魔法つかいプリキュア!2

本作品では2部構成のストーリー、並びにそれに伴う「敵組織の刷新」が採用されている。また、年間を通した物語としては第49話までで完結し、同話数の後半と第50話では後日談的なエピソードが描かれている。

第1部（第1話 - 第21話）
津成木第一中学校に通う主人公・朝日奈みらいは、もうすぐ中学2年生になる女の子。春休み中の十六夜月が輝く夜、みらいは無動作に飛行して落下した紫色の物体を目にする。翌日みらいは大事にしているくまのぬいぐるみ・モフルンを連れ昨日の物体の捜索に桜並木の遊歩道へ出掛ける。そこでモフルンをうっかり落としてしまい「落ちたわよ、ダメよ気をつけなきゃ」と上からの声にみらいが見上げると、そこには魔法のほうきで浮遊する少女がいた。彼女は魔法つかいのリコと名乗り「魔法の宝石リンクルストーン・エメラルドを探しに魔法界から人間界（魔法界ではナシマホウ界と呼称）へやってきた」と説明する。その時だった、同じくリンクルストーン・エメラルドを手に入れ世界侵略を企む闇の魔法つかいドクロクシー配下のバッティと怪物ヨクバールが現れる。みらいとリコは襲撃に遭うが、2人の持っていたペンダントがリンクルストーン・ダイヤへと変化し「伝説の魔法つかい」である魔法つかいプリキュアに変身。敵と対峙することになる。みらいは「奇跡」の力でキュアミラクルへ、リコは「魔法」の力でキュアマジカルへと覚醒しバッティらを退却させる。またその力でモフルンが言葉を話せるようになり、さらに魔法が察知できるようになる。

リコは通っている魔法学校へみらいを連れて戻るが、教頭にプリキュアになったことを告げても受けいれられないどころか、勝手に補習を受けずに魔法界を抜け出してナシマホウ界に行っていたことがばれてしまい、退学の危機に陥る。それを見たみらいは校長に掛け合うため学校内を捜しに出かけ、杖の木でとある男性に出会う。みらいが男性に経緯を話していると、役目を終えようとしている木からみらいに魔法の杖が授けられる。間髪入れずに2人を追ってきたバッティとヨクバールが学校を襲撃し、2人もプリキュアへ変身し応戦する。そして、魔法の杖から変化したリンクルステッキの必殺技でヨクバールを撃破、バッティを再び退却させる。それを見ていた男性がみらいに校長と明かし、さらにリコの補習を受けさせる形でみらいに春休みの期間だけ魔法学校にとどまるよう促す。よって、みらいはリコや他の生徒たち（ジュン・ケイ・エミリー）とともに魔法を習うことに。

教師のアイザックとリコの姉で実習生のリズから出される課題の習得と合格、そしてドクロクシーの側近のヤモーが送り込む幹部のバッティ、スパルダ、ガメッツらとの戦いを通じて、みらいとリコはより親密な仲になり、その過程の仲でルビー、サファイア、アクアマリン、ピンクトルマリンの4つのリンクルストーンも入手、さらに知識の森と呼ばれる書庫で入手した伝説の本リンクルスマホンから生まれた妖精の赤ちゃん・はーちゃんを育てるなど奇跡いっぱい、魔法いっぱいの生活を過ごす。そして5人は補習の全課程を合格しリコたちは進級を果たし、みらいは魔法学校の生徒として正式に認められる。同時にそれはみらいがナシマホウ界に戻ること、リコと別れることを意味していたが、校長はナシマホウ界に残りのリンクルストーンがある事を魔法の水晶の占いで察知し、そのことをリコに告げる。リコははーちゃんを連れてみらいを追いかけナシマホウ界に行き、これまでとは逆の魔法とは縁の無い世界で暮らしながらリンクルストーンを探すことに。リコは朝日奈家の計らいで居候し、春休みが終わった津成木第一中学校へも留学生の十六夜リコとして通い、みらいとクラスメイトになる。また「他人に魔法つかいと気づかれたら魔法の杖は没収」と教頭から伝えられたため、2人はそれを隠しながらナシマホウ界で暮らすことに。そんな中、2人が魔法のほうきで空を飛んでいる後ろ姿をクラスメイトの勝木かなに見られてしまい、彼女が「生徒の中に魔法つかいがいる」と周囲に告げた事により魔法の存在が広まってしまう。

2人はリコのトランクに入っていた魔法の水晶（自称キャシー）を通じて伝えられる校長の情報をもとにナシマホウ界でのリンクルストーンの捜索に当たるが、ドクロクシー側もその情報を嗅ぎ付け強奪を目論む。2人はドクロクシーの一味との戦いに次々と勝利しトパーズ、タンザナイト、ペリドット、ムーンストーンと順次入手していく。そうした中、はーちゃんとリンクルスマホンの存在がドクロクシー側に把握されてしまい、彼らの狙いがリンクルスマホンへと変わる。はーちゃんも自らが持つ不思議な力を発揮し、プリキュアの力となってスパルダ、ガメッツを倒していき、ガメッツに一度奪われたガーネットのリンクルストーンも手に入れる事ができた。そして、どこかへと向かった校長を捜すため魔法樹の頂上にある開かずの扉を見つけ、同時にアメジストのリンクルストーンも入手するが、はーちゃんはリンクルスマホンの中で眠りについてしまう。2人は開かずの扉を開けて校長がいる場所へと向かうがそこはドクロクシーの本拠であり、校長はドクロクシーの正体がかつての友人であるクシィの怨念である事を見破り、封印していた魔力を解放して戦いを挑むもドクロクシーに圧倒される。プリキュアもその強い意志を持ってドクロクシーに挑んだその時、その意志に魔法界が呼応しエメラルドが現れバッティを消滅させるも、リンクルスマホンと共にドクロクシーに取り込まれてしまう。加えてヤモーもドクロクシーに身を捧げ、ドクロクシーの力がさらに増幅する。2人ははーちゃんを助け出すため、そして魔法界の危機を救うため持ちうる力でドクロクシーを倒すが、その怨念が襲いかかろうとする。その時はーちゃんがみらいたちと同い年くらいの容姿へと最後の成長を遂げ、その力で闇を打ち払い怨念を浄化する。そして現れたクシィを天へと導くが、同時にはーちゃんもどこかへと消えてしまう。モフルンが感じ取った遠いどこかからの甘い匂いを残して…。

第2部（第22話 - 第49話）
はーちゃんが行方不明となって1か月ほど 経ち、みらいとリコははーちゃんの捜索をナシマホウ界にも広げるが手がかりは皆無だった。2人とモフルンははーちゃんがいなくなった悲しみを隠しきれず、リコは「もっと魔法を使いこなせれば、エメラルドやはーちゃんを見つけられるかもしれない」と魔法の勉強のため魔法界へ帰郷する考えをみらいとモフルンに明かす。

そんなさなか、校長の知人リアンがナシマホウ界の砂漠の遺跡で解放されていたランプを発見する。それは「忌まわしき災い」とされる魔神ラブーの復活を意味していた。ラブーは魔法界へ赴きヤモーを再生させ、ヤモーは2人を復讐すべくドクロクシーの骨から誕生させたスーパーヨクバールを使役し対峙する。悲しみにくれていた2人は苦戦を強いられる。その時だった。リンクルスマホンが光り出し、それに導かれたかのように2人と同い年くらいの少女が現れる。彼女はスマホンと所持していたエメラルドの「幸せ」の力により3人目のプリキュア・キュアフェリーチェへと覚醒し2人に加勢する。そして、スマホンの魔法のタッチペンが変化したフラワーエコーワンドの必殺技でスーパーヨクバールを撃破、ヤモーを退却させる。

戦闘後、彼女は自らがはーちゃんである事を2人に告げて感涙の再会を果たし、校長に頼み込む形でそのままリコ共々みらいたちと一緒に暮らすことになる。そして自身が記憶する「海のような花畑」と校長の「素直な言の葉（言葉）は魔法となる」の一言を聞き、温かい言葉を掛けてくれたみらいたちに感謝し花海ことはと名乗るようになる。同時に魔法のタッチペンで魔法が使えるようになるが、幼かったはーちゃんから急に成長したため最初の頃は安易に魔法を使ってしまい騒動となることもしばしあった。

一方、フェリーチェとスーパーヨクバールの戦いを見ていたラブーは彼女の強力な力に危惧し始め、ヤモーに声をかけたりもするが、ヤモーはエメラルドを奪うためことはを狙うようになるも、ヨクバールを倒され続け後がなくなる。ことはもヤモーに狙われると知って、みらいやリコに迷惑をかけていないかと思うようになり、家を出てしまうがヤモーに出くわし、自身をスーパーヨクバール化させた彼に捕らわれてしまう。初めはことはが捕らわれているためヤモーが優位に立つも、みらいとリコはことはを迷惑に思っていない、大好きだと告げるとその思いを受け取ったことははフェリーチェとなってヤモーを浄化、ヤモリの姿に戻した。これにより闇の魔法つかいの一味は消滅したが、一部始終を見ていたラブーは自らが仕える存在、終わりなき混沌・デウスマストについて言及していた。

みらいたちは夏休みを魔法界で過ごすことにしたのだが、ついにプリキュアの前に現れたラブーはムホーの力を使ってドンヨクバールを召喚し襲ってきた。その強さの前にプリキュア3人はピンチに陥るがキュアミラクルの強い思いがさらなる力を生み、なんとか撃退する。その後もラブーの襲撃があってはそのたびに撃退してきたが、夏休みも終わりナシマホウ界への帰途で本気を出したラブーの強襲を受けることになる。3人の魔法も通用せず分断され絶望しそうになるが、3人の強い意志が新たなリンクルストーン、アレキサンドライトを誕生させ、魔法つかいプリキュアオーバーザレインボーへと変身、夢の世界から現実に現れたレインボーキャリッジの力を使うことでラブーを消滅させナシマホウ界に戻ることになる。

しかし、ラブーと同じくデウスマストの眷属、シャーキンスとベニーギョはラブーの気配が消えるのを感じると封印から目覚め、既に封印から目覚めていたオルーバともども動きだす。一方、アレキサンドライトの誕生と同時に謎の精霊がみらいたちの周りを漂うようになり、リアンがそれとプリキュアの調査のため3人がいる街へ赴きリコが父と説明する。リアンは調査を機にリコとのすれ違いを修復させ3人に助力することを約束し新たな調査へと出発した。またナシマホウ界での3人の生活を見ていた精霊たちは1匹ずつ伝説の祝福の言葉「ミトメール」と発してキャリッジの中へと入っていく。そうした最中オルーバはプリキュアを調査するため、配下の妖精チクルンをスパイとして送り込む。チクルンは素性を隠し3人に近づき調査を開始するがオルーバからの扱いに不満を持つようになり、さらに3人が親身に接するのを見て次第に心が揺らぎ始める。そしてオルーバたちに対してチクルンは「自分がリンクルストーンを奪う代わりにプリキュア達に手出しをしないでほしい」と頼み込むが、シャーキンスの裏切り行為を見て離反を決意しリンクルストーンを3人に返し、本気を出したシャーキンスはプリキュアにより撃破される。戦闘後チクルンは「自分は妖精の里の妖精で、女王から叱られるのがいやでオルーバの言いなりになっていた」と告白し謝罪する。3人とモフルンは彼の悪事を許し、また一緒に叱られるべく妖精の里へ赴くことを決意する。

妖精の里へやって来た一行だったが、そこでことはが妖精に戻ってしまう。その後、女王と謁見し理由を聞くべくレジェンド女王にも謁見する。レジェンド女王は「人・動物・妖精や精霊が一緒に暮らす花の海という世界が存在し、その中枢に母なる樹がありマザー・ラパーパが宿り守護していた。その後デウスマストが侵攻しラパーパ単身で追い払うが、激戦で負傷してしまい世界が2つに分離（ナシマホウ界と魔法界）してしまった」と話す。そんな最中オルーバが乱入し、さらにそこには彼によって復活したスパルダの姿もあった。3人はオルーバらを退かせ再び話に耳を傾け、レジェンド女王は「ラパーパは世界がいつか必ず結ばれるよう『プリキュア』と魔法の名前をかけた」と締める。ことはも人間へと戻り、貴重な話を聞いた3人はチクルンや女王たちに別れを告げ魔法界へと戻るのだった。

一方オルーバは魔法界で手に入れたクシィの闇の魔法書を調べるなかで、一つの回答を得る。それはラパーパに封印されかける前にオルーバが散り散りにばらまいた情報を一つにしたのが闇の魔法である事、そしてこれがラパーパの封印を外部から打ち消しデウスマストを復活させるための仕掛けである事、そしてことはこそがラパーパの力を受け継ぎし者である事だった。

オルーバはプリキュアたちによって倒されたものの、次第に近づいていたナシマホウ界と魔法界の作用によって、太陽に封じられていたデウスマストは全ての眷属を取り込んで復活を果たし、2つの世界を混ざり合った形にしてしまう。そしてなお混ざり合わせて混沌の世界に塗り替えようとしていた。デウスマストを倒すことで元の世界に戻すことは出来るが、その影響で2つの世界は遠く離れてしまう可能性がある。しかしみらいたちは人は一人一人違い多様性があること、そして一人一人が手を取り合うことで力が得られ世界を形作ることを理解し、離ればなれになったとしても元の世界を取り戻す決意をする。この決意に呼応する形でレインボーキャリッジの魔法陣が完成し、プリキュア達は人々の生命の力を受けながらデウスマストを倒し、星々の彼方へを追いやることが出来た。しかし、これによってナシマホウ界と魔法界は遠く離れることになる。ことははラパーパの後継者として不安定な状態を元に戻す手伝いをするため消え去ってしまう。そしてみらいとリコは互いに再び出会えるように魔法を掛け合い、それぞれの世界へと戻っていき、モフルンも元の動かないぬいぐるみへと戻った。

エピローグ （第49話 - 第50話）
それから時は流れ、みらいは中学・高校を経て大学に通いながら母・今日子の仕事を手伝っていた。そんなある夜モフルンを連れて桜並木を出歩くと、その日は十六夜月が輝く夜だった。みらいはリコと初めて会った日を思い出し「リコに会いたい…、会って話がしたい…」と呟き、感極まって涙をこぼす。そして、かつてリコと出会った木の下で自分が使っていた魔法の杖が枯れ木となって落ちてきた。手に取った瞬間「リコに会えるかも…」と魔法を唱えるが一瞬で我にかえる。しかし、祖母・かの子から聞かされた「素直な言葉は力になり、思いが繋がっていれば奇跡を起こす」という一言を思い出すと「リコに、はーちゃんに、みんなにまた会いたい！」という思いが募り懸命に魔法を何回も何回も唱え続けるが何も起きず。半ばあきらめかけたその時、みらいに突風が襲いかかり次の瞬間夜空を浮遊していた。そこで空間から突如現れたカタツムリニアを見ていたらうっかりモフルンを離してしまう。しかしすぐ誰かがキャッチし「ダメよ気をつけなきゃ、モフルンは大切な友達でしょ？」と聞き覚えのある声とセリフを耳にしたみらいが目を向けると、そこには十六夜月をバックに魔法のほうきで浮遊する女性がいた。みらいは「夢じゃ…、ないよね？」と驚くが瞬時にリコと確信し目を潤ませ、リコもみらいに強く飛びついて2人は感涙の再会を噛みしめる。その作用でモフルンも再び動けるようになり、さらにみんなの言葉を聞いたことでことはも姿を現す。こうしてみらい、リコ、ことは、モフルンは思いが繋がり叶うことができた奇跡の再会を果たす。

現在リコは魔法学校で教鞭をとり、ことはははるか遠くの宇宙において世界の誕生を助ける役目を担っていた。そんなことを語り合いつつ、みらいとリコが昔のことを懐かしんでいたのを見ていたことはが魔法で自分を含めた3人を魔法学校時代の姿に変えてしまう。直後にドクロクシーの残滓が変わったドクロムシーの襲撃があったりしたものの、魔法界やナシマホウ界でそれぞれの人たちが出会い、成長し、新たな一歩を進んで、そしてつながっていく様を見る。3人はこうした光景を見ながら自分たちもそれぞれの夢へ向かうことを決め、きっとそれが幸福いっぱいなワクワクもんの未来であると信じ奇跡が起きる魔法の言の葉を唱えるのであった。「キュアップ・ラパパ！今日もいい日になあれ！」と。