戦直後、国外に行っていた司が日本に戻ってきたときに保護して名付けた孤児が「時子」だった。やがて成長した時子は司の願いをかなえるため、アポロ計画による人類の月面到達に大きく貢献するという業績を上げた。だが月面では司が期待していたようなものは何も発見されず、輝夜の痕跡はなかった。そのため絶望した司は、ナサと出会う直前まで、山奥の屋敷に引きこもっていたという。

その、かつて司が引きこもっていた京丸の屋敷には司と時子の荷物が残されていたため、時子の娘である栞に遺品を整理してほしいと頼まれ、ナサと司、またふたりについてきた千歳は京丸へと向かうことにする。秘境探検の動画を撮ろうとしていたナサの生徒たちと鉢合わせになった以外に特にトラブルはなかったが、その屋敷でナサは、時子が残した5次元データーストレージを読み取るための機械部品を見つける。

当たり前のように魔法が存在し、誰もが当たり前のように魔法が使える世界「魔法界」。卓越した魔法使いたちが所属する魔法局によって管理される社会では、魔法の能力が高ければ社会の上層になれる一方で、能力が低いと落ちこぼれ扱いを受け、さらに魔法が一切使えない魔法不全者は殺処分される厳しい社会でもあった。

人里離れた深い森の奥にて日々筋トレに励む少年マッシュ・バーンデッドは魔法が使えず、養父レグロ・バーンデッドに密かに育てられていた。ある日、マッシュの存在が魔法警察にバレてしまい、警官のブラッド・コールマンに踏み込まれる。しかし、マッシュは長年の鍛錬で培った圧倒的な筋力とパワーで、かつてドラゴンも追い払ったという凄腕の魔法使いであるブラッドを返り討ちにしてしまう。マッシュの力を目の当たりにしたブラッドは、マッシュとその養父を見逃す代わりに、マッシュに魔法学校に入学して優秀生徒の称号である「神覚者」を獲得し、それに付属する莫大な助成金や権利を要求する。いずれにしても世界を変えなければ家族との平和な暮らしが得られないマッシュは、ブラッドの提案を飲み、魔法界の中枢を担うエリートを輩出してきた由緒ある名門魔法学校イーストン校への入学を決める。

魔法のエリート達が集まる魔法学校を舞台に、魔法が使えないマッシュは、その超人的な肉体のみを武器に「神覚者」を目指す。

「フォーク」は世間からは犯罪者予備軍と言われており、達成は学校でもそれを隠して生きてきた。ある日、達成は事故に遭いそうな稔世を助けた際、口に入った汗を甘いと感じたことから、彼が「ケーキ」であることに気づく。助けた礼として、稔世は屋上で達成の「食事」に付き合う関係となる。